서울청 조사국 ‘R&D 세액공제 시범 지원’ 4월 전 지방청 확대
지방청 조사국 요청 땐 본청 기술심사 전문인력 세무조사 지원
연구개발(R&D) 세액공제에 대한 국세청의 세정지원이 체계화 되고 사전심사 소관부서가 현재의 지방국세청에서 국세청 본청으로 변경된다. 이와 함께 R&D 세액공제 세무조사 지원범위도 개편된다.
국세청은 R&D 세액공제 제도를 내실 있게 운영하고 기술 분야 사전심사 전문성을 제고하는 동시에 지방국세청 업무 부담을 덜어준다는 차원에서 R&D 세액공제 기술심사를 본청에서 전담처리 할 방침이다.
국세청은 법인기업을 대상으로 3월 법인세 신고를 앞두고 R&D 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주는 ‘사전심사 제도’를 활용할 수 있도록 독려해 나가고 있다. R&D 사전심사 신청건수는 2020년 1547건, 2021년 2332건에 이어 지난해 2439건으로 해마다 증가하고 있다.
이에 따라 오는 4월부터는 현재 서울지방국세청 조사국을 대상으로 시범 실시 중인 R&D 세액공제 세무조사 지원제도가 전국 지방국세청 조사국으로 확대하는 동시에 전문성이 확보된 국세청 본청의 R&D 세액공제 업무지원 프로그램이 가동될 전망이다.
지방국세청 조사국에서 세무조사를 하면서 R&D 세액공제 관련 요청이 있을 경우 본청 기술심사 전문인력이 R&D 세액공제 세무조사를 지원하는 시스템이다.
국세청은 특히 사전심사 전문성 강화 등을 통해 제도를 내실 있게 운영해 연구·인력개발 세액공제 신고에 대한 불확실성을 해소하고 기업의 성실신고를 지원하는데 제도 운영의 초점을 맞춰 나가고 있다.
국세청은 이를 위해 기존 지방청에서 실시했던 중소기업에 대한 기술심사를 본청의 각 분야별 기술심사관이 담당하도록 제도를 개선해 일관성 있고 전문적인 심사서비스를 제공할 예정이다.
연구·인력개발비 세액공제는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제하는 조세지원 제도로 조세절감 효과가 커 지난 2020년부터 기업의 성장잠재력을 확충하기 위한 목적으로 운영되고 있다.
연구·인력개발비 세액공제는 연구·인력개발 활동 여부와 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청 간 이견이 잦아 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있다.
국세청은 사전심사 제도를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화해 기업의 연구·인력개발 활동을 지원한다는 취지에서 운영하고 있다.
따라서 신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인세(소득세)를 신고한 경우 사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되는 것은 물론 세무조사로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세가 면제된다.
국세청은 R&D 세액공제 사전심사를 신청한 연구·인력개발비에 대해 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토는데 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발에 해당하는지 여부를 비롯해 신청인이 연구·인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제 대상 금액인지 여부를 중점적으로 검토하고 있다.
실제로 기술검토는 본청 공익중소법인지원팀에서 담당하고 비용심사는 기업규모별로 구분해 중소기업은 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당하고 있다.
구체적 심사방법은 비대면 방식의 서면심사를 원칙으로 하는데 국세청 심사의 경우 ▲서류확인(보완요청) ▲서면심사(기술·비용검토) ▲현장확인(필요시) ▲검토보고서 작성 ▲결과통지 순으로 과정을 거치게 된다.
특히 국세청 심사담당자는 진행과정에서 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항과 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고 연구·인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅도 제공하는데 국세청의 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사를 요청할 수 있다.
사전심사 신청 대상은 연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.
세액공제 여부에 대한 불확실성을 조기에 해소하기 위해 지난해 7월부터는 비용이 확정되지 않더라도 연구개발 활동여부(기술검토)만도 신청할 수 있도록 개선했는데 이 경우 세액공제를 이미 신청한 사항을 비롯해 보완 요구에 대해 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 등의 경우 심사에서 제외될 수 있다.
한편 국세청은 지금까지 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 홈택스에서도 제출 가능하게 개선하고 신청 후 사전심사 진행 상황을 직접 확인할 수 있도록 전산 조회화면을 개발하는 등 편의성을 더욱 강화하고 있다.
