Ⅳ. 공익법인이 지켜야 할 일
4. 주식의 취득 및 보유시 지켜야 할 일(상증법 §48①②⑨)
■ 기타사항
4) 과세제외하는 경우(상증법 §48②⑵, 상증령 §37⑥)
② 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우
☞ ’17.1.1. 이후 취득하는 분부터 적용
③ 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 주식 등을 취득하는 경우로서 다음 요건을 모두 갖춘 경우
ⅰ) 산학협력단이 보유한 기술을 출자하여 같은 법에 따른 기술지주회사 또는 「벤처기업 육성특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사를 설립할 것
ⅱ) