국세청이 새해부터 본청 법인납세국에 '공익중소법인지원팀'을 신설, 운영중인 것으로 확인됐다.

4개팀 총 21명으로 구성된 지원팀은 과단위 부서로, 복수직 서기관이 팀장이다.

국세청 관계자는 18일 본지 통화에서 "공익중소법인지원팀 신설은 행정안전부 등 관련 부처와 이미 협의된 사항으로, 직제 개정 업무는 1월부터 대응, 오는 3~4월쯤 직제 개정안이 예고될 예정"이라면서 이 같이 밝혔다.   

이 관계자는 "공익중소법인지원팀은 1~4팀으로 구성되고, 공익법인·연구개발(R&D) 사전심사·중소기업 세무컨설팅 업무 등의 업무를 수행한다"고 설명했다.

그러면서 "1팀은 중소기업 세무컨설팅 업무를, 2팀은 공익법인 신고지원 업무와 성실공익법인 확인업무, 3팀은 기부금단체 지정추천 업무, 4팀은 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 업무를 담당하며, 올해부터 각 주무관청에서 국세청으로 이관돼 일원화된, 기획재정부 지정기부금단체 지정추천 업무도 대응한다"고 덧붙였다.

연구·인력개발비 세액공제 사전심사 업무를 담당할 4팀은 가장 많은 8명이 업무를 대응한다.

국세청은 작년 12월 '연구·인력개발비 세액공제 사전심사' 사무처리규정 개정안 행정예고에서 올해부터 지방국세청에 R&D 세액공제 사전심사팀을 신설하고 R&D 세액공제 사전심사 조직을 이원화한다고 밝힌 바 있다.

지방국세청 R&D 세액공제 사전심사팀 신설 관련 총 30명이 증원되는데, 서울국세청이 9명으로 가장 많고, 중부청 8명, 인천·부산청 각각 4명, 대전청 3명, 광주·대구청 각각 1명 이다.

서울·중부·인천·부산·대전청은 팀단위로, 광주·대구청은 전담직원제로 운영되고, 연구개발비 세액공제 사전심사와 중소기업세무컨설팅 업무를 수행하게 된다. 

R&D 세액공제 사전심사 조직 이원화 관련해서는 본청은 일반기업을, 본점소재지 관할 지방청은 중소기업을 심사한다.

심사는 기술검토와 비용검토로 구분돼 진행되는데, 기술심사는 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 적합한지 여부를 심사하고, 비용심사는 연구·인력개발 활동을 위해 지출한 비용이 세액공제를 적용받는 비용인지 여부를 심사한다.

심사방법은 비대면 방식의 서면심사를 원칙으로 진행하고, 필요한 경우 현장 확인한다.

사전심사에 따른 혜택은 ▲세무상 불확실성 해소와 납세협력비용 절감 ▲심사받은 내용에 대한 신고내용확인 및 감면사후관리 제외 ▲추후 심사결과와 다르게 과세처분한 경우에도, 과소신고가산세 면제(단, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우 제외) ▲연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅 등 자문 서비스 제공 등이다.

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