Ⅱ. 공익법인과 세금
2. 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고·납부
<관련 예규 및 심판례 등>
• 학교법인이 연구적립금에서 발생한 이자를 기금회계로 전입한 경우 고유목적사업 지출임.
「사립학교법」에 의하여 설립된 학교법인이 「사학기관 재무·회계규칙에 대한 특례규칙」 제26조에 따라 연구적립금 등을 적립하고 그 적립금에서 발생된 이자수익 등을 비영리사업회계인 기금회계로 전입한 경우에는 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 본다(법인세과-24, ’10.1.12.).
• 고유목적사업준비금으로 지정기부금을 지출 시 시부인 규정은 적용하지 않음.
고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 비영리내국법인이 지정기부금을 지출하는 경우 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금에서 순차로 상계해야 하며, 이 경우 지정기부금 시 부인 규정은 적용하지 않는다(법인-1033, ’09.9.21.).
• 사립학교법인의 고유목적사업준비금 사용 시점
사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항의 규정을 적용한다. 다만, 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하거나, 동 자산이 전출 후에도 수익사업과 비영리사업에 공통되는 경우에는 그 전출이 없는 것으로 본다(법인46012-4050, ’99.11.22., 서면2팀-341, ’06.2.14., 서면2팀-1370, ’06.7.20.).
• 고유목적사업의 기본재산으로 편입한 경우 준비금 사용에 해당 안됨.
장학사업을 고유목적으로 하는 비영리내국법인이 수익사업에 사용하던 임대용 부동산의 처분으로 인하여 발생한 수입을 법법 §29①의 규정에 의하여 고유목적 사업준비금으로 손금계상한 후 이를 다시 고유목적사업의 기본재산(수익용)으로 편입한 경우에는 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다(재법인46012-81, ’03.5.12., 서면2팀-1347, ’06.7.14.)
• 수익사업에서 생긴 소득을 고유목적사업에 직접 지출한 경우
비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 당해 법인의 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에 그 금액은 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 본다(법인46012-2758, ’98.9.25., 서이46012-10111, ’03.1.16.).
• 차입금을 변제한 경우 고유목적사업에 재출 또는 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
비영리내국법인이 「법인세법」 제29조의 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용하는 경우에 당해 법인의 수익사업의 회계에 속하는 차입금을 상환하는 금액은 이를 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보지 않는다(서면2팀-122, ’07.1.16.).
• 수익사업용 고정자산 취득에 지출한 비용
비영리법인이 수행하는 사업이 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이라 하더라도 법인세법 시행령 제2조 제1항에 규정된 수익사업에 해당하는 경우에는 고정자산의 취득 등 동 수익사업을 위해 지출하는 금액(의료법인의 의료기기 취득은 제외)은 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 않는다(서이46012-10969, ’02.5.7.).
■ 고유목적사업준비금의 익금산입 여부 등
• 사업 포괄양도 시 승계한 고유목적사업준비금의 익금산입 여부
고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 그 다른 비영리내국법인이 고유목적사업준비금 잔액을 승계할 수 있는 것이며, 해산한 비영리법인의 고유목적사업준비금 잔액은 익금산입대상에서 제외된다(법인세과-406, ’13.7.30.).
• 수익사업에서 발생한 소득에 고유목적사업준비금 미사용 환입액 포함 여부
‘수익사업에서 발생한 소득’에는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 5년 이내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니함으로써 익금에 산입한 금액을 포함한다(서면2팀-792, ’05.6.10.).
• 고유목적사업준비금 환입 시 익금산입 여부 및 이자상당액 가산 여부
고유목적사업준비금을 신고조정으로 손금에 산입한 외부회계감사대상인 비영리내국법인이 처분가능이익이 없어 당해 준비금을 적립하지 못해 환입 계상하는 경우에는 「법인세법」 제29조 제3항 및 같은 법 기본통칙 29-56…5의 규정에 의하여 환입한 사업연도의 익금에 산입하고, 이자상당액은 같은 법 같은 조 제4항에 의하여 당해 사업연도의 법인세에 가산해 납부해야 한다(법인46012-327, ’02.6.7.).
라. 이자소득에 대한 법인세 신고 특례
1) 비영리법인의 이자소득에 대한 과세표준 신고 특례
비영리법인은 원천징수된 이자소득(비영업대금의 이익은 제외하고 투자신탁의 이익을 포함) 전액 또는 일부에 대하여 법인세 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다(법법 §62①, 법인령 §99①).
