연결납세방식 적용 승인법인 사후관리규정 신설
연결법인 적용요건 안되면 세무서장이 해명 요구
연결법인 적용요건 안되면 세무서장이 해명 요구
◇연결납세방식신고제도 관련규정 신설
납세자보호담당관은 법인이 ‘연결납세방식 적용 승인·포기·변경 신청서’를 제출한 경우 전산접수 입력한 후 법인세과장에게 관련 서류를 즉시 인계해야 한다.
또 세무서장(법인세과장)은 ‘연결납세방식 적용 승인·포기·변경 신청서’를 접수일부터 1주일 이내에 연결납세방식 적용여부를 검토한 후 검토서와 연결납세방식 신청서 원본을 지방국세청장(신고관리과장)에게 제출해야 한다.
지방국세청장(신고관리과장)은 세무서장(법인세과장)으로부터 제출받은 ‘연결납세방식 적용 승인·변경·포기 신청서’와 검토서를 제출 받은 날부터 1주일 이내에 국세청장(법인세과장)에게 제출해야 한다.
또 국세청장(법인세과장)은 신청내용이 사실과 다르거나 불명확해 확인이 필요한 경우에는 관할지방국세청장 또는 관할 세무서장을 경유해 납세자에게 해명을 요구할 수 있다.
승인 및 통지의 경우 국세청장(법인세과장)은 지방국세청장으로부터 연결납세방식 적용 신청서를 접수한 경우 적용 요건 등을 검토해 그 승인여부를 최초 연결사업연도 개시일의 전날까지 관할지방국세청장 또는 관할세무서장을 경유해 해당법인에게 ‘연결납세방식 적용 승인·승인불가·취소 통지서’에 의해 알려줘야 한다.
또 국세청장(법인세과장)은 연결납세방식 적용을 신청한 법인에 대한 승인여부를 연결모법인 및 연결자법인 납세지 관할 세무서장(법인세과장)에게 알려줘야 한다.
이와 관련, 세무서장(법인세과장)은 연결납세방식 적용을 승인받은 법인(이하 ‘연결법인’)에 대해 적용요건 해당여부를 사후관리 해야 한다.
또 세무서장(법인세과장)은 연결법인이 적용 요건을 갖추지 못한 것으로 판단되는 경우에는 해당 법인에게 해명을 요구할 수 있으며 사후관리결과 적용요건을 갖추지 못한 것으로 확인되는 때에는 관할 지방국세청장을 경유해 국세청장에게 연결납세방식 적용 승인 취소를 요청해야 한다.
국세청장(법인세과장)이 연결납세방식의 적용승인을 취소하는 경우 관할 지방국세청장 또는 관할 세무서장을 경유해 ‘연결납세방식 적용 승인·승인불가·취소 통지서’에 의해 연결모법인에게 알려줘야 한다.
이와 관련, 세무서장(법인세과장)은 연결납세방식 적용요건의 확인 또는 승인취소 사유의 확인을 위해 필요하다고 인정하는 경우 최소한의 범위 안에서 현장확인을 실시할 수 있다.
◇성실납세방식 신고제도 규정신설
성실납세방식 적용 신청 및 접수의 경우 납세자보호담당관은 법인이 ‘성실납세방식 적용신청서’를 제출한 경우 전산접수 입력한 후 법인세과장에게 관련 서류를 즉시 인계해야 한다.
신청서 검토 및 성실납세 자문위원회 회부와 관련 법인세과장은 ‘성실납세방식 적용신청서’를 제출한 법인이 법령에서 정하는 요건에 해당하는지 여부를 검토해 성실납세 자문위원회에 심의를 의뢰해야 한다.
또 법인세과장은 신청내용이 사실과 다르거나 명확하지 않아 확인이 필요한 경우에는 해당 법인에게 해명을 요구할 수 있다. 세무서장은 신청서 접수일부터 1개월 이내에 성실납세자문위원회의 심의를 거쳐 성실납세방식 적용 승인 여부를 ‘성실납세방식 적용 승인(불가)통지서’에 의해 해당 법인에게 통지해야 한다.
또 법인세과장은 성실납세방식 적용을 승인받은 성실중소법인(이하 ‘성실중소법인’)에 대해 필요하다고 인정하는 경우 매년 1회 이상 성실중소법인 적용요건 해당 여부를 사후관리할 수 있다.
또 법인세과장은 성실중소법인이 적용요건을 갖추지 못한 것으로 판단되는 경우에는 납세자에게 해명을 요구할 수 있다.
승인취소 및 취소통지와 관련, 세무서장은 사실확인 요구에 대해 해명이 없거나 해명내용이 불충분하다고 인정되는 경우 성실납세자문위원회의 심의를 거쳐 해당 법인에 대해 성실납세방식 적용 승인을 취소할 수 있다.
