(8) 공통매입세액 검토
① 과세·면세 겸업자의 면세사업관련 매입세액을 공제하였는지 여부
- 과세·면세사업을 겸영하는 사업자가 과세·면세 사업에 공통으로 사용되는 재화에 대한 매입세액 중 면세사업관련 부분은 고제할 수 없음에도 전액 공제 신청하여 추징되는 사례가 있음
- 특히 건물 신축관련 매입세액 환급 신청시 유의
② 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화(용역)인지 여부
- 부동산 공급에 대한 광고료도 안분계산 대상임
③ 공통사용 재화(용역)와 관련된 과세 및 면세수입금액 비율로 계산하였는지 여부
- 공통사용재화와 관련 없는 수입금액을 감안하면 안됨.
- 해당 과세기간 수입금액 기준
④ 안분계산 생략기준에 해당되는지 여부
- 면세비율 5% 미만인 경우(공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외, 면세면적비율은 5%미만이라도 안분계산함)
- 공통매입세액이 5만원 미만

(9) 납부환급세액 재계산
① 감가상각자산의 경우 공통매입세액 안분계산 후 납부(환급)세액 재계산을 하였는지 여부
② 경과된 과세기간수는 검토하였는지 여부
- 건물 및 구축물：20과세기간(10년). 2001.12.31. 이전 취득분은 5년임
- 기타 감가상각자산：4과세기간(2년)이 지나면 재계산 안함.
③ 기준과세기간보다 ±5% 이상인지 여부
- 기준과세기간보다 면세비율이 5% 이상 증가 또는 감소하는 경우에만 재계산

(10) 신용카드발행 세액공제 한도 초과여부 확인
① 개인사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 신용카드 매출전표 및 현금영수증을 발행한 경우 연간 700만원 한도 내에서 그 발행금액의 1000분의 13에(음식업 또는 숙박업을 영위하는 간이과세자는 26/1000)에 상당하는 금액을 매출세액에서 공제할 수 있으나, 연간 공제한도를 초과하여 공제받아 추징되는 사례가 있음
② 개인사업자인지 여부(개인사업자만 해당)
③ 영수증을 발급할 수 있는 사업자인지 여부(매입세액공제는 모든 사업자가 해당되나 발행액 공제는 영수증 발급사업자만 해당)
④ 공제세액이 연간 700만원을 초과하지 않았는지 여부 → 과세기간별 700만원이 아니고 1역년간 700만원임
⑤ 해당 공제세액을 차감하기 전의 납부할 세액을 초과하지 않았는지 여부
* 신용카드발행액공제 전 납부할 세액을 한도로 공제하며 해당 금액공제로 환급세액 발생하면 안 됨

(11) 차감납부세액 검토
① 예정미환급세액과 예정고지납부세액은 정확하게 확인하여 기재하였는지 여부
* 예정미환급세액 기재누락 사례 및 예정고지납부세액 추정공제 착오 사례 방지