이 경우 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득은 원천징수방법으로 납세의무가 종결된 것으로 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 않는다.
따라서 법인세 신고납부와 원천징수 방법 중 하나를 선택할 수 있으며 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등으로 과세표준에 포함할 수 없다(법인령 §99②).
• 비영리법인의 이자소득에 대한 법인세 신고 후 누락된 타소득 무신고가산세 여부
수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 법인세 신고 시 이자소득만 ‘법인세·농어촌특별세 과세표준(조정계산) 및 세액신고서(이자소득만 있는 비영리법인 신고용 신고서)’에 기재하여 신고하고 과세표준 신고기간이 경과된 후에 누락된 수익사업 부분의 과세표준을 추가적으로 신고하는 경우에는 「국세기본법」 제47조의2에 따른 무신고가산세가 부과된다(법령해석과-3544, ’15.12.29.).
• 비영리법인의 이자소득에 대한 법인세 기한후 신고 가능 여부
비영리법인이 원천징수 이자소득에 대해 신고기한 내에 과세표준 신고서를 제출하지 않았다면 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된 것이므로 기한 후 신고로 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입해 원천납부세액의 환급을 청구할 수 없다(조심2011부88, ’11.4.11.).
• 비영리내국법인의 과세표준에 산입한 이자소득의 분리과세 경정 가능 여부
비영리내국법인이 법인세법 제60조의 규정에 의한 법인세 과세표준 신고 시 과세표준에 산입한 이자소득에 대하여는 신고기한이 경과한 후 수정신고 또는 경정 등을 통해 원천징수에 의한 과세방법으로 변경할 수 없다(법인-3688, ’08.11.28.).
• 비영리내국법인의 이자소득 원천징수 분리과세 선택방법
비영리내국법인은 이자소득의 분리과세 원천징수방법을 매사업연도마다 선택적용 가능하며, 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준 신고를 하지 않을 수 있다(서이46012-10574, ’02.3.21.).
2) 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 신고 특례(법인칙 §82②)
이자소득만 있는 비영리법인은 간이신고서식(별지 제56호 서식 등)으로 과세표준을 신고해 기납부한 원천징수된 이자소득세를 전액 환급받을 수 있다.
이 경우 재무상태표, 손익계산서, 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서), 현금흐름표 등을 첨부할 필요가 없다.
□ 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 신고서류(법인칙 §82②)
① 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세·농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서(법인칙 별지 제56호 서식)
② 고유목적사업준비금 조정명세서(법인칙 별지 제27호 서식)(갑)(을)
③ 원천납부세액명세서(법인칙 별지 제10호 서식(갑)(을)) 내지 농어촌특별세과세대상감면세액합계표(법인칙 별지 제13호 서식)
• 이자소득과 이자소득 외 수익사업이 있는 경우 첨부서류를 제출해야 함.
부동산임대소득(수익사업)과 이자소득이 있는 비영리법인은 기업회계기준을 준용해 작성한 대차대조표 등 법인세법 제60조의 첨부서류를 작성해 과세표준을 신고해야 한다(서면2팀-1355, ’06.7.19.).
마. 수익사업 개시 신고
비영리법인이 새로 수익사업(법법 §4 ③⑴ 및 ⑺)을 개시한 때에는 그 개시일부터 2개월 이내에 수익사업 개시신고서(법인칙 별지 제76호의4)와 함께 그 사업개시일 현재의 수익사업과 관련된 재무상태표 등 서류를 첨부해 납세지 관할세무서장에게 신고해야 한다(법법 §110).
□ 과세소득의 범위(법법 §4③)
1. 제조업, 건설업, 도매업 및 소매업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입
5. 유형자산 및 무형자산(고유목적사업에 직접 사용하는 자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인해 생기는 수입
7. 그밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인해 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
<계산사례>
재단법인 A장학재단은 이자소득 외의 수익사업이 없으며 A장학재단과 지점 a1, a2의 2021사업연도(’21.1.1. ~’21.12.31.) 중 이자소득 및 사용내역이 다음과 같을 때 A장학재단이 이자소득만 있는 비영리법인 신고용 서식으로 법인세 과세표준 및 세액신고서를 작성･제출하는 경우
- A장학재단은 금년도 발생한 이자소득의 100%에 상당하는 금액을 고유목적사업준비금으로 적립
- A장학재단은 2021년에 지점 a1의 내부수리비 2000만원, 불우학생에게 장학금으로 3000만원, 고유목적사업 관련 운영경비로 4000만원을 사용했다.