세무서장이 성실납세방식의 적용승인을 취소하는 경우 ‘성실납세방식 적용 승인 취소통지서’에 의해 해당 법인에게 통지해야 한다. 법인세과장은 성실납세방식 적용요건의 확인이나 승인취소 사유의 확인을 위해 필요하다고 인정하는 경우 최소한의 범위 안에서 현장확인을 실시할 수 있다.
◇동업기업 과세제도 관련 규정 신설
동업기업과세특례 신청서 접수와 처리와 관련, 납세자보호담당관은 납세자가 제출한 동업기업과세특례 적용 및 포기신청서를 접수하고 이를 법인세과장에게 즉시 인계해야 한다.
또 법인세과 내부업무처리자는 동업기업과세특례 적용신청서상의 적용범위, 적용받고자하는 사업연도 등 기재사항과 포기신청서상의 적용기한 등을 검토한 후 관리자 결재를 받아 신청내용을 전산에 입력해야 한다.
신청내용이 부적합한 경우에는 접수일부터 7일 이내에 신청자에게 적용 및 포기신청 거부통지를 해야 한다.
또한 적용 및 포기신청 내용에 대한 해명이 필요한 경우에는 기간을 정해 공문으로 요구해 회신내용에 따라 처리해야 하며 업무총괄담당자가 처리가 완료된 신청서 등 관련서류를 편철·관리하도록 했다.
그 밖의 별도 규정되지 않은 사항에 대해서는 사업자등록 접수 및 처리에 준해 처리한다.
준청산소득에 대한 법인세 신고안내 및 입력과 관련, 법인세과장은 동업기업 전환법인을 대상으로 과세특례를 적용받는 최초 사업연도의 직전 사업연도 종료일 이후 3개월이 되는 날까지 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 함께 준청산소득에 대한 법인세를 신고·납부할 수 있도록 안내해야 한다. 또 납세자보호담당관은 동업기업과세특례 적용신청자의 준청산소득에 대한 법인세 신고서를 접수해 운영지원과장에게 인계하고, 운영지원과장은 신고서 접수일부터 15일 이내에 전산에 입력한 후 관련 신고서를 법인세과장에게 인계해야 한다.
또 법인세과장은 준청산소득에 대한 법인세 신고서의 전산입력 사항이 적정한지 여부를 비교 확인하고 오류사항을 정정해야 한다. 법인세과장은 또 준청산소득에 대한 신고의 적정여부를 검토해 과소신고 소득에 대해 즉시 경정해야 하며, 분납세액의 납부에 대해서도 사후관리해야 한다.
동업기업 신고안내와 입력의 경우 법인세과장은 동업기업 과세특례적용 신고대상자를 사전에 파악하고, 신고기한(각 과세연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3월이 되는 날이 속하는 달의 15일) 1개월 전까지 동업기업의 소득계산·배분명세 등을 신고하도록 개별 안내해야 한다.
또 납세자보호담당관은 동업기업의 소득계산·배분명세 등에 대한 신고서를 법인세 신고서에 준해 접수하고 이를 운영지원과장에게 인계해야 하며, 운영지원과장은 신고서 접수일부터 15일 이내에 신고관련 서류를 전산에 입력한 후 법인세과장에게 인계해야 한다.
법인세과장은 동업기업의 소득계산·배분명세 등에 대한 전산입력 사항이 적정한지 여부를 비교하고 신고기한으로부터 1개월 이내에 오류사항 정정을 완료해야 한다. 동업기업의 신고내용에 대한 사후관리의 경우 법인세과장은 동업기업의 소득계산·배분, 자산의 분배 등에 대한 신고내용의 적정성을 사후관리해야 한다.
사후관리 과정에서 소득계산 등에 오류가 발견된 경우에는 사후관리 검토조사서를 첨부해 신고내용을 경정해야 하며 이 경우 신고오류 사항을 반영한 과세자료를 입력해 동업자의 관할 법인세과장에게 통보해야 한다.
동업자의 관할 법인세과장은 전산정보관리관이 생성한 동업자의 소득배분명세 등에 대한 전산자료와 동업기업에 대한 신고내용 사후관리 과정 등에서 발생한 과세자료에 대해 생성 또는 수보한 달의 다음달 10일까지(별도의 업무지시가 있는 경우에는 그에 따른 날까지) 즉시 처리할 자료로 처리담당자를 지정해 배부해야 한다.
