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국세청은 국고채의 원금과 이자를 분리하거나 원금과 이자를 재결합할 때 개인보유분에 대해서는 국고채를 매수한 법인이, 법인보유분에 대해서는 국고채를 보유한 법인이 보유기간 이자상당액을 원천징수해야 한다고 회신했다.

2006년부터 시행된 국고채권 원금이자분리제도(STRIPS)에 따라 국고채권을 분리ㆍ재결합할 때 채권 보유기간이자에 대한 원천징수의무자가 누구인지 여부가 쟁점이 됐다.

이와 관련해 분리ㆍ재결합요청법인이 원천징수의무자라는 의견도 있지만 국고채권 발행법인 한국은행이 원천징수의무자라는 의견도 있다. 또 증권예탁결제원이 원천징수의무자라는 의견도 병존하고 있다.

그러나 국세청은 이에 대해 국고채의 원금과 이자를 분리하거나 원금과 이자가 분리된 국고채의 원금과 이자를 재결합할 때 개인보유분에 대해서는 국고채를 매수한 법인이 원천징수의무자가 된다고 밝혔다.

국세청은 또 법인보유분에 대해서는 국고채를 보유한 법인이 보유기간 이자상당액을 원천징수하는 것이 맞다고 설명했다.

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