자료상 혐의로 고발된 일부 업체로부터 수취한 세금계산서라 하더라도 수출 관련 증빙에 의해 매출내역이 확인된다면, 청구법인의 입고와 출고 물량을 대사하는 등의 방법으로 세금계산서상 공급가액에 상당하는 실물 매입 여부 등을 재조사하고 그 결과에 따라 경정함이 타당하다는 조세심판원의 결정이 나왔다(조심2013서4536, 2014.2.20).
청구법인은 2010년 10월 개업해 의류 등 무역업을 영위하는 법인으로서 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 OOO으로부터 OOO원(공급가액, 3매) 상당액의 매입세금계산서를 수취했고, 2012년 제1기 부가가치세 과세기간에는 OOO컴퍼니(이하 OOO과 합하여 “쟁점매입처”라 한다)로부터 OOO원(공급가액, 2매) 상당액의 매입세금계산서(이하 OOO으로부터 수취한 세금계산서와 합하여 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련 부가가치세와 법인세를 신고했다.
이에 OOO세무서장은 2012년 8월 31일부터 2013년 1월 31일까지 청구법인에 대해 거래질서 관련 세무조사를 실시한 결과, 쟁점매입처가 자료상으로 확정된 업체이고, 청구법인에서 인출된 대금이 청구법인의 대표자 계좌로 입금된 것으로 확인되어, 청구법인이 실물거래 없이 쟁점매입세금계산서를 수취하였다고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2013년 2월 15일 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원(OOO 관련 손금불인정, 부가가치세는 심판청구 제기하지 아니함) 및 2012년 제1기 부가가치세 OOO원(OOO컴퍼니 관련)을 각각 경정·고지하였다.
청구법인은 처분청의 손금부인과 법인세 부과는 부당하다고 주장했다.
청구인은 “쟁점매입처 중 OOO으로부터 매입한 물품 전량을 직수출하여 수출신고필증까지 있음에도 불구하고 OOO이 자료상이므로 실질적으로 청구법인이 실물거래를 하지 않았을 것으로 보아 선의의 피해자인 청구법인의 거래를 부인했다”고 말했다.
또한 “청구법인의 입장에서는 상품대금만 받고 물품을 받지 못했다면 상대방에 대해 의심을 할 수도 있었을 것이나, 상품을 매입하기로 하여 상품을 받고 수출한 다음, 물품대금을 송금하는 일반적인 거래를 하였으므로 처분청이 손금을 부인하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당”하다는 입장을 밝혔다.
이에 대해 심판원은 ▲쟁점매입처 중 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서와 관련하여 이에 상당하는 매입가액을 손금으로 인정해 달라는 청구 및 ▲ 쟁점매입처 중 OOO컴퍼니로부터 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 청구의 당부를 판단했다.
심판원은 청구법인과 처분청이 제시한 사실관계 및 증빙자료 등을 종합 판단해 “청구법인의 매입과 매출(수출)이 짧은 기간 내 이루어졌고, 청구법인의 재무제표상 2010년말과 2011년말 현재 기말재고가 없으며, 청구법인이 제출한 수출신고필증, 구매확인서, 세금계산서 등의 수출 관련 증빙에 의해 매출한 사실이 확인되고 있어, 비록 유통경로나 실매입처를 확인할 수는 없지만 OOO으로부터 수취한 매입가액 상당액을 손금 산입함이 합리적이라 할 것이나(조심 2011서1377, 2012.9.20. 같은 뜻임), 처분청이 세무조사 당시 청구법인의 입고 물량과 출고 물량을 대사하지 않았고, 실제 매입가액을 확인하지 아니하였으며, 실제 수출이 이루어졌는지 등에 대한 확인이 미흡하다고 보이므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 법인세 과세처분의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다”고 판단했다.
반면 OOO컴퍼니로부터 수취한 세금계산서에 대해서는 “OOO컴퍼니가 자료상으로 확정되었고, 금융거래를 조작한 혐의가 있는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO컴퍼니로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다”고 밝혔다.
이에 심판원은 OOO세무서장이 2013년 2월 15일 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원 및 2012년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분에 대해서는 “청구법인이 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 OOO으로부터 수취한 공급가액 OOO원 상당액의 매입세금계산서와 관련하여, 청구법인의 입고 물량과 출고 물량, 실제 매입가액 및 실제 수출 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 매입가액 상당액을 손금 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정해야 한다”고 결정하고 나머지 청구는 기각했다.
