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국세청은 공익단체가 그 고유의 목적사업을 위해 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면제된다고 회신했다. 그러나 부가세 면세 여부는 구체적인 사실관계를 통해 판단할 사항이라는 것이 국세청의 설명

비영리법인인 한국보건산업진흥원은 식품의약품안전청이 지정한 HACCP 기술 지원 전문기관으로서 HACCP 적용업소 기술지원 및 지정평가, 교육지원 등에 대한 HACCP 관리 지원사업을 식품의약품안전청으로부터 위탁받아 수행한다.

특히 정부가 추진하는 HACCP 제도의 확대 및 식품산업체의 HACCP 시스템 조기정착을 효율적․체계적으로 지원하고자 HACCP관리사업단을 별도로 설치ㆍ운영하고 있는데, 사업단의 사업 및 운영에 대해서는 별도의 계정을 설정하고 다른 회계와 명백히 구분해 경리하고 있는 중이다.

사업단이 식품의약품안정청과 1년 단위로 HACCP 관련 업무 위수탁계약에 의해 HACCP 지정 및 사후관리 지원, 기술지원, 교육지원 등의 용역을 제공하고 그 대가를 국가예산(위탁사업비)으로 실비만을 지원받는 경우 제공하는 용역이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부가 과세상 쟁점이 됐다.

이에 대해 국세청은 ‘부가가치세법 시행령’ 제37조 제1호에서 규정하는 공익을 목적으로 하는 단체(공익단체)가 그 고유의 목적사업을 위해 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면제되는 것이라고 회신했다.

국세청은 또 부가가치세 면제 여부는 공익단체 해당 여부, 제공하는 용역이 고유사업 목적인지 여부 및 그 대가가 실비에 해당하는지 등의 구체적인 사실에 따라 판단할 사항이라고 설명했다.

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