A사는 철근콘크리트 공사업을 영위하는 전문건설업체로 2005.4.11~2007.9.30의 기간으로 완성도기준 지급조건 건설용역을 공급했다. 기성금은 월1회 지불하고 하자보수보증금율은 계약금액의 3/100으로 하는 하도급계약을 체결하고 매월 원도급자(이후 ‘갑’)에게 기성청구 때 세금계산서를 교부하고 당월에 대가를 수령키로 했다.
2007년 6월 기성청구 때 ‘갑’은 잔여기성이 계약금액의 3％정도 남았으므로 당월 기성은 공사가 완료된 후 하자보증서가 수령되면 잔여기성과 함께 지급한다고 철회했다.
이처럼 완성도기준지급조건부로 건설용역을 공급하면서 하자보증금으로 유보하는 경우 하자보증금의 공급시기는 언제인지, 또 기성청구 때 발행한 세금계산서를 폐기시켜야 하나 2007년 1기 확정 부가가치세 신고 때 공급자인 A사만 매출처별세금계산서합계표에 포함돼 과다하게 신고 납부했는데 이 경우 국세기본법 제45조의 2 규정에 따라 경정 청구 때 매출처별세금계산서합계표 가산세가 적용되는지 아니면 단순한 업무착오로 봐 가산세를 적용하지 않는 것인지가 쟁점이 됐다.
이에 대해 국세청은 사업자가 완성도기준지급 조건부로 건설용역을 공급하면서 결정된 기성금의 일부를 당해 건설용역의 공급에 대한 하자보증금으로 유보하는 경우 당해 하자보증금의 공급시기는 당해 건설용역의 공급에 대한 기성고가 확정돼 대가의 각 부분을 받기로 한 때라고 답변했다.
국세청은 또 사업자가 부가가치세 신고 때 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 않거나 사실과 다르게 기재된 부분의 공급가액에 대해 부가가치세법 제22조 제4항의 규정에 따라 가산세가 적용되는 것이나 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로 교부한 세금계산서에 의해 거래사실이 확인되는 공급가액에 대해서는 가산세를 적용하지 않는다고 설명했다.
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