국세청은 최근 국세청 훈령의 하나인 상속제 및 증여세 사무처리규정 일부 개정안을 마련하고 시행에 앞서 이를 행정예고 했다. 이 개정안은 상속제 서면확인결정제도 시행과 함께 주식변동조사의 조사대상이 주식발행법인이 아닌 주주임을 명확히 함으로써 주식변동조사의 조사대상자를 명확히 했다는 것이 주요 골자다.

특히 주식변동조사의 조사대상을 주주로 함으로써 주식변동조사와 관련한 중복조사 논란 소지를 제거했다고 국세청은 강조했다. 중복조사 논란은 지난해 대법원이 국세기본법상의 재조사 혹은 중복조사 금지와 직접 관련이 있는 판결을 냄으로써 제기됐다.

세무조사결정행정처분취소소송 상고심서 재조사 금지 법리 첫 제시

지난해 2월 26일 대법원은 ㈜세라젬이 서울지방국세청장을 상대로 낸 세무조사결정행정처분 취소 소송 상고심(2014두12062 판결)에서 국세기본법이 규정하고 있는 재조사 금지의 의미를 확정하는 판결을 내렸다. 판결이유는 다음과 같다.

가. 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다”고 규정하여 세목과 과세기간을 기준으로 재조사에 해당하는 지를 판단하도록 하고 있다. 또한 구 국세기본법 제81조의7 제1항은 세무조사를 시작하기 전에 통지하여야 할 사항의 하나로 ‘조사대상 세목’을 들고 있으며, 제81조의9 제1항은 “세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다”고 규정하여 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 과세기간과 세목임을 밝히고 있다. 나아가 구 국세기본법 제81조의11은 “특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고 납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다”고 규정하고 있다.

이러한 관련 규정의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다.

나. 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ①피고가 2011. 7. 6. 원고에게 조사대상 세목을 ‘법인세 부분조사’로, 조사대상기간을 ‘2006. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지’로, 조사범위를 ‘본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련된 사항’으로 한 세무조사결정처분을 하고, 이에 따라 세무조사를 실시한 사실, ②피고는 2012. 3. 21. 다시 원고에게 조사대상 세목을 ‘법인제세 통합조사’로, 조사대상기간을 ‘2009. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지’로 하는 이 사건 세무조사결정처분을 한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 세무조사결정처분 중 2010사업연도 법인세 부분은 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고(2009 사업연도 법인세 부분에 대하여는 원심에서 그 취소를 구하는 원고의 청구가 인용되었고, 이에 대하여 피고가 상고하지 아니하였다), 그에 앞서 이루어진 세무조사의 대상이 본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련한 부분에 한정되었고 이 사건 세무조사결정처분의 조사대상에서는 그 부분이 제외되었다고 하여 달리 볼 수는 없다.

당초 조사에서 주식변동조사 제외됐어도 재조사 해당

이 판결에서 확정된 재조사 금지 법리는 이어진 현대중공업(주)과 동울산세무서 간의 상고심(대법원 2015. 9. 10. 선고. 2013두6206. 판결)에서 그대로 이어졌다. 이 상고심에서의 판결이유 중 일부는 다음과 같다.

원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ①피고(동울산세무서)가 2001. 2. 20.부터 2001. 6. 29.까지 원고에 대하여 조사대상 세목을 ‘법인세 외’로, 조사대상기간을 ‘1996년부터 1998년까지’로, 과세대상기간을 ‘1996년부터 2000년까지’로 하는 정기 세무조사를 실시한 후 2000사업연도 임대료 수입누락·계열사 선급금 과다지급 등의 사유로 2000사업연도 법인세 약 122억 4천3백만 원을 부과할 예정임을 고지한 사실, ②피고는 2005. 12. 7.부터 2006. 1. 5.까지 다시 원고에 대하여 조사대상 세목을 ‘법인세 등’으로, 조사대상기간을 ‘2000사업연도’로, 조사사유를 ‘현대우주항공 주식변동내용 확인’으로 하는 이 사건 세무조사를 실시한 후 그 결과에 기초하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 세무조사는 원고의 2000사업연도 법인세에 대한 거듭된 세무조사로서 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법(2006, 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 그에 앞서 이루어진 세무조사의 대상에 ‘현대우주항송 주식변동내역’에 관한 부분이 제외되어 있었다고 하여 달리 볼 수는 없으므로, 이 사건 법인세 부과처분은 위법한 재조사에 기초하여 이루어진 것으로서 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.

