국세청이 펀드 내 약 300억원에 달하는 지분양도에 대해 증권거래세를 매기지 않고, 제대로 신고서를 내지 않아도 동업기업과세특례를 허용해주는 등 사모펀드에 대한 허술한 세원관리를 지적받았다.
감사원의 ‘자본·금융거래 과세실태 감사’에 따르면, 울산세무서, 영등포세무서, 남대문세무서, 북전주세무서 내 4개 법인은 284억원에 사모펀드 지분을 양도하면서 가산세 포함 2억원의 증권거래세를 신고, 납부하지 않았다.
증권거래세법에 따르면 주권 또는 지분을 양도하는 경우 증권양도자가 양도가액의 0.5%를 증권거래세로 신고, 납부해야 하며, 관할 세무서장은 과세표준과 세액의 신고가 없는 경우 이를 결정해야 있다.
또 지난 6월 기준 국세청 내 사업자 등록이 돼 있는 사모펀드 중 2013년 동업기업과세특례를 신청한 95개 사모펀드 중 11개가 동업기업과세특례 신고서를 제출하지 않았고, 신고서를 제출한 사모펀드 중 48개는 국세청 전산에 입력되지 않았다.
2011년부터 2013년까지 전체 신고기업 중 이같이 무신고, 허술히 관리된 기업의 비율은 43.9%에 달했다.
동업기업과세특례란 동업기업을 영위하는 일정한 요건의 회사나 조합에 대해선 직접 세금을 물리는 것이 아닌, 회사나 조합의 사업으로 인해 배당 등 실제 이익을 챙긴 주주나 조합원에게만 세금을 물리는 제도다.
동업기업과세특례적용 사모펀드의 경우 펀드가 아닌 투자자에게 세금을 걷는다.
이 특례를 받고자 하는 사모펀드는 과세연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날이 속하는 15일까지 해당 과세연도 소득계산 및 배분명세 등을 관할 세무서장에 신고해야 한다.
해당 세무서 납세자보호담당관은 이 신고서를 법인세 신고서에 준해 접수하고, 운영지원과장은 이를 전산에 입력하고, 법인세 과장은 입력된 정보가 맞는 내용인지 1개월 이태 오류사항을 정정해야 한다.
만일 무신고 법인의 경우 관할 세무서는 국세청장의 통보를 받아 현장 확인 등을 실시해 무신고자 결정, 세적정비, 조세채권 확보 필요성 검토 등 필요한 조치를 취해야 한다.
