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국세청은 원천징수의무자가 원천징수해 납부한 세액 중 착오 납부한 금액이 있는 경우에는 납부해야 할 다른 원천징수세액에 충당한 뒤 잔여세액만 납부하는 방식으로 조정환급을 하는 것이라고 밝혔다.

국세청은 착오로 인해 관할 세무서 및 원천징수의무자에게 이중으로 납부한 소득세의 환급 의무자와 관련된 질의에서 이같이 회신했다.

원천징수의무자가 원천징수했지만 납부한 세액 중 과오납이 있어 이를 납부해야 할 다른 원천징수세액에 충당한 뒤 잔여세액만 납부하는 방식으로 조정 환급하는 경우 질의는 이미 유사 회신(법인46013-3930, 1999.11.09)을 했던 사례도 있다고 밝혔다.

질의인은 2007년 귀속 연말정산 때 부양가족(아버지)에 대해 과다공제했고, 2008년 5월 종합소득세확정신고 때 아버지에 대한 공제를 차감하고 신고했다. 또 2009년 연말정산 과다공제 점검때 종합소득세확정신고시 반영해 추가로 납부한 아버지에 대한 공제를 원천징수의무자가 수정해 추가 징수했었다.

이와 관련해 질의인은 착오로 관할 세무서와 원천징수의무자에게 이중으로 납부한 소득세의 환급 의무자에 대해 질의했었다.
[소득, 원천세과-287, 2010.04.02]

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