재조사 금지법리로 기획주식변동조사 위축 우려

이런 판결들로 인해 국세청은 당장 발등에 불이 떨어진 격이 됐다. 이에 따라 먼저 현실적으로 조사건수가 많을 수밖에 없는 주식변동조사와 관련해 내부 규정인 상증세사무처리규정 개정에 나선 것이다.

현행 상증세사무처리규정 제33조(주식변동조사 대상자의 선정) 제3항에서는 “지방국세청장(조사담당국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되면 주식변동과 관련한 각종 세금을 누락한 혐의에 대하여 수시로 주식변동조사 대상자로 선정 할 수 있으며, 제1호 및 제4호의 경우 혐의내용이 경미하거나 사실 확인을 위하여 필요한 경우 서면확인 대상자로 선정할 수 있다. 다만, 세무서장(재산세과장)은 사전에 지방국세청장(조사담당국장)의 승인을 받아 서면확인 또는 실지조사 대상자로 선정하여야 한다”고 규정하고 주식변동조사 대상자로 선정할 수 있는 유형으로 제2호에서 ‘법인세조사(조사사무처리규정 제50조제1항에 따른 법인세 등의 통합조사를 포함한다) 중 해당 법인에 대한 주식변동조사가 필요한 경우’를, 제3호에서 ‘상속세 및 증여세를 조사 결정할 때 상속 또는 증여받은 주식과 관련하여 해당법인에 대한 주식변동조사가 필요한 경우’를, 제4호에서 ‘주식변동과 관련한 각종 세금을 누락한 혐의가 발견되어 해당법인에 대한 주식변동조사가 필요한 경우’를 들고 있다. 개정안은 이들 각 호 규정에서의 ‘법인에 대한 주식변동조사’라는 문언을 모두 ‘법인의 주주에 대한 주식변동조사’란 문구로 바꾸었다. 국세청 관계자 등에 따르면 현행의 이런 문구에도 불구하고 실제 주식변동조사 대상자 선정은 주로 법인의 주주를 대상으로 이루어 졌기 때문에 이번 사무처리규정 개정은 조사대상이 주식발행법인이 아닌 주주임을 명확히 한 데 의의가 있다.

하지만 이런 상증세사무처리규정의 개정이 중복조사 논란 소지를 완전히 제거할 수 있을 지는 의문이다. 그 이유는 재조사 금지와 관련한 판결이 나오긴 했지만 위 판결사례 등은 법인제세 등 통합조사 이후 다시 주식이동조사를 한 경우 중복조사라는 결론을 낸 것이기 때문이다.

그런데 만약 국세청이 어떤 기업에 대해 주식변동조사를 먼저 하고 나중에 이를 제외한 통합조사를 다시 할 경우엔 중복조사인가 아닌가는 아직도 확실치는 않다. 국세청관계자도 이 부분에 대해 명확한 입장을 보이지 못했다.

실제로 주식변동조사는 계열기업 등을 상대로 기획조사 형태로 운영되는 것이 많은 편인데 이런 기획조사 이후 해당 기업에 대해 실시하는 법인세 통합조사를 중복조사로 본다면 국세청의 주식변동조사는 상당히 위축될 것으로 보인다. 기재부도 이런 사정을 감안해 관련 대책을 검토하고 있는 것으로 알려졌다.

한편 자본거래를 이용한 탈루행위는 워낙 지능적이어서 적발하기가 여간 어려운 게 아니다.

이에 따라 국세청도 서면분석 기법과 업무 프로세스를 매년 개선시켜 나가면서 관련 인프라도 꾸준히 개발함으로써 이에 대응하고 있다. 개선된 ‘NTIS 자금출처분석시스템’의 활약이 기대되기도 한다. 하지만 중복조사 논란을 피하면서 주식변동조사를 원활히 하려면 국세기본법상의 재조사 금지 규정을 정비할 필요성이 높아 보인다. 현재의 규정대로라면 법원은 계속해서 이런 해석 혹은 판결을 내릴 가능성이 커 보이기 때문이다.

이재환 기자 hwankukse@hanmail.net 다른기사 보기