Ⅱ. 공익법인과 세금
2. 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고·납부
<관련 예규 및 심판례 등>
• 계약 등에 의해 대가를 받고 제공하는 연구 및 개발용역
연구 및 개발업은 수익사업에 해당되지 아니하는 것이나, 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 경우에는 수익사업에 해당된다(법인-3364, ’16.5.11.).
• 공제조합이 분담금으로 폐기물 회수·인계·재활용의무를 이행하는 사업
공제조합이 분담금으로 폐기물 회수·인계·재활용의무를 이행하는 사업을 영위하는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당한다(법령해석법인-2495, ’16.4.6.).
• 종전 부동산 처분일 현재 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 경우
처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 경우 수익사업에 해당하지 않는 것이나, 종전 부동산 처분일 현재 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 경우에는 수익사업에 해당한다(법규법인2014-434, ’14.9.29.).
• 비영리내국법인이 수탁운영하는 노인전문병원의 의료사업
비영리내국법인이 지방자치단체와 위·수탁협약을 체결해 수탁운영하는 노인전문병원의 의료사업은 「법인세법 시행령」 제2조(수익사업의 범위) 제1항의 수익사업에 해당한다(법규법인2014-107, ’14.3.31.).
• 국가보조금을 지급받아 무상교육을 실시하거나 실비상당액을 받고 교육을 실시하는 경우
비영리내국법인이 고유목적사업 중 하나인 교육·지원사업을 영위하기 위해 연수원을 조성하고 국가보조금을 지급받아 무상교육을 실시하거나, 위탁기관으로부터 수탁교육비 또는 교육생으로부터 실비상당액을 받고 교육을 실시하는 경우 해당사업은 수익사업에 해당한다(법규법인2014-5, ’14.3.27.).
• 손해배상책임 공제료 등의 관리·운용소득은 수익사업에 해당한다.
협회가 회원사로부터 손해배상책임 공제료를 받아 보험회사에 납부하고 운영수수료를 징취하는 경우 운영수수료 및 공제료의 관리·운용으로 발생하는 소득은 수익사업에 해당한다(법인-432, ’11.6.30.).
• 회비의 실질이 용역제공 등의 대가인 경우 과세대상이다.
비영리내국법인이 그 회원으로부터 받는 회비는 수익사업에서 생기는 소득에 해당되지 아니하는 것이나 그 회비의 실질이 용역제공 등과 관련한 대가인 경우에는 수익사업에서 생긴 소득으로 본다(법인-1198, ’10.12.27.).
• 고정자산의 처분으로 발생한 수입은 법인세 과세대상이다.
임대사업에 사용하던 고정자산을 양도한 경우 해당 양도자산의 임대수입을 고유목적사업에 사용했더라도 양도한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당한다(법인-804, ’10.8.27.).
• 관리비 외 별도로 징수하는 주차료는 수익사업에 해당
아파트형공장 입주자로부터 관리비 외에 별도로 징수하는 주차료는 비영리법인의 수익사업에 해당돼된다(서면2팀-1068, ’08.6.2.).
• 고정자산 처분손익에 대한 법인세 과세여부
비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 토지의 처분시, 정당한 사유 여부에 불구하고 법인세 과세대상이며, 소득금액의 50%까지 고유목적사업준비금계상 가능하다(재법인46012-151, ’03.9.19.).
• 교회가 묘지를 양도하는 경우 법인세 과세대상이다.
교회가 3년 이상 보유한 토지를 신도들의 사후 매장을 위한 묘지로 사용한다고 하더라도, 묘지 운영이 교회의 고유목적인 종교의 보급 기타 교화를 위해 직접적으로 필요하다고 볼 수 없으므로 당해 토지의 양도는 수익사업으로 보아 법인세가 과세된다(서면2팀-820, ’05.6.15. 국심2003서614, ’03.4.22.).
• 청소년수련시설 설치·운영에 따른 수익은 수익사업에 해당
사립대학을 운영하는 학교법인이 청소년기본법 제26조에 규정된 청소년수련시설을 설치·운영하고 그 이용자로부터 수련비용 등을 받는 사업은 법인세법 시행령 제2조에 규정된 수익사업에 해당한다(서이 46012-10302, ’01.10.5.).
