토지 임차인이 임차한 토지 중 일부를 사용하지 않게 되어 임대인에게 쟁점토지 사용권을 반환하는 것은 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다. 한편, 계약변경을 통하여 전체 토지사용권 대가의 변경 없이 사용면적만 축소된 경우 반환하는 토지와 관련된 잔여 임대차기간의 선급임차료는 부가가치세 과세대상으로서 수정세금계산서 발급대상이 아니다.
국세청은 최근 토지임차인이 해당 토지사용권 중 일부를 임대인에게 반환시 부가가치세 과세여부에 관한 사전답변에서 이같이 밝혔다(부가, 사전-2014-법령해석부가-21826, 2015.03.10).
국세청은 답변에서 “개발사업 진행을 위한 ‘토지사용권 제공 및 사용에 관한 계약’에 따라 토지소유자로부터 일정기간의 토지사용권을 제공받아 해당 토지를 사용하던 중 개발 인허가 지연 등의 사유로 계약을 변경하여 해당 토지의 일부를 사용하지 않고 토지 소유자에게 반환하는 것은「부가가치세법」제4조에 따른 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것입니다. 다만, 토지사용에 관한 계약의 변경을 통하여 해당 토지의 일부를 반환하였으나, 당초 계약에 따른 토지 사용 대가를 변경하지 아니한 경우 반환하는 토지와 관련된 미경과분 선급임차료는「부가가치세법 시행령」제70조에 따른 수정세금계산서 발급대상에 해당하지 아니하는 것”이라고 해석했다.
사실관계를 보면 ☆☆☆개발 주식회사(이하 “질의법인”)는 한국도로공사(이하 “도공”)와 「☆☆☆해양복합관광휴게시설 개발사업협약(1999.6.28.)」및「☆☆☆및 주변 매립부의 토지사용권 제공 및 사용에 관한 계약(1999.9.21.)」을 체결하여 계약체결일로부터 2035년 12월 31일까지 개발사업 진행을 위하여 ☆☆☆ 및 주변 매립부 토지를 사용할 수 있고, 동 계약의 종료 시 시설물을 도공에 기부채납하기로 하였다.
회사가 사용할 수 있는 토지는 ‘○○ ◎◎군 ◇◇면 □□리 ☆☆☆및 주변매립지(이하 “해당토지”)’로 계약당시 토지사용 대가로 1단계 개발시설의 운영에 따른 당해연도 매출액의 일정 비율(3%), 본 계약체결 직후 8억원(부가가치세 별도), 신주발행시마다 신주발행총액의 10%에 해당하는 현금(부가가치세 별도)를 도공에 지급하기로 계약했다.
질의법인과 한국도로공사 간 1999년6월28일자「☆☆☆ 해양복합관광휴게시설 개발사업협약서」에 따르면 “제2단계 개발을 위해 사업시행자가 성실히 그의 의무를 이행하였음에도 제2단계개발의 일부부지에 대한 사업추진이 불가능하게 되거나경제적으로 타당성이 없게 된 경우협약당사자간의 합의에 의하여개발이 불가능하게 되거나 경제적으로 타당성이 없게 된 ‘부지’에 대하여 이 협약을 해지할 수 있다”라고 규정되어 있다.
질의법인은 ☆☆☆ 개발사업을 1단계 개발과 2단계 개발을 나누어 시행할 예정이었으나 2단계 개발사업과 관련된 인허가 지연 등의 사유로 예정보다 늦게 공사를 착공하게 되었고, 2014년3월21일 주주간「주주협약서」를 체결하여 2단계 개발사업 중 일부(관광휴양형 사업)를 추진하지 않기로 함에 따라 ‘2단계 개발사업 토지 매립면적 총 266,255㎡ 중 유통형지구 개발사업에 사용될 면적을 제외한 180,150㎡의 토지’(이하 “쟁점토지”)를 사용할 수 있는 계약을 해지하고 원상회복을 위하여 토지소유권자에게 쟁점토지사용권을 반환하기로 하였으며, 2단계 관광휴양형 사업과 관련하여 질의법인이 사용하고자 하였던 쟁점토지에 대한 토지사용권을 아무런 대가없이 포기하기로 하였다.
질의법인은 2014년 3월말 결산서상 쟁점토지 토지사용권 관련 369억원 무형자산 손상차손 인식하고 2014년 3월 법인세 신고시세무조정으로 해당 손상차손 손금불산입 유보로 소득처분하였으며, 향후 쟁점토지 반환시 추인 예정이다.
이 같은 사실관계에서 질의법인은 토지 임차인이 해당 토지사용권 중 일부를 임대인에게 반환하는 경우 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부에 대해 국세청의 사전답변을 요청했다.
