내국법인 A는 일부 사업에 대해 외국인투자에 대한 법인세 감면을 적용받고 있었는데, 외국인 투자에 대한 법인세 감면을 적용받는 다른 내국법인 B를 흡수합병해 각각의 감면사업은 하나의 감면사업부가 됐다.
이처럼 각각의 감면사업이 있는 외국인투자기업이 합병하는 경우 합병 후 감면비율의 산정방법과 합병 후에도 합병 전 A의 감면사업과 승계받은 합병 전 B의 감면사업 간에 구분경리를 해야 하는지 여부가 쟁점이 됐다.
이에 대해 국세청은 ‘조세특례제한법’ 제121조의 2 규정에 따른 법인세 등의 감면대상사업을 영위하는 외국인투자기업간에 합병하는 때 합병 후 감면비율은 합병비율을 적용한 합병 후 자본금을 기준으로 ‘법인세법 시행규칙’ 별지 제8호 서식 부표4에 따라 계산하는 것이라고 설명했다.
따라서 국세청은 일부사업에 대해 외국인투자에 대한 법인세 감면을 적용받는 내국법인A가 외국인투자에 대한 법인세 감면을 적용받는 다른 내국법인B를 흡수합병함으로 인해 합병 전 각각의 감면사업이 합병 후 하나의 감면사업부가 되는 경우, 내국법인B에 이월결손금이 없다면 내국법인A의 감면사업부분과 승계받은 내국법인B의 감면사업부분간에는 구분경리를 하지 않아도 된다고 회신했다.
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