• 회보 광고수입은 수익사업에 해당함
비영리내국법인이 수익사업으로 보지 아니하는 회보 등을 발간함에 있어서 동 회보에 광고를 게재함으로써 생기는 광고수입은 수익사업의 수입금액으로 보는 것이며, 그 회보 발간비는 광고수입에 대응하는 손금으로 하고 광고수입을 초과하는 회보 발간비는 비영리사업에 속한다.
이 경우 ‘수익사업으로 보지 아니하는 회보’라 함은 학술, 종교의 보급, 자선, 기타 공익을 목적으로 하는 법인이 그 고유목적을 달성하기 위해 회보 등을 발간하고 이를 회원 또는 불특정다수인에게 무상으로 배포하는 것으로서 통상 상품으로 판매되지 않는다(법인 46012-828, ’99.3.6.).
■ 수익사업에 해당하지 않는 경우
• 아파트 입주자대표회의가 주차장 유지·보수 등 관리목적으로 별도 징수하는 주차료
비영리법인인 아파트 입주자대표회의가 1차량을 초과해 주차하는 세대에 아파트 관리비 외 주차장 유지·보수 등 관리목적으로 별도 징수하는 주차료는 「법인세법」 제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항의 규정에 의한 수익사업에 해당하지 않는다(기획재정부 법인세제과-765, ’18.7.2.).
• 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하면서 해당 사업의 손익이 국가에 귀속되는 경우
비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하면서 사업집행자금을 지급받고, 사업종료 후 일체의 손익을 정산해 국가에 반납함으로써 해당 사업의 손익이 전부 국가에 귀속되는 경우 수익사업에 해당하지 않으나, 그 손익의 전부 또는 일부가 비영리내국법인에 귀속되는 경우 수익사업에 해당(법령해석법인-5039, ’17.5.29.)
• 법인으로 승인 받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용한 경우
법인으로 승인 받기 전에 취득해 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 양도하는 경우 당해 소득은 수익사업에서 생기는 소득에서 제외된다(법인-4471, ’16.8.24.).
• 비영리내국법인이 업무와 관계없이 무상으로 받은 자산 비영리내국법인이 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액은 비수익사업에 속하므로 법인세 과세대상이 되지 않는다(법인-3855, ’16.8.11.).
• 고정자산을 처분한 금액을 구성원에게 분배하여 법인으로 보는 단체의 승인이 취소된 경우
고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 처분해 「법인세법」 제3조 제3항 제5호에 의해 법인세가 면제된 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리내국법인이 수익을 구성원에게 분배하여 법인으로 보는 단체의 승인이 취소된 경우 당초 면제된 법인세를 추가 납부하지 않는다(법령해석법인-3523, ’16.7.11.).
• 고유목적사업에 사용하던 부동산의 수용에 따른 수입
처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 수용으로 발생하는 수입은 법인세법상 수익사업에 해당되지 않는다(법인세과-399, ’14.9.24.)
• 지방자치단체로부터 위탁받아 운영하는 청소년수련관의 과세소득 해당 여부
비영리법인이 지방자치단체로부터 위탁받은 청소년수련관 운영사업을 영위하면서 위·수탁 협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 지방자치단체에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 법인세가 과세되지 않는다(서면법규과-777, ’14.7.22.).
• 청소년수련시설을 운영하며 그 대가를 실비로 받는 경우 수익사업에 해당하지 않는다.
주무관청에 등록된 종교단체로서 청소년육성사업을 그 고유의 목적사업으로 하는 비영리법인이 청소년육성사업을 수행하기 위해 청소년수련시설을 설치·운영하면서 그 대가를 실비로 받는 경우, 해당사업은 수익사업에서 제외한다(법규법인2012-168, ’12.5.30.).
• 장애인보호작업장은 수익사업에 해당하지 않는다.
장애인복지법 제58조 제1항에 따른 장애인복지시설로서 같은 법 시행규칙 별표4에 열거하고 있는 장애인보호작업장을 운영하는 경우, 해당 사업은 법인세법상 수익사업에 해당하지 않는다(법규법인2010-364, ’10.12.21.).
• 연구개발업에 대한 용역대가 없이 받은 정부출연금
비영리법인이 연구 및 개발업을 수행하면서 용역대가 없이 지원받은 정부출연금은 수익사업에 해당되지 않으며, 동 출연금으로 취득한 기계장치를 수익사업에 전입하고 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 기계장치의 감가상각비를 손금에 산입한다(재법인-667, ’04.12.10.).
• 장기요양기관이 재가노인복지시설 등에서 제공하는 재가급여, 시설급여사업은 수익사업에 해당하지 않는다.