3. 토지 등 양도소득과 관련한 내용
비영리내국법인이 토지 등을 양도하는 경우 각 사업연도에 대한 법인세를 신고·납부해야 하나, 일정 조건을 충족하는 경우 과세표준 신고를 아니할 수 있다.
☞ 처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업에 직접 사용한 경우 과세제외
또한, 비사업용 토지 등은 이와 별도로 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 추가해 납부할 의무가 있다(법법 §55의2).
가. 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고
1) 양도차익에 대한 법인세 신고
각 사업연도소득 ＝ 익금 – 손금 ＝양도가액 - 취득가액 등
① 양도가액이란 당해 자산의 양도금액, 취득가액 등이란 양도한 자산의 양도당시의 세무상 장부가액을 말한다.
- 장부가액은 취득가액 또는 자산재평가법에 따른 재평가액에서 감가상각비 등을 차감해 계산한다.
② 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 법인세법 제4조 제3항에서 규정하는 비영리법인의 모든 소득을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 관할세무서에 신고해야 한다(법법 §60).
2) 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부
법인이 보유한 비사업용 토지 또는 법령에서 정하는 주택(부수토지 포함)을 양도하는 경우에는 해당 부동산의 양도소득에 대해 각 사업연도 소득에 대한 법인세 외에 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 추가로 납부해야 한다. 다만, ’09.3.16.부터 ’12.12.31.까지의 기간 중에 양도하는 경우 및 ’09.3.16.부터 ’12.12.31.까지 기간 중에 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 법인세 추가과세를 적용하지 않는다.
토지 등 양도소득에 대한 법인세＝(양도가액 - 취득가액 등)×세율
○ 적용세율(법법 §55의2①)
- 하나의 자산이 둘 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세율을 적용
나. 자산양도소득에 대한 법인세 신고특례(법법 §62의2)
법인세법 제4조 제3항 제1호에 규정하는 수익사업(제조업, 건설업, 도·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등)을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 부동산 등 양도소득에 한하여 법인세법 제60조 규정의 법인세 신고 대신 소득세법의 규정을 준용하여 계산한 세액을 법인세로 신고·납부할 수 있다.
1) 신고특례 적용대상 자산
① 소법 §94① ⑶에 해당하는 주식과 법인령 §99의2 ①의 자산
☞ 대주주의 상장주식과 장외거래 상장주식, 비상장주식 등
② 토지·건물(건물에 부속된 시설물과 구축물 포함)
③ 소법 §94①⑵⑷의 자산:부동산에 관한 권리 및 기타자산
☞ 부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권, 전세권, 등기된 부동산임차권, 영업권, 이용권, 회원권 등
2) 과세표준과 세액 계산
법인세법 제60조에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 부동산 등의 양도소득은 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 양도소득세의 세율을 적용해 계산한 금액을 법인세로 납부해야 한다.
이 경우 부동산 등 양도소득 특례 신고 방법을 적용해 신고한 부동산 등의 양도차익은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금·손금에 포함하지 않는다.
과세표준 ＝ 양도가액 - 취득가액 - 자본적지출액 - 양도비 - 장기보유특별공제- 양도소득기본공제
☞ 과세표준 계산방법(법법 §62의2 ④, 법인령 §99의2 ③)
양도가액, 필요경비 및 양도차익은 소득세법 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용하여 계산. 다만, 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 그 자산을 출연받은 날로부터 3년 이내에 양도하는 경우(1년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 자산 제외)에는 그 자산을 출연한 자가 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
3) 세액의 신고 납부
위 2)에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 내지 제107조의 규정에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 해야 하며, 이 경우 「비영리내국법인의 양도소득 과세표준 예정신고서(법인칙 §57의2)」를 제출해야 한다.
☞ 예정신고·납부기한:양도일이 속한 달(주식의 경우 양도일이 속한 분기)의 말일부터 2월 내
해당 사업연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상하는 경우로서 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 법인세법 제62조의2 제6항의 규정에 따라 법인세 과세표준에 대한 신고 등을 해야 한다(법법 §62의2 ⑧단서).
