S2N38

조세불복사건 전문 김종관 세무사(삼송세무법인 대표, 상속·증여세 실무 및 불복과 부당행위계산부인 저자)는 국세신문 등에서 연재하고 있으며, 대기업 및 중소기업·세무사와 납세자들로부터 의뢰받아 법령해석으로 전개한 것을 사실관계로 전환하여 불복과정 및 조사진행 과정에서 받아들여진 사유 등 그동안의 노하우를 모두 공개함으로써 납세자 권익이 부당하게 침해받지 않도록 최근까지 인용된 사례를 중심으로 계속적으로 연재할 예정이라고 밝히고 있다.   /편집자 주

 

3. 공익법인의 납세의무 체계 요약하면 다음과 같다.

가. 공익법인에 출연한 경우 상속세 및 증여세법에 의한 지원

다) 상속재산 중 주식 또는 출자지분을 출연하는 경우

해당 출연주식이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 5%(또는 성실공익법인 10%, 20%) 이내인 경우에 한하여 상속세 과세가액에 산입하지 아니하나, 총 발행주식수의 5%(또는 10%, 20%)를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

다만, 성실공익법인 상태에서 출연했으나, 추후 성실공익법인에서 제외될 경우에는 5% 초과분에 대해서는 증여세로 과세된다.

•성실공익법인 확인기간 변경<2018.2.13.>:지방국세청장 <상증령 제13조 제5항>

•5년마다 재확인 필

•성실공익법인 등 해당 여부는 주식 등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 판정한다(재산세과－490, 2010.7.7.).
 

 

 

 

 

 

 

□성실공익법인(상속·증여세법 §16②2, 같은법 시행령 §13③)

○공익법인 중 다음의 8가지 요건을 충족하는 공익법인

① 운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

② 출연자 및 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니할 것

③ 외부회계감사 이행 ④ 전용계좌 개설 및 사용 ⑤ 결산서류 등 공시이행 ⑥ 장부의 작성·비치

⑦ 특수관계인 간 자기내부거래를 하지 아니할 것 ⑧상증법§48⑩에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것

○성실공익법인에 대한 세제상 혜택

①-동일기업의 주식보유 제한비율 완화:(일반공익법인) 5%→(성실공익법인) 10% 또는 20%

②계열회사 주식보유 한도 완화:(일반공익법인) 총자산가액의 30%~50%→(성실공익법인) 제한 없음.

○관련서식<상속세 및 증여세법 시행규칙 제4조> 제1항

1. 해당 공익법인 등의 설립허가서, 등기사항증명서 및 정관

2. 영 제43조 제7항에 따른 감사보고서

3. 별지 제25호의4 서식에 따른 운용소득 사용명세서

4. 별지 제26호의2 서식에 따른 이사 등 선임명세서

5. 별지 제26호의3 서식에 따른 특정기업광고 등 명세서

6. 별지 제30호 서식에 따른 전용계좌개설(변경・추가)신고서

7. 별지 제31호 서식에 따른 공익법인 결산서류 등의 공시

8. 별지 제32호 서식 부표2에 따른 출연자 등 특수관계인 사용수익명세서

9. 별지 제32호 서식 부표5에 따른 장부의 작성・비치 의무 불이행 등 명세서

 

2) 증여세 과세가액 불산입 [상증법 §48 ①]

공익법인 등이 출연받은 재산에 대해서는 증여세 과세가액에 산입하지 아니하나, 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 5%(또는 성실공익법인 10%, 20%)를 초과하여 보유하는 경우에는 5% 초과분에 대해 증여세가 과세된다.

 

 

 

 

 

 

나. 수익사업이 있는 공익법인의 각 종 신고의무

1) 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고의무<법법§4>

공익법인이 법인세법 제4조와 같은법 시행령 제2조에 열거하는 수익사업을 영위하는 경우에는 당해 수익사업에서 생긴 소득에 대해 법인세를 신고·납부할 의무가 있으나, 청산소득과 미환류소득에 대해서는 법인세 납세의무가 없다.

•수익사업을 개신한 법인은 사업 개시일로부터 20일 이내에 사업자등록신청<법령 제154조 제1항>

가) 수익사업이 있는 경우 법인세 신고·납부<법법 §3③>

① 한국표준산업분류에 따른 사업에서 생기는 사업수입금액<법령 §2①>

•제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등

•다만, 법인세 부과대상이 아닌 수익사업<축산업 등>은 제외 <「법인령」 제3조 제1항에 열거>

② 이자소득<소득세법 제16조 제1항의>

•이자소득만 있는 경우에도 법인세 신고기한내 신고한 경우에만 환급 가능하다. <사후관리>

③ 배당소득<소득세법 제17조 제1항의>

④ 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

⑤ 고정자산<유형자산 및 무형자산>의 처분으로 인한 수입

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

⑥ 자산의 양도로 생기는 수입<소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호>

•부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권, 전세권과 등기된 부동산 임차권

•사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권, 시설물 이용권<주식 포함>, 자산총액 50% 이상의 주식양도

⑦ 채권 매매익<소득세법 제46조 제1항에>:법인세가 비과세되는 것 제외

나) 수익사업과 고유목적사업의 구분 경리 <법법§113>

비영리법인이 수익사업과 고유목적사업을 겸영하는 경우에는 자산과 부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 고유목적사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분해 기록해야 한다.