과세자료 처리담당자는 동업자의 신고내역과 과세자료를 비교해 성실신고 여부를 검증하고, 신고소득 등의 누락이 발견된 경우에는 즉시 관련 법인세 등을 경정해야 한다. 이밖에 개인사업자인 동업기업으로 조세특례제한법 제100조의 26에서 규정된 사항은 법인세과장이 처리한다. 다만 업무의 원활한 처리를 위해 필요한 경우 소득세과장 또는 부가가치세과장에게 협조를 요청할 수 있으며, 소득세과장 등은 이에 적극 협조해야 한다. 개인사업자인 동업기업으로 과세특례가 적용되지 않는 부가가치세 및 원천세 등의 제세신고와 자료처리 등에 대한 업무는 사업장(납세지) 관할 부가가치세과장 또는 소득세과장이 처리한다.
◇대법인 순환조사 원칙 등 명시
지방국세청장(세원분석국장) 또는 세무서장(법인세과장)은 법인의 자율적인 성실신고를 담보하기 위해 국세기본법 제81조의6(세무조사 대상자 선정) 제1항의 규정에 의해 정기적으로 조사대상법인을 선정해야 한다.
법인 정기조사대상은 전산에 의한 성실도 평가결과와 미조사연도수 등 국세청장이 별도로 정하는 선정기준에 따라 공정하고 객관적으로 선정해야 하며, 종사직원의 자의성을 배제해야 한다.
지방국세청장 또는 세무서장은 국세기본법, 법인세법, 조세특례제한법 등 세법에서 별도로 규정하는 경우에는 조사대상으로 선정하지 않을 수 있다. 다만 객관적인 증빙자료에 의해 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 않는다.
지방국세청장 또는 세무서장은 법인 조사대상선정에 있어서 국세기본법 제81조의3 및 제81조의4에서 규정하는 납세자의 권리에 관한 세무공무원의 의무를 준수해야 한다. 이 밖에 이 규정에서 따로 정하지 않는 사항은 조사사무처리규정 및 관련 지침에서 정하는 내용에 따른다.
조사대상 선정기준의 경우 국세기본법 제81조의6에 따라 법인 정기조사 대상 선정시 연간 수입금액 5000억원 이상의 법인은 국세기본법 제81조의6 제1항 제2호에 따라 4년 주기 순환조사를 원칙으로 선정한다. 이런 법인외의 법인은 국세기본법 제81조의6 제1항 제1호에 따라 신고성실도 평가에 의해 선정함을 원칙으로 하되, 연간 수입금액 50억원 미만의 신고성실도 하위그룹 법인은 국세기본법 제81조의6 제1항 제3호에 따라 무작위추출방식에 의한 선정을 병행한다.
장기간 세무조사를 받지 않아 성실신고 여부 검증이 필요한 일정 규모이상의 법인을 신고성실도 평가결과와 관계없이 국세기본법 시행령 제63조의4에 따라 정기조사 대상으로 선정할 수 있다.
조사대상 선정관할의 경우 법인 정기조사 대상 선정은 법인의 성격, 사업규모 및 업무량 등을 감안해 국세청장이 별도로 정하는 기준에 따라 지방국세청장 또는 세무서장이 담당한다.
지방국세청장은 세금탈루 규모, 조사의 난이도 등을 고려해 선정관할을 변경한 경우에는 선정관할 변경내역을 관할 세무서장에게 조속히 통지해야 한다.
조사대상으로 선정할 법인수의 경우 법인의 성실신고를 담보하기 위해 매년 적정수준의 법인수를 정기조사 대상으로 선정해야 한다.
지방국세청별·세무서별 조사대상선정 법인수는 지역 간 균형 있는 조사관리를 위해 법인수, 세원분포비율, 조사인력 등을 고려해 국세청장이 합리적으로 정한다.
지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(법인세과장)은 정기조사대상법인을 확정한 경우에는 지체 없이 전산에 조사세목, 조사유형, 조사종류, 선정사유, 조사대상기간 등을 입력해야 한다.
또 지방국세청장(세원분석국장) 및 세무서장(법인세과장)은 전산에 입력한 정기조사 대상법인에 대한 세원관리부서 담당자를 조사집행부서 담당자로 변경처리 해야 한다. 이와 함께 지방국세청장 또는 세무서장은 조사대상 선정 통계 등을 국세청장이 별도로 정한 보고서식에 의해 정기조사 대상 선정 확정일부터 7일 이내에 국세청장 또는 지방국세청장에게 보고해야 한다.
◇감가상각방법신고서 등 승인규정 명시
법인세과장은 감가상각방법신고서·감가상각방법변경신청서·내용연수신고서·내용연수승인(변경승인)신청서·내용연수변경신고서,재고자산 등 평가방법신고(변경신고)서가 접수된 경우 전산에 입력해야 한다. 또 법인세과장은 감가상각방법의 변경신청서를 접수한 경우 변경요건을 검토해 신청서 접수일이 속하는 사업연도 종료일까지 승인 여부를 통지해야 한다.
법인세과장은 또 감가상각 내용연수 승인(변경승인) 신청서가 접수된 경우 법정 신청기한 경과 후 10일 이내에 신청서를 지방국세청장(신고분석2과장)에게 제출해야 한다.
