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국세청은 법인세법 시행령 제92조의 2 제2항 제1의 2호에 해당되는 임대주택을 제외한 법인사업자의 양도소득이 있을 때는 법인세와 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부하는 것이라고 회신했다.

A는 정부로부터 임대주택건설자금(국민주택기금)을 융자받아 임대주택을 건설하고 임대를 하고 있는 B법인의 대표자로서 천안시 안서동에 230세대(전용면적 19.7555㎡)의 임대주택을 천안시장으로부터 1997년 허가받았다.

이후 B사는 2000년초 대지를 구입하고 임대주택을 건설해 2008년 8월 30일 준공했으며, 2000년 9월 4일 임대 승인을 받아 2007년 3월까지 임대를 했다. 그러나 최근 회사의 자금사정으로 인하여 임대하고 있던 임대주택을 매각할 수밖에 없었다.

A는 임대주택법에 따라 사업승인을 받고 임대사업에 사용하던 임대주택을 매각할 때 발생하는 양도차익이 법인세 과세대상인지 여부에 대해 질의를 제기했다.

이에 대해 국세청은 임대주택을 건설해 임대용역을 제공하던 법인사업자가 동 임대주택을 양도하는 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 토지등 양도소득에 대한 법인세를 납부해야 한다고 회신했다.

국세청은 그러나 양도하는 임대주택이 법인세법 시행령 제92조의 2 제2항 제1의 2호에 해당되는 경우에는 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가납부하지 않는 것이라고 덧붙였다.

한편, 장기임대주택 양도에 대한 양도소득세 감면규정인 조세특례제한법 제97조의 규정은 거주자의 양도소득세에 대해서만 적용되는 것이라고 국세청을 밝혔다.

[관련법령] 법인세법 시행령 제92조의 2, 법인-3762, 2008.12.02

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