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국세청은 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 사업인가를 받아 신축하는 공동주택의 경우 토지가액은 잔존 토지에 대한 자본적 지출로 처리하고 당해 수익의 발생이 확정되는 때가 속하는 사업연도에 손금산입한다고 회신했다.

A법인은 공동주택을 건설 시행하는 법인으로 사업인가조건에 따라 도로 및 공원부지를 국가 및 지방자치단체에 기부하기로 하고 공동주택을 2007년 준공해 분양자에 대한 소유권이전등기를 완료했다.
당시 기부채납대상 토지는 지번 및 면적을 확정한 상태이나 동 토지를 수령할 국가 및 지방자치단체간의 협의지연으로 2008년 상반기에 이전등기를 이행할 수 있는 것으로 판단됐다.

이처럼 2007년 분양완료되어 청약자에게 소유권이전등기를 한 이후 기부채납 대상 토지에 대해 국가 등이 이전등기 시 기부채납토지의 공사원가를 반영하는 시기에 대해 질의가 있었다.

이와 관련해 소유권이전등기일이 속한 사업연도에 손금산입한다는 의견이 있었다. 이 견해에서는 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호에서 법인이 상품 등외의 자산을 양도시 잔금청산일, 사용수익일, 이전등기일 중 빠른 날로 하도록 되어 있는 점을 고려할 때 잔금청산일 및 사용수익일이 없으므로 이전등기일이 속하는 사업연도에 잔여토지에 대한 자본적지출로 하고, 이를 통해 손금산입하는 것이라고 해석했다.

반면 사업승인 시점에 기부채납대상 토지를 잔여토지에 대한 자본적지출로 본다는 의견도 있었다. 이 견해에 따르면 법인세법 기본통칙 23-31…1에 따라 사업수행과 관련된 기부채납 토지는 잔여토지에 대한 자본적지출로 규정하지만, A법인의 2007년에 분양이 완료되어 소유권이전등기가 완료되고, 2008사업연도에는 잔여토지가 없어 잔여토지에 대한 자본적지출을 적용할 수 없다.

또한 법인세법 시행령 제68조의 규정은 자산의 유상양도에 대한 규정으로 무상양도에는 적용하는 것이 타당하지 않으며, 시행규칙 제36조에서 기타손익의 귀속사업연도는 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고 있기에 기부채납을 조건으로 지방자치단체 등으로부터 사업승인을 득한 경우에는 사업승인시점에 기부채납대상토지를 잔존토지에 대한 자본적지출로 처리하는 것이 타당하다고 설명한다.

이에 대해 국세청은 법인이 공동주택을 신축함에 있어 사업인가조건으로 도로 및 공원부지를 지방자치단체에 기부채납하기로 한 경우 당해 기부채납하는 토지가액은 법인세법 기본통칙 23-31…1 제12호에 따라 잔존토지에 대한 자본적지출로 처리하는 것이며, 토지가액의 손금귀속시기는 수익의 발생이 확정된 때가 속한 사업연도로 보는 것이라고 회신했다.

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