지방국세청장(신고분석2과장)은 내용연수 승인(변경승인) 여부를 결정해 관할 세무서장(법인세과장)에게 그 결과를 알려줘야 하며, 관할 세무서장(법인세과장)은 사업연도 종료일까지 승인여부를 납세자에게 통지해야 한다. 법인세과장은 또 내용연수 승인(변경승인)한 법인에 대해 그 내용을 전산에 입력해야 한다.
◇경정청구·감가상각변경신고 처리 명확화
수정신고 안내와 관련 지방국세청장(신고분석2과장) 및 세무서장(법인세과장)은 과세자료의 처리, 서면분석 등의 방법으로 법인세 과세표준 및 세액신고 내용을 분석한 결과 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 그 구체적인 근거를 제시해 수정신고 안내를 할 수 있다.
법인세과장은 수정신고서가 접수된 경우 당초 신고내용과 수정신고서의 내용을 검토 확인하고, 경정청구서가 접수된 경우 경정청구에 대한 청구내용과 증빙서류 등을 검토해 접수일부터 2개월 이내에 법인세 결의서 작성시스템에 입력, 경정하거나 경정 등을 할 이유가 없다는 뜻을 납세자에게 통지해야 한다. 또한 기한내 결정이 곤란한 경우에는 진행상황을 납세자에게 통지해야 한다.
법인세과장은 기한후 신고서가 접수된 경우 신고내용과 증빙서류 등을 검토해 접수일부터 2개월 이내에 법인세 결의서 작성시스템에 입력해 결정해야 한다.
또 법인세과장은 수정신고, 경정청구 또는 기한후 신고한 내용의 확인을 위해서 서면으로 해명요구를 할 수 있으며, 현장확인이 필요한 경우에는 현장확인 담당자를 지정하여 최소한의 범위내에서 현장확인을 실시할 수 있다.
◇공익법인 공시시스템 규정 신설
세무서장(법인세과장)은 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 제1호의 사업을 영위하는 공인법인(종교법인)을 제외한 공익법인이 직접 공익목적사업과 관련해 상속세 및 증여세법 제50조의2 제1항 각호에 해당하는 경우에는 상속세 및 증여세법 시행령 제43조의2 제2항의 규정에 의한 전용계좌를 △최초로 공익법인에 해당하게 된 날부터 3개월 이내 △상속세 및 증여세법 제50조의2 규정 시행(2008.1.1)당시 공익법인에 해당되거나 2008.3.31 이전에 공익법인에 해당하는 경우에는 제50조의2 제3항의 개정규정에 불구하고 시행일(2008.1.1)부터 2008.6.30까지의 기간 △전용계좌를 변경·추가하는 때에는 사유발생일부터 1개월 이내에 개설신고하고 사용하고 있는지 여부를 파악·관리해야 한다.
또 세무서장(법인세과장)은 공익법인이 직접 공익목적사업과 관련해 상속세 및 증여세법 제50조의2 제1항 각호의 어느 하나에 해당되지 않는 경우에는 ‘전용계좌외거래명세서’(상속세 및 증여세법 시행규칙 별지 29호)를 별도로 작성·보관하도록 관리해야 한다. 이 경우 전산처리된 테이프 또는 디스크 등에 수록·보관해 즉시 출력할 수 있는 상태인 때에는 전용계좌외거래명세서를 작성해 보관한 것으로 본다. 다만, △여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표 및 현금영수증을 증거서류로 받은 지출 △거래건당 금액이 1만원 이하인 수입과 지출 등은 공익법인이 전용계좌외거래명세서를 작성하지 않는다.
또 세무서장(법인세과장)은 공익법인(총자산가액 10억원 미만 법인 및 상증세법 시행령 제12조 제1호의 사업을 영위하는 공익법인 제외)이 동법 제50조의3에 의해 다음 서류(△대차대조표 △손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함) △기부금 모집 및 지출명세 △해당 공익법인의 대표자 이사 출연자 소재지 및 목적사업에 관한 사항 △주식보유 현황 등(공익법인의 주식 등의 출연·취득·보유 및 처분사항, 공익법인에 주식 등을 출연한 자와 그 주식 등의 발행법인과의 관계, 주식 등의 보유로 인한 배당현황, 보유한 주식 등의 처분에 따른 수익현황 등) 등(‘결산서류 등’)을 해당 공익법인의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청의 인터넷 홈페이지에 공시하도록 공시대상법인을 파악하고 공시 안내를 해야 한다.
또 세무서장(법인세과장)은 공익법인이 결산서류 등 공시를 이행하였는지 여부를 확인하고 공시한 결산서류 등의 내용의 적정여부를 제7절의 사후관리 규정에 의해 검토해야 한다.
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jcy
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