조세 심판원은 처분청이 사실과 다른 세금계산서를 제출한 청구법인과 관련 이 세금계산서를 가공세금계산서로 보고 부가가치세를 과세한 처분을 취소했다.
심판원은 청구법인의 주장이 신빙성이 있다고 판단, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하면서 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다한 것으로 인정했다(조심2013중2189 · 2014.02.07).
청구법인은 2009년 9월 개업해 서비스·방문 판매업을 영위하다가 작년 3월 29일 폐업한 법인이다.
이 회사는 2009월 11월 27일부터 다음달 31일 동안 초고속인터넷 등의 위탁판매와 관련해 거래처인 B사로부터 공급가액 세금계산서 6매를 수취하고 관련 매입세액을 공제해 2009년 제2기 부가가치세를 신고했다.
처분청은 2010년 5월 B사를 조사한 세무서로부터 세금계산서가 가공세금계산서라는 과세자료를 통보 받고, 2012년 11월 거래질서 관련 조사를 실시했다.
그 결과 B사는 유령회사로 판명났고, 청구법인은 B사로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것을 확인하고 관련 매입세액을 불공제해 작년 2월 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세를 경정·고지했다.
청구법인은 이에 불복, 심판청구를 제기했다.
청구법인은 B사와 업무위탁계약을 체결하면서 사업자등록증, 법인 인감, 대표자 명함 등을 통해 B사가 계속사업자임을 확인한 후 거래를 시작했다며 억울하다는 반응이다.
청구법인은 “거래처의 고객유치 실적에 따라 수수료를 정산해 B사의 법인계좌로 지급하는 등 최초의 거래단계에서부터 매입대금 지급에 이르기까지 모든 거래 단계에서 통상적인 주의의무를 다했다”며 “B사가 자료상으로 판명됐다는 사실만으로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 부당하다”고 주장했다.
반면 처분청은 “B사는 자료상 행위자가 당시 일용노무자인 A씨가 명의를 도용해 설립한 법인으로, 실사업자는 ㄱ씨고, 법인등기상의 대표자인 s씨 등 모든 임원이 법인설립 자체를 부인하고 있고, 매출액 전체가 폐업일 이후에 거래되어 청구법인을 포함한 매출처 모두 가공매출로 확정됐다”며 “청구법인은 쟁점세금계산서의 최초 발행일인 2009년 11월 27일 현재 B사가 폐업 상태인데도 이를 확인하지 않고 거래해 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보기 어렵다”며 관련 매입세액을 불공제해 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다는 입장을 고수했다.
심판원은 A사의 청구를 받아들였다.
심판원은 “청구법인이 온라인을 통해 영업점의 영업활동을 실시간으로 확인할 수 있고 쟁점세금계산서 발행 당시에는 폐업자의 경우에도 금융결제원에 등록한 공인인증서로 전자세금계산서의 발급이 가능했다”며 “쟁점세금계산서의 발행시기가 B사의 폐업일 직후인 점 등을 감안할 때, 청구법인이 B사의 폐업 사실을 인지하기는 어려웠던 것으로 보인다”고 설명했다.
또 심판원은 청구법인이 B사와 영업업무 위탁계약을 체결할 때 사업자등록증 및 대표자의 신분증, 법인명의 예금 통장 등을 확인하고 거래를 개시했다고 주장하는 것과 관련해 “청구법인이 B사의 사업자등록증 및 대표자의 신분증, 예금통장사본 등을 증빙자료로 제출하고 있고, 처분청의 조사내용을 검토해도 청구법인의 매입·매출내역의 대부분이 정상거래인 것으로 나타난다”며 “청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하면서 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다한 것으로 인정된다”고 말했다.
이어 “쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불공제해 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다”고 판단했다.