소득세법 규정에 따라 양도소득 과세표준 예정신고를 한 경우에도 법인세법 제60조 제1항에 따라 과세표준 신고를 할 수 있으며, 이 경우 예정신고 납부세액은 납부할 세액에서 공제한다(법인령 §99의2 ⑤).
4) 양도자산이 비사업용 토지 등에 해당하는 경우
비영리법인이 자산양도소득에 대한 특례신고를 하는 경우라도 상기 ‘가. 각 사업연도에 대한 법인세로 신고하는 방법’의 ‘2) 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부’의 방법과 동일하게 추가 신고·납부해야 한다.
다만, 자산양도소득에 대한 법인세 과세특례를 적용받는 경우로서 소득세법 제104조 제4항에 따른 가중세율을 적용하는 경우에는 법인세법 제55조의2 규정을 적용하지 않는다(법법 §62의2②).
□ (요약) 토지 등을 양도함에 따라 발생하는 소득에 대한 법인세 납세의무
• 법법 §4③⑴의 사업소득이 있는 경우
- 법인세 과세표준에 포함해 신고(법법 §60 ①)하고, 지정지역 등의 주택·비사업용 토지 등에 해당하는 경우 양도소득에 대한 법인세 추가 납부(법법 §55의2)
• 법법 §4③ ⑴의 사업소득이 없는 경우(선택적용 가능)
① 자산양도소득에 대한 과세특례(법법 §62의2)
- 소득세법을 준용하여 계산한 양도소득세 상당액을 법인세로 신고·납부
☞ 양도소득과세표준 예정신고서 제출(법인령 §99의2 ⑥)
- 지정지역 등의 주택·비사업용 토지 등에 해당하는 경우 양도소득에 대한 법인세 추가 납부(법법 §55의2)
☞ 다만, 소법 §104 ④에 따른 가중세율을 적용하는 경우에는 적용하지 않는다.
② ①로 신고·납부한 경우라도 법인세법 제60조 제1항에 따른 과세표준 신고 가능
☞ 이 경우 예정신고납부세액은 법인세 납부할 세액에서 공제(법인령 §99의2 ⑤)
<관련 예규 및 심판례 등>
• 비영리법인의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용 여부
비영리내국법인이 비사업용토지를 양도하고 법인세법 제62조의2에 따라 자산양도 소득을 신고하는 경우로서 소득세법에 따른 가중된 세율이 적용되지 않은 경우에는 법인세법에 따라 토지 등 양도소득에 대한 추가납부 규정이 적용된다(법규법인2014-92, ’14.7.11.).
• 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용 여부 등
수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 아니하고 주차장으로 임대하던 토지를 양도해 발생한 처분수입에 대하여는 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’를 적용받을 수 없는 것이며, 해당 토지의 양도 소득에 대해서는 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 추가로 납부해야 한다(법규법인2014-198, ’14.6.25.).
• 지역주택조합에 토지를 양도한 경우 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 적용 여부
주택법에 따른 지역주택조합에 지역주택조합 사업부지 내의 토지를 양도하는 경우 해당 토지는 「조세특례제한법」 제77조의 양도소득세 감면대상에 해당되지 않는다(법규재산2013-176, ’13.6.13.).
• 비영리내국법인이 수익사업을 영위하지 아니하던 기간에 토지 양도소득이 발생한 경우 양도소득세율을 적용해 법인세로 납부할 수 있는지 여부
비영리내국법인이 수익사업을 영위하지 아니하던 기간에 토지의 양도로 인한 양도소득이 발생했으므로 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위했더라도 위 양도소득에 대해 과세특례조항(양도소득 과세표준에 양도소득세의 세율을 적용해 계산한 금액을 법인세로 납부)을 적용할 수 있다(대법원2010두3763, ’12.1.26.).
• 비사업용 토지 양도에 따른 과세특례 적용 여부
비사업용 토지를 ’09.3.16.부터 ’10.12.31.까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되지 않는다(법인-1095, ’10.11.26.).
• 지정지역 안의 주택을 양도하는 경우
내국법인이 지정지역 안의 주택을 ’10.12.31.까지 양도하는 경우 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 법인세액을 추가해 납부해야 한다(법인-241, ’10.3.17.).
☞ ’11.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터 유예기간을 ’12.12.31. 까지로 적용
