조세심판원은 경비함의 부가가치세 면세대상은 ‘경찰 경비함정과 이에 장착되는 물품’이 아니라 ‘경비함의 제조·가공·수리 또는 정비하기 위한 부분품과 원재료’가 그 대상이 돼야 한다고 판단했다.
구 부가가치세법 제12조 제2항 제15호과 같은 법 시행령 제46조 제22호의 규정이 문리해석에 따라 다르게 해석될 수 있다는 처분청의 처분을 타당하게 본 것이다.(조심2013관0211·2014.01.28)
보세공장을 운영하는 A사는 경비함 2척과 훈련함 1척을 수입하면서 납세의무자를 A사로 부가가치세는 과세로 수입신고했고 통관지 세관장으로부터 수리를 받았다.
이후 처분청은 A사의 ‘보세공장 제조물품 제품과세’를 심사하던 중 선박의 원재료 중 외국물품을 내국물품으로 신고해 혼용비율이 잘못 적용되는 바람에 과세가격이 누락된 사실을 발견, 작년 5월 부가가치세 차액에 대해 과세 전 통지했다.
이에 A사는 작년 6월 부가가치세 차액 및 가산세를 조기 경정해 줄 것을 신청했고, 처분청은 부가가치세, 부가가치세 가산세 합계를 경정·고지했다.
하지만 A사는 구 ‘부가가치세법’ 제12조 제2항 제15호와 같은 법 시행령 제46조 제22호에 해당되는 물품을 이유로 선박의 부가가치세 면세 신청서를 제출했지만, 처분청은 거부했다.
A사는 이에 불복해 심판청구를 제기했다.
A사는 구 부가가치세법 제12조 제2항 제15호와 같은 법 시행령 제46조 제22호를 언급하며 “경찰 경비함정과 이에 장착되는 물품의 부분품, 원재료를 모두 감면대상으로 규정하고 있기 때문에 ‘조세법률주의 원칙’에 따라 경찰 경비함정도 감면대상으로 봐야 한다”며 “개정 취지가 해양경찰 경비함정 등 수리용품에 부가가치세를 감면하는 것이고 실제 개정내용에서는 경찰 경비함정을 감면 대상으로 지정했다”고 주장했다.
또 “개정취지에서 비교하고 있는 방산물자의 대상도 수리용품 뿐만이 아니라 방위산업에 소요되는 시설기계류와 기초 설비품 모두를 대상으로 하고 있다”며 “선박은 정부가 직접 수입하는 경비 함정이기 때문에 부가가치세 면세대상이다”라고 말했다.
A사는 이어 “부가가치세법 상 수입자가 누구인지가 중요하며, 보세구역으로부터 반입하는 수입행위는 실질적으로 조달청으로 봐야 한다”며 “조달청이 경찰경비선을 획득하는 과정에서, 실제 우리 회사와 같은 보세공장 명의로 수입통관이 이뤄져 해양경찰 경비선을 구매하고 있기 때문에 처분청의 주장대로라면 부가가치세법상 면세조항을 적용할 수 없게 된다”라고 말했다.
A사는 오히려 “선박의 실질적 납세의무자는 정부”라고 주장하며 “관련 세금계산서와 선박건조 계약서에서 확인할 수 있다”고 주장했다.
이를 근거로 A사는 “2007년 제1회 관세평가협의회 결정서에 따르면, 보세공장으로부터 구매자인 정부가 결정된 상태에서 통관 후 반출됐기 때문에 실질적 구매자인 정부가 납세의무자가 된다”며 “선박은 정부가 직접 수입하는 경비함정이기 때문에 부가가치세 면세대상이다”라고 덧붙였다.
반면 처분청은 구 부가가치세법 제12조 제2항 제15호과 같은 법 시행령 제46조 제22호의 규정은 문리해석에 따라 다르게 해석할 수 있다고 설명하며 면세 적용은 ‘경찰 경비함정과 이에 장착되는 물품’이 아니라 ‘제조·가공·수리 또는 정비하기 위한 부분품과 원재료’가 그 대상이 돼야 한다는 입장이다.
처분청은 “만약 경찰 경비함정을 면세대상 물품으로 본다면, 장착되는 물품을 제조·가공·수리 또는 정비하기 위한 부분품은 면세대상에 해당이 되지만 경찰 경비함정을 제조·가공·수리 또는 정비하기 위한 부분품은 해당될 수 없다”며 “제조·가공·수리 또는 정비하기 위한 물품의 대상이 ‘경찰 경비함정과 이에 장착되는 물품’이라고 보는 는 것이 자연스러운 문언 해석이라 할 수 있다”고 설명했다.
또 처분청은 “청구인이 주장하는 ‘정부가 직접 수입하는 물품’은 아닐 뿐더러 훈련함 1척은 경비함이 아니기 때문에 부가가치세 면세대상이 아니다”라고 주장했다.
이어 “선박은 정부가 아닌 A사 명의로 수입신고를 했고 A사의 계산으로 제세를 납부한 후 수입통관을 했던 물품”이라며 “이 사건 경비정 관련 입찰공고와 계약도 ‘내자’구매 계약을 통해 진행됐기 때문에 조달청은 별도의 수입통관절차를 거치거나 관세 등을 납부할 필요가 없어 선박은 정부가 직접 수입한 물품으로 볼 수 없다”고 못 박았다.
심판원도 처분청과 같은 입장이다.
심판원은 쟁점사항인 구 부가가치세법 시행령 제46조 개정내용을 언급하며 “국내 공급하는 방산물자는 영세율 적용, 수입 방산물자는 관세 경감 비율만큼 부가가치세가 감면된다”며 “해상치안 유지와 통합방위작전, 대간첩 작전임무수행 등 실제 방위업무를 수행하는 해양경찰 경비함정의 수리용품 등도 다른 방위산업물자와 동일하게 수입물품에 대해 부가가치세를 감면하도록 개정됐다”고 말했다.
또 “부가가치세 면세대상은 ‘경찰 경비함정 및 이에 장착되는 물품’이 아니라 이를 ‘제조·가공·수리 또는 정비하기 위한 부분품 및 원재료’다”라며 A사의 청구를 기각했다.