(12) 전자세금계산서전송액 공제
① 전자세금계산서 발급(발급명세를 전송한 경우에 한함)건당 200원을 공제하였는지 여부
→ 연간 100만원 한도이며, 개인사업자의 경우에도 전자세금계산서 발급시 공제가능
7. 기타 유의사항
① 신고기한 내에 신고를 하지 못한 경우
- 사업자가 신고기한 내에 신고를 하지 않은 경우, 세무서에서 무신고에 대한 결정·통지하기 전까지는 기한 후 신고를 할 수 있음(환급자도 가능)
- 기한 후 신고는 전자신고를 하시거나, 신고서를 작성하여 우편 또는 관할세무서에 방문하여 제출하면 되며, 신고기한 경과 후 1개월 내에 신고·납부하는 경우에는 무신고가산세가 50% 경감
* 신고기한 경과후 1개월초과 6개월 이내에 신고·납부하는 경우에는는 무신고가산세가 20% 경감됨
② 부가가치세 납부 방법
- 납부할 세금은 인터넷을 통해 전자납부를 하거나, 납부서에 기재하여 금융기관 또는 우체국에 직접 납부할 수 있고, 1,000만원 이하의 세금에 대하여는 신용카드로 납부할 있음
③ 부동산임대차계약 갱신 시 임대차계약서 사본 제출 범위
- 부동산임대업자가 사업장을 임대한 후 임대차계약을 갱신한 경우에는 부가가치세 신고 시 임대차계약서 사본을 제출해야 함(일반과세자만 해당)
- 임대차계약의 갱신에는 임대차기간을 연장하는 것 이외에 임차보증금, 임대료 등이 변경되는 경우가 포함되며 임차인이 변경되는 것은 포함되지 않음
④ 임대공급가액명세서 미제출가산세 적용 방법
- 임대공급가액명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 임대수입이 사실과 다르게 적혀있는 경우에는 제출하지 아니한 임대수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세로 부과
⑤ 세금계산서합계표 작성 시 전자세금계산서 발급분과 전자세금계산서 외 발급분의 기준
- 전자세금계산서 발급분 란에는 2013.1.11.까지 전송된 전자세금계산서의 합계금액만을 기재하고 개별명세는 작성하지 않음. 위 전자세금계산서 외의 발급분 란에는 종이세금계산서와 2013.1.12. 이후 전송된 전자세금계산서를 기재하고 개별 명세를 작성함
- 전자적 방식으로 발급한 세금계산서일지라도「e세로」에 전송하지 않거나, 2013.1.12.이후에 전송한 경우가 있을 수 있으므로「e세로」→ [조회·통계]→[부가세신고용 전자세금계산서합계표 조회]에서 조회한 후 신고서를 작성하시면 합계표 작성오류를 줄일 수 있음
⑥ 수정세금계산서도 합계표 상 발급매수에 포함해야 하는지
- 수정세금계산서도 정상적으로 발급된 세금계산서로 부가세 신고 시 세금계산서합계표 상 발급매수에 포함하여 신고하면 됨

8. 이번 신고시 유의할 달라진 주요 내용
① 공동주택 내 보육시설 임대용역 부가가치세 면제(법 제12조 제1항 제12호의2)
- 공동주택 내 어린이집 임대용역에 대한 부가가치세를 면제하여 출산장려 및 보육경비 절감 지원하기 위하여 공동주택 관리주체와 입주자대표회의가 제공하는 공동주택의 복리시설인 어린이집 임대용역 부가가치세 면제
* 적용시기 : 2012.1.1. 이후 결정·경정하는 분부터 적용
② 원산지확인서 발급에 대한 부가가치세 세액공제 신설(조세특례제한법 제106조의8)
- 수출재화를 공급하는 사업자(중소기업)가 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」에 따라 수출재화를 공급받는 자에게 원산지확인서를 발급하는 경우 발급건당 일정액을 부가가치세를 공제
- 공제금액 발급건당 1만원, 공제한도 : 연간 30만원, 공제대상금액 : 공급가액 합계액이 1천만원 초과분
* 적용시기 : 2011.1.1.이후 최초로 재화를 공급하면서 원산지확인서를 발급받는 분부터 적용
③ 전자세금계산서 의무발급 개인사업자 범위 조정(부가가치세법 시행령 제53조의2 제1항, 제2항)
- 종전 「소득세법」에 따른 복식부기 의무자인 개인사업자에서 직전연도의 사업장별 재화 및 용역의 공급가액의 합계액이 10억원 이상인 개인사업자로 개정
* 적용시기 : 2012.1.1. 이후 전자세금계산서를 발급하는 분부터 적용
④ 산후조리원 용역에 대한 부가가치세 면세(부가가치세법 시행령 제29조 제15호)
- 산후조리원 용역 「모자보건법」 제2조 제11호에 따른 산후조리원에서 분만직후의 임산부나 영유아에게 제공하는 급식·요양 등의 용역
* 적용시기 : 2012.2.2.이후 공급하는 분부터 적용
⑤ 기초수급자가 기르는 동물의 진료용역 면세(부가가치세법 시행령 제29조제5호, 제64조제12항, 제79조제6항)
* 적용시기 : 2012.2.2.이후 공급하는 분부터 적용
⑥ 음식업 의제매입세액 우대공제율 일몰 폐지(상시화)(부가가치세법 시행령 제62조 제74조의5 제2항)
- 음식업 의제매입세액 공제을 변경
개인 8/108, 법인 6/106, 유흥주점 4/104
⑦ 세무대리인의 전자신고 세액공제 한도 확대(조세특례제한법 시행령 제104조의5)
- 전자신고율 제고 및 과세관청의 신고서 입력비용, 오류축소 등의 순기능 고려하여 세무대리인의 세액공제 한도 확대

