Ⅰ. 양도소득세
10 조세특례제한법
63. 사업인정고시가 없는 경우에도 「조세특례제한법」 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하는지 여부
■사실관계
•xxx교육청은 교육부 중앙투융자심사위원회로부터 ○○중학교의 설립승인을 받았으며
- 현재 ☆☆군수와 도시관리계획(학교용지) 결정을 위해 협의 중에 있다.
•학교용지 예정지가 농업진흥구역 해제 등으로 2014년 7~8월 중 도시관리계획 결정고시가 있을 것으로 예상되며
- 토지 등에 대한 보상열람공고는 아직 이루어지지 않았다.
•xxx교육청은 토지 등 소유자(’10년 취득)와 2014.4.에 토지 및 지장물 보상계약을 체결하여 보상금 전부를 지급하거나
- 또는 2014.4.에 계약을 체결하고 보상금 일부를 지급한 후 2014.6.에 잔금을 지급할 예정이다.
■질의내용
•사업인정고시가 없는 경우에도 「조세특례제한법」 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하는지 여부
■회신문
•거주자가 「조세특례제한법」 제77조 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자(이하 “지정 전 사업자”)에게 2년 이상 보유한 같은 법 같은 조 제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지 등을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지 등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 같은 법 같은 조 제2항에 따른 양도소득세를 감면받을 수 있다.
■검토내용
•학교는 「학교시설사업촉진법」에 따라 신축되는바, 학교시설사업을 시행하고자 하는 자는 학교사업의 시행지·규모·재원 등이 포함된 학교시설사업 시행계획을 작성해 「초중등교육법」 제6조에서 규정하는 감독기관의 승인을 얻어야 한다(학교시설사업촉진법 §4①).
•또한, 사업시행자는 학교시설사업을 위해 그 시행지안의 특정의 토지·건축물 기타토지의 정착물이나 그에 대한 소유권 외의 권리가 필요한 경우에는 그 토지·건축물 기타 토지의 정착물이나 그에 관한 소유권외의 권리를 수용·사용할 수 있다(학교시설사업촉진법 §10①).
•한편, 수용·사용에 관한 규정은 「공익사업법」을 준용하는바 「공익사업법」을 적용함에 있어서 학교시설사업의 사업시행계획 승인은 「공익사업법」 제20조 제1항의 사업인정으로 보고
- 「학교시설사업촉진법」 제4조 제7항에 따른 고시는 「공익사업법」 제22조에 따른 사업인정고시로 본다(학교시설사업촉진법 §10).
•본 건 질의의 경우, 급박한 사업진행으로 인하여 미리 교육청에서 토지를 수용한 것으로 확인되는바, 질의당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 학교용지의 도시관리계획 결정을 위해 협의 중이고
- 이후 「학교시설사업촉진법」에 따른 사업계획승인을 얻을 예정(사업계획 승인을 얻은 시점이 사업인정 및 고시일임)
•이와 관련해, ’10.12.27.에 법률 제10406호로 개정된 「조세특례제한법」 제77조에 따라 ’10.1.1. 이후*에는 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 2년 이상 보유한 토지 등을 양도하고
- 해당 토지를 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고 포함)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정전 사업자가 그 토지 등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 양도소득세 감면을 적용받을 수 있다(조특법 §77②).
•다만, 사업시행자 지정전 사업자가 사업시행자로 지정받은 날로부터 2개월 이내에 세액감면신청서를 해당 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부해 양도자의 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 적용한다(조특령 §72④).
•따라서, 본 질의의 사실관계에 있어서는 토지소유자가 ’10년 이후 매입해 보유해 오던 토지를 교육청이 사업시행자로 지정되기 이전에 양도한 경우로서
- 양도일 이후 5년 이내에 교육청이 사업시행자로 지정된 경우에는 「조세특례제한법」 제77조 제2항에 따라 양도소득세 감면을 적용받을 수 있다.
