국세청이 NTIS(차세대 국세행정시스템) 내에 각종 보상금 지급내역을 수집해 구축한 데이터베이스(보상금 DB)를 양도소득세 수정신고 점검 등에 제대로 활용하지 않고 있다는 감사원지적이 나왔다.
18일 감사원에 따르면 NTIS의 보상금 DB에 2012. 1. 1. 이후 토지보상금이 증액된 것으로 나와 있는 19,317명을 대상으로 NTIS의 양도세 수정신고 및 경정자료와 보상금 DB를 대조한 결과 21% 상당인 4,004명의 수정신고 내역이 없었다.
감사원이 이 4,004명 중 토지보상금이 3천만 원 이상 증액된 278명을 대상으로 양도세 부과실태를 점검한 결과 254명은 양도세 수정신고를 했으나 주소지 오류 등으로 NTIS의 양도세 수정신고 및 경정자료와 보상금 DB의 대조가 이루어지지 않았다.
나머지 24명의 경우에는 양도소득세 계 5억1200만여 원에 해당하는 수정신고나 경정이 이루어지지 않은 것으로 확인됐다.
또한 양도소득세 수정신고나 경정이 이루어지지 않은 경위를 점검한 결과 M 등 10명(토지증액보상금 계 6억9300만 원, 가산세 2500만 원 포함 추징세액 계 1억8100만 원)은 2016. 2. 16.부터 같은 해 8. 19. 사이에 토지보상금이 증액되어 국세청의 기획점검 대상에 포함되지 않았다.
N 등 13명(토지증액보상금 계 10억8100만 원, 가산세 5800만 원 포함 추징세액 계 2억9300만 원)의 경우에는 한국토지주택공사 등 관계기관이 제출한 자료에서 누락됨으로써 기획점검이 이루어지지 못했다.
같은 사유로 기획점검이 이루어지지 못한 O(토지증액보상금 계 9500만 원, 추징세액 3800만 원)는 국세 부과기간 도과(신고서를 제출한 경우 5년)로 징수할 수 없게 되었다.
국세청은 이런 감사결과를 수용하면서 양도세 수정신고나 경정을 하지 않은 23명에 대해서는 즉시 경정조치하고 점검대상에서 제외된 3,726명에 대해서는 추가점검을 실시하겠다고 밝혔다.
아울러, 앞으로 NTIS의 보상금 DB를 활용해 양도소득세 수정신고 내역을 점검할 수 있도록 업무를 개선하겠다는 의견을 제시했다.
이에 감사원은 양천세무서장 등 12개 세무서장에게 M 등 23명에 대해 추징세액 계 4억7421만원을 경정하도록 하라고 요구했다(시정).
또 이번 감사 점검대상에서 제외된 3,726명에 대해서는 점검․시정방안을 자체적으로 마련함과 아울러, 앞으로 차세대 국세행정시스템의 ‘보상금 지급내역 데이터베이스’를 바탕으로 양도소득세 수정신고 내역을 수시로 점검하는 방안을 마련하라고 통보했다.