* 적용시기 : 2012.2.2.이후 납세자를 대리하여 전자신고하는 분부터 적용
⑧ 특수관계자간 사업용 부동산 무상임대용역에 대한 부가가치세 과세(부가가치세법 제7조 제3항)
- 특수관계 있는 자에게 낮은 가액으로 임대하는 경우 시가를 과세표준으로 하여 과세하고 있는 것과 과세형평을 제고
- 용역의 무상공급 중 특수관계자간 사업용 부동산 무상임대용역에 대해 과세
* 적용시기 : 2012.7.1 이후 공급하는 분부터 적용
⑨ 전자세금계산서 전송기한의 합리적 조정(부가가치세법 시행령 제53조제4항, 제53조의2 제6항)
- 전송기한 단축을 통한 전자세금계산서 발급제도의 실효성 제고하기 위하여 종전 공급일의 다음달 15일까지에서 발급일 익일로 개정
* 적용시기 : 2012.7.1.이후 발급하는 분부터 적용
⑩ 부가가치세 대리납부제도 개선(부가가치세법 제34조 제1항)
- 비거주자 등으로부터 무체물을 공급받은 경우에도 공급받는 자가 부가가치세를 대리납부하도록 하여 국내·외 사업자 간 과세형평 제고하기 위하여 비거주자·외국법인으로부터 용역과 무체물을 공급받는 경우에도 부가가치세 대리납부 대상에 포함
* 적용시기 : 2012.7.1. 이후 비거주자 등으로부터 무체물을 공급받는 분부터 적용
자동차운전학원 교육용역의 과세 전환(부가가치세법 시행령 제30조제2호)
- 교육에 대한 부가가치세 면제의 취지에 맞지 않는 영리학원에 대해서는 국제기준에 맞게 과세전환하여 「도로교통법」 제2조 제32호의 자동차운전학원에서 가르치는 교육 용역은 과세 대상
* 적용시기 : 2012.7.1. 이후 공급하는 분부터 적용
임대보증금 등 과세표준 계산 시 적용하는 정기예금이자율 변경(부가가치세법 시행규칙 제15조 제1항)
- 종전 4.0%에서 3.4%로 변경(2013.1월초 개정 예정, 2012.12.20. 입법예고)
* 적용시기 : 시행규칙 개정일(2013.1월초 개정 예정) 이후 신고하는 분부터 적용

<기타> 부가가치세 환급금 조기지급 세정지원
□ 환급금 조기지급이란
부가가치세 조기환급금의 법정 지급기한은 신고기한 경과후 15일 이내이나 중소기업 등이 신고월 20일까지 조기환급 신고를 할 경우 환급금을 신고한 달 말일까지 법정지급기한보다 빨리 지급하여 사업자의 자금운용 부담을 덜어주는 세정지원임
* 25일까지 신고시 익월 10일까지 지급 → 20일까지 신고시 당월 말일까지 지급
□ 지원대상(’12.10월부터 일정요건 충족하는 중소기업으로 대상 확대)
○(원칙) 아래에 해당하는 사업자가 신고월 20일까지 조기환급 신고한 경우로서 부당환급혐의가 없는 경우
-모범납세자
-직전연도 매출액*이 300억원 이하이면서 5년이상 계속사업한 중소기업
* 매출액은 과세분 매출만 해당(면세분 매출은 제외)
○(예외) 원칙에 해당하지 않더라도 부당환급혐의가 없고 자금사정이 어려운 기업으로서 조기지급이 필요하다고 세무서장이 인정하는 경우 /끝
 

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