재법인-535(’09.6.9.)호의 유권해석은 장기요양기관의 재가급여 또는 시설급여가 노인복지법에 의한 재가노인복지시설, 노인요양시설, 노인요양공동생활가정에서 제공되고 있지 않는 경우에만 적용된다(재법인-866, ’10.10.15.).
| 「노인장기요양보험법」에 따른 장기요양기관이 제공하는 재가급여 및 시설급여 사업은 「법인세법」 제3조 제3항에서 규정하는 수익사업에 해당한다(재법인-535, ’09.6.9.). |
• 과학기술기본법에 따른 국가연구개발사업을 위해 국가, 지자체로부터 받은 출연금은 수익사업의 소득이 아니다.
과학기술기본법에 따른 국가연구개발사업을 위해 국가와 지방자치단체로부터 받는 출연금은 법인세법 제3조 제2항에 따른 수익사업의 소득이 아니며, 정부출연연구기관 및 ○○(주)로부터 받는 출연금은 같은 법 시행령 제2조 제1항 제2호에 따른 수익사업의 소득에 해당한다(재법인-635, ’08.10.17.).
• 비영리 공익법인이 기부채납 조건부로 받는 국고보조금의 경우
특별법에 의하여 설립된 비영리 공익법인이 법인세법 시행령 제2조의 규정에 의한 수익사업과 관련한 재화 또는 용역의 공급 없이 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 의한 국고보조금(부동산을 취득하여 국가에 기부채납하고 동 부동산에 대한 무상사용 수익권을 취득하는 조건)을 수령하는 경우 동 국고보조금은 수익사업 또는 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 않는다(서이46012-12053. ’03.11.29.).
• 회원들로부터 받는 회비의 수익사업 소득 여부
용역제공 등의 대가와 관계없이 회원들로부터 회비를 받아 경조사 등에 사용하고 탈퇴 시 자기 지분에 상당하는 회비를 반환하는 경우 수익사업에 해당되지 않는다(서이46012-10400, ’02.3.6.).
나. 수익사업과 고유목적사업의 구분경리(법법 §113, 법인칙 §75·§76)
비영리법인이 수익사업과 고유목적사업을 겸영하는 경우에는 자산과 부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 고유목적사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분해 기록해야 한다.
1) 자산·부채의 구분경리
자산 및 부채는 구분경리의 대상이 되는 수익사업과 고유목적사업별로 각각 구분해 기장해야 하며, 수익사업의 자산 및 부채라 함은 수익사업의 수익을 획득하기 위해 사용되는 자산과 수익을 발생시키는 원천에 직·간접적으로 관련해 발생하는 부채를 말한다.
그러나 수익사업과 고유목적사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
2) 손익의 구분경리
① 개별손익금
수익사업과 고유목적사업별로 그 발생원천이 분명한 개별손익금은 그 원천별로 귀속시켜 각각 독립된 계정과목으로 구분 기장한다.
② 공통손익금
수익 또는 비용을 구분 경리함에 있어 그 구분이 불분명한 공통손익금은 다음 기준에 따라 구분 계산한다.
□ 공통익금
- 수익사업과 고유목적사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산
□ 공통손금
- 수익사업과 고유목적사업의 업종이 동일한 경우:수입금액 또는 매출액으로 안분계산
- 수익사업과 고유목적사업의 업종이 다른 경우:개별 손금액에 비례하여 안분계산
☞ 수개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익은 먼저 업종별로 안분계산하고 다음에 동일업종내의 공통손익을 안분계산한다(법통칙 113-156…5).
☞ 수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여 상당액(복리후생비, 퇴직금 및 퇴직급여충당금전입액을 포함)은 근로의 제공내용을 기준으로 구분한다. 이 경우 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고, 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 것인 때에는 비영리 사업에 속한 비용으로 한다(법통칙 113-156…1).
3) 수익사업의 자본금
비영리법인은 영리법인과 달리 자본금이라는 개념이 별도로 있지는 않지만, 세무조정 등에 필요하므로 다음 산식에 따라 자본금을 산정한다.
수익사업의 자본금 = 수익사업 자산합계액 - 수익사업 부채(충당금 포함)합계액
4) 수익사업과 고유목적사업간의 자본원입(법인칙 §76③④)
① 고유목적사업용 자산을 수익사업에 전입하는 경우
비영리법인이 고유목적사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입하는 경우 그 자산가액(시가)은 자본의 원입으로 하고, 이 경우 시가가 불분명한 경우의 시가는 법인세법 시행령 제89조 제2항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다(법통칙 113-156…2).