■관련법령 및 해석사례
•조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】
•조세특례제한법 시행령 제72조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】
•조세특례제한법 기본통칙 77-0…2 【토지수용의 범위 】
•공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 【공익사업】
•공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제19조 【토지 등의 수용 또는 사용】
64. 지자체의 감면대상 확인을 받지 못한 경우 조특법 §99의2 신축주택 감면특례 적용 여부
■사실관계
•2013.**.**. 갑은 1세대 1주택자로부터 ☆☆시 소재 쟁점주택을 취득
- 쟁점주택은 조특법 §99의2에 따른 감면대상 기존주택임을 시장·군수·구청장으로부터 확인날인 받지 못한 주택이다.
•2017.**.**. 갑은 쟁점주택을 양도
■질의내용
•조특법 §99의2에 따른 감면대상 기존주택임을 시장·군수·구청장으로부터 확인날인 받지 못한 경우에도 해당 감면을 적용할 수 있는지 여부
■회신문
•거주자가 「조세특례제한법」 제99조의2 및 같은 법 시행령 제99조의2 제12항에 따라 감면대상 주택임을 확인받지 못한 경우에는 같은 법 제99조의2에 따른 감면을 적용받을 수 없다.
■검토내용
•조특법 §99의2에 따른 감면은 2013.4.1. 부동산 대책에 포함된 감면 규정으로,
- 2013.4.1.~2013.12.31. 기간 동안 신축주택, 미분양주택, 1세대 1주택자가 소유한 주택을 취득하는 경우 양도세를 감면하는 규정이다.
•당초 조특법 §99의2④은 ‘감면받고자 하는 자는 ~ 감면대상 주택임을 확인받아 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다’라고 규정했다.
- 그러나 2014.1.1. 해당 규정을 개정해 ‘대통령령으로 정하는 방법에 따라 감면대상 주택임을 확인받아 납세지 관할세무서장에게 제출한 경우에만 적용’하도록 명확히 규정했고,
- 조특령 §99의2 ⑫는 2014.3.31.까지 매매계약서에 시장·군수·구청장으로부터 감면대상 기존 주택임을 확인하는 날인을 받아 해당 매매계약자에게 교부하도록 규정했으므로
*당초 조특령은 매매계약 체결한 날부터 30일 이내에 확인(신청)날인을 받도록 규정하였고, 2014.2.21. “2014년 3월 31일까지”로 개정했다.
- 2014.3.31.까지 확인날인 받지 못한 경우는 해당 감면 규정을 적용할 수 없으며, 본 건의 경우에도 감면을 적용할 수 없다.
■관련법령
•조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】
65. 지주회사 전환으로 과세이연 받은 주식과 그 밖의 주식 중 일부 양도 시 취득가액 산정방법
■사실관계
•2003.4.**. 갑은 A법인의 주식 26,940주를 장내에서 취득했고, B법인의 주식을 1977년부터 1999년까지 수차례에 걸쳐 매입, 유상증자, 주식배당 등의 방법으로 5,100,000주를 보유하고 있었다.
•2003.7.**. A법인이 인적분할함에 따라 갑이 보유한 26,940주 중 6,483주가 감소하고 지주회사인 C법인 주식 6,482주를 취득했다.
•2003.10.**. 갑은 보유 중인 A법인 주식 전부(20,457주)와 B법인 주식 전부(5,100,000주)를 지주회사인 C법인에 현물출자하고,
- C법인 주식을 906,502주(각각 77,931주, 828,571주)를 교부받았다.
•2004.5.**. 갑은 양도소득세 과세표준 신고 시 조특법 §38의2에 따른 과세이연을 신청했다.
- A법인 주식은 양도일 현재 보유기간이 1년 미만으로 30% 세율을 적용
- B법인 주식은 양도일 현재 보유기간이 1년 이상으로 20% 세율을 적용
•2017.4.**. 갑은 C법인 주식 912,984주(발행주식 총수의 19.7%)를 시간외대량매매방식을 통해 특수관계자인 을에게 277,770주를, 특수관계자인 병에게 23,730주를 양도하는 계약을 체결했다.