•고유목적사업용 자산을 수익사업에 전입하는 경우에는 그 시가를 자본의 원입으로 한다. <법규칙 §76③, ④>

•수익사업용 자산을 고유목적사업에 전입하는 경우에는 소득금액<잉여금 포함>을 초과하는 금액은 자본 원입액의 반환으로 처리한다.

다) 고유목적사업준비금의 손금산입 <법법§29>

① 비영리법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위해 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다.<법법 §29①>

•고유목적사업이란:법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법령 §2 ①의 수익사업 외의 사업을 말한다(법인령 §56⑤).

•설정 가능 법인

•법인격이 있는 민법상 비영리법인 등

•법인으로 보는 단체 중 지정기부금대상단체, 법령상 설치된 기금, 공동주택의 입주자 대표회의, 임차인 대표회의, 자치관리기구 등

•설정 제외 법인:분리과세 이자로 종결, 당기순이익 과세 조합법인, 청산 중인 비영리 내국법인 등

•설정대상 소득 및 손금산입 한도

- 이자소득금액<비영업 대금의 이익은 제외>, 배당소득<상속·증여세가 부과되는 주식으로부터 발행한 금액은 제외> 등 × 100%

- 기타의 수익사업에서 발생한 소득 × 50%(또는 50% 이상 장학금으로 지급하는 경우 80%)

- 조세특례제한법상 특례(100%, 50% 등):조특법§74, §121의23 <2019.12.31. 이전 사업연도 등>

② 법인세법 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) 제항에 의하면, 법인세법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 비영리 내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액과 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험·연금관리 및 공제사업 등을 영위하는 비영리 내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. <20001.1.1.>

•인건비 전액 필요경비 산입:고유목적사업 지출로 봄(법인령 §56 ⑪):’11.12.31. 이전

*비영리 내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액은 고유목적에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. <서면 2팀-618, 2008.4.4.>

*공익법인 등이 관리비로 지출한 금액 중 정관상 고유목적사업의 수행과 직접 관련된 비용은 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것이며, 고유목적사업을 위한 사용인의 인건비로 지출한 금액에 대해서는 전액 직접공익목적사업에 사용한 것으로 본다. <재산세과-814, 2010.11.1.>

*공익법인이 정관상 고유목적사업 수행을 위해 지급하는 사용인의 인건비는 직접 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것이나, 출연자 및 그와 특수관계자가 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 임직원이 되는 경우 그에 대한 인건비는 가산세가 부과된다. <재산세과-465, 2011.10.7.>

 

■상증령 제38조(공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리)

② 법 제48조 제2항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산(출연받은 재산 중 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 것을 제외하되, 사립학교법에 의한 학교법인이 다른 학교법인의 교육용 기본재산으로 출연하는 토지 및 건물을 포함한다)을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위해 당해 공익법인 등의 공익목적사업과 동일한 목적의 공익사업을 영위하는 다른 공익법인 등에게 출연하는 것을 포함한다.<1991.12.31.>

② 법 제48조 제2항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용(재정경제부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위해 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인 등에게 출연하는 것을 포함한다. <개정 2000.12.29.>

 

■상증칙 제10조의5(직접 고유목적사업에의 사용 등)

① 영 제38조 제2항 본문의 규정에 의하여 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 하는 인건비 및 관리비는 다음 각 호의 것으로 한다.<2000.4.3. 신설, 2000.12.29. 삭제>

☞ 정관상 고유목적사업에 사용하는 인건비는 전액 고유목적사업에 사용한 것으로 본다. <이사 등 이외의 인건비도 전액 고유목적사업에 사용한 것으로 봄>

1. 당해 공익법인 등의 정관상의 고유목적사업을 직접 수행하는 의사·교사·사서·보모 및 전문연구원(이하 이 조에서 “의사등”이라 한다)에 대한 인건비 전액

3. 당해 공익법인 등의 정관상의 고유목적사업에 직접 사용하는 시설의 수선비·전기료·전화사용료 등의 관리비

•상증법 제80조(가산세 등)

⑦ 법 제78조 제6항에서 “대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비”라 함은 당해이사 또는 임·직원을 위해 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비등(의사, 학교의 교사, 고아원·탁아소의 보모, 도서관의 사서와 관련된 경비를 제외한다)을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다. <신설 1999.12.31.>

☞ 상증칙 제10조의5의 규정과 동일<2000.12.29. 삭제됨>

•상증법 제80조(가산세 등)

⑩ 법 제78조 제6항에서 “대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비”라 함은 당해이사 또는 임·직원을 위해 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비 등(의사, 학교의 교직원(교직원 중 직원은 「사립학교법」 제29조에 따른 학교에 속하는 회계로 경비를 지급하는 직원에 한한다), 아동복지시설의 보육사, 도서관의 사서, 박물관·미술관의 학예사, 사회복지시설의 사회복지사 자격을 가진 자와 관련된 경비를 제외한다)을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다. <신설 1999.12.31., 2002.12.30., 2008.2.22.>

☞ 이사의 5분의 1을 초과한 경우에 있어서 자격소지자가 이사 또는 임직원이 되는 경우에도 가산세 과세대상에서 제외하는 것으로 봐야지 입법취지인 사적지배 논리에 부합된다.