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국세청은 은행업을 영위하는 법인이 기술개발촉진법에서 규정하는 연구개발전담부서를 보유한 전산시스템개발업체에게 연구개발전담부서 소속직원 및 전담부서 외 다른 부서 소속직원이 수행한 개발용역의 대가로 지출하는 비용은 연구인력개발비에 해당한다고 회신했다.

은행업을 영위하는 A법인은 업무 수행에 필요한 전산시스템의 위탁개발과 관련해 기술개발촉진법에서 규정하는 ‘연구개발 전담부서’를 보유한 전산시스템개발업체 B에게 ▲하드웨어 구입대가 ▲소프트웨어 구입대가 ▲개발자 인건비 등을 지출했다.

특히 당시 전산시스템개발용역의 수행과 관련해 수탁업체의 전담부서 소속 직원뿐 아니라 전담부서 외의 다른 부서 소속 직원도 개발에 참여했는데, A법인은 용역의 대가로 지출한 비용이 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항이 규정하는 연구 및 인력개발을 위한 비용에 해당하는지 여부에 대해 질의를 했다.

이 문제와 관련해 수탁업체 전담부서 소속 직원의 용역수행 참여 여부와 관계 없이 연구개발 전담부서를 보유한 기업에 지출한 비용은 세액공제 대상이라는 의견과 연구개발 전담부서 외의 다른 부서 소속 직원이 참여한 비용은 세액공제를 적용받을 수 없다는 의견이 상충하고 있었다.

국세청은 이에 대해 은행업을 영위하는 법인이 기술개발촉진법에서 규정하는 연구개발전담부서를 보유한 전산시스템개발업체에게 연구개발전담부서 소속직원 및 전담부서 외의 다른 부서 소속직원이 수행한 개발용역의 대가로 지출하는 비용은 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항에 의한 연구 및 인력개발을 위한 비용에 해당한다고 회신했다.

따라서 국세청은 같은 법 제10조의 규정을 적용받을 수 있다고 답변했다. 그러나 이 때 컴퓨터 및 범용소프트웨어 구입비용은 제외된다고 국세청은 덧붙였다.

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