② 수익사업용 자산을 고유목적사업에 전입하는 경우
수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 처리한다.
□ 비영리법인의 잉여금의 범위(법통칙 113-156…3②)
- 법인세법 시행규칙 제76조 제4항의 규정을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리 사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리해야 한다.
1. 고유목적사업준비금 중 손금산입된 금액
2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액
3. 법인세 과세 후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)
4. 자본의 원입액
<관련 예규 및 심판례 등>
• 수익사업용 자산을 비영리사업회계에 전입하는 경우 자산 가액
학교법인이 수익사업회계에 속하는 금전 외의 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 그 자산의 가액은 시가로 평가하는 것이며, 자산의 평가이익(장부가액과 시가와의 차액)은 전입일이 속하는 사업연도의 수익사업의 익금에 해당한다(기획재정부 법인세제과-364, ’12.5.16.).
• 수익사업과 비수익사업 겸영하는 경우 종업원의 급여
수익사업과 비수익사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여는 근로의 제공내용을 기준으로 구분한다(법인-553, ’09.5.12.).
• 비영리내국법인은 수익사업과 기타사업을 구분경리해야 한다.
비영리내국법인이 수익사업과 수익사업이 아닌 기타사업을 겸영하는 경우 「법인세법」 제113조에 의해 수익사업에 속하는 자산과 수익사업이 아닌 기타사업에 속하는 자산을 구분해 경리해야 한다(법인-526, ’09.5.4.).
• 공통 사용 자산의 처분손익은 수익사업에 해당
수익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산의 처분으로 인하여 생기는 손익은 수익사업의 개별손익으로 한다(서면2팀-867, ’07.5.8.).
• 수익사업에 사용하던 자산을 사회복지사업에 전출하는 경우
사회복지법인이 수익사업에 사용하던 자산을 사회복지사업에 전출하는 경우 당해 자산의 시가상당액을 기준으로 법인세법 기본통칙 113-156…3 제2항에 따라 상계처리한다(서면2팀-1376, ’06.7.20.).
다. 고유목적사업준비금 손금산입(법법 §29)
비영리법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 법법 §24③⑴에 따른 기부금(구 ‘지정기부금’)에 지출하기 위해 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다.
• 손금산입 한도
- 이자소득금액, 배당소득 등×100%
- 기타의 수익사업에서 발생한 소득×50%(또는 80%)
- 조세특례제한법상 특례(100% 등)
• 고유목적사업이란 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인령 §3①의 수익사업 외의 사업을 말한다(법인령 §56⑤).
1) 고유목적사업준비금의 손금산입
비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업 또는 법법 §24③⑴에 따른 기부금(구 ‘지정기부금’)에 지출하기 위해 고유목적사업 준비금을 손비로 계상하는 경우에는 손금산입 한도액 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다(법법 §29①).
■ 법법§24③⑴에 따른 기부금으로 처리시 손금산입 한도
• 법인으로 보는 단체 중 법인령 §56① 각 호에 따른 법인으로 보는 단체를 제외한 단체의 수익사업에서 생긴 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 법법 §24③⑴에 따른 기부금(구 ‘지정기부금’)으로 손금산입 가능하다(법인령 §39②).
• 손금산입 한도액 (법법 §24③)
＝｛수익사업의 당해 사업연도 소득금액(기부금을 손금산입하기 전의 소득금액)
- 법법 §24②⑴에 따른 기부금(구 ‘법정기부금’) 손금산입액－이월결손금}×10%
☞ ’11.7.1. 이전 지출한 조세특례제한법상 기부금도 차감하여 한도계산
■ 설정 제외 법인
• 조세특례제한법 제72조 제1항의 규정에 의하여 당기순이익과세를 적용받는 조합법인과 청산 중에 있는 비영리내국법인은 법 제29조의 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다(법통칙 29-56…1).
• 과세표준신고 특례적용 소득만 있는 비영리내국법인
법인세법 제62조의 규정에 의한 과세표준 신고특례를 적용받는 이자소득만 있는 비영리 내국법인으로서 당해 규정에 의하여 분리과세방법으로 납세의무를 종결하는 비영리내국법인(법인 46012-1004, ’00.4.22.)