■질의내용
•(질의1) 조특법 §38의2의 요건을 충족한 주식과 인적분할로 취득한 주식 중 일부를 양도한 경우 취득가액 산정방법
•(질의2) 현물출자로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 경우로서 과세이연한 대상 주식의 취득시기 및 취득가액이 각각 다른 경우 취득가액 산정방법
•(질의3) 2017.4.**. 양도한 주식의 양도세 신고 시 적용 세율
■회신문
•A법인은 2003.7.**. 인적분할로 “「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사”(이하 “지주회사”)를 설립해 A법인의 내국인 주주였던 갑은 지주회사 주식을 취득하게 되었고, 2003.10.**. 갑은 보유 중인 A법인의 주식과 B법인의 주식을 지주회사에 현물출자하여 지주회사 주식을 추가로 취득한 후 해당 현물출자 주식에 대해 「조세특례제한법」(2003.12.31. 법률 제7030호로 개정되기 전의 것) 제38조의2에 따라 과세특례를 적용받은 경우
(질의1) 갑이 보유 중인 지주회사 주식 중 일부를 양도하는 경우에는 「조세특례제한법 시행령」(2017.4.7. 대통령령 제27978호로 개정된 것) 제35조의4 제1항에 따라 현물출자로 취득한 지주회사 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.
(질의2) 같은 날 A법인의 주식과 B법인의 주식을 현물출자하고 지주회사 주식을 취득한 후 해당 지주회사 주식 중 일부를 양도하는 경우에는 A법인의 주식과 B법인의 주식 보유비율대로 양도되었다고 보아 양도한 지주회사 주식의 취득가액을 산정한 것이다.
(질의3) 양도하는 지주회사 주식에 적용되는 세율은 지주회사 주식양도 시점에 지주회사 주식에 적용되는 「소득세법」 제104조 제1항 제11호에 따른 세율이 된다.
■검토내용
(질의1)
•양도자산이 특정되지 않는 경우 원칙적으로 소득령 §162⑤에 따라 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.
- 다만, 조특령 §35의4 ①은 과세이연받은 지주회사의 주식을 양도하는 경우로서 양도하는 주식 중 현물출자 등으로 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우 현물출자 등으로 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 규정했으므로
- 갑이 양도한 301,500주는 2003.10.**. 현물출자를 통해 과세이연을 받은 주식 906,502주에서 먼저 양도된 것으로 봐야 한다.
(질의2)
•먼저 양도되었다고 보는 지주회사 주식 906,502주에는 A법인의 주식을 현물출자하고 받은 주식과 B법인 주식을 현물출자하고 받은 주식이 혼재되어 있어 이를 구분할 필요가 있다.
•취득일자가 동일한 경우 어떤 주식을 양도하였는지에 대한 별도의 규정이 없으므로 자산의 보유비율대로 양도된 것으로 보는 것이 합리적이다.
- 조특법 §32의 적용 시 같은 날짜에 사업용 고정자산을 현물출자하고 취득한 주식과 현금을 출자하고 취득한 주식이 혼재된 경우에 대하여도 자산의 보유비율대로 양도된 것으로 보도록 해석한바 있다(기획재정부 재산세제과-741, 2017.10.29.).
(질의3)
•과세이연이란 종전 자산을 양도할 때 그 차익에 대해서 과세하지 않되, 새로 취득한 자산을 양도할 때 종전 자산의 양도차익을 새로 취득한 자산의 취득가액에서 차감해 양도차익을 계산한다(조특법 §2).
- 따라서, 현물출자 등으로 인한 양도차익과 새로 취득한 자산의 양도차익을 구분하지 않고 새로 취득한 지주회사 주식의 취득가액에서 종전 자산의 양도차액을 차감해 양도차익을 계산하고
- 새로 취득한 지주회사 주식의 보유기간, 지주회사의 대주주 여부 등을 기준으로 세율을 적용한다.
■관련법령 및 해석사례
•조세특례제한법 제2조 【정의】
•조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】
•조세특례제한법 시행령 제35조의4 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자 등의 과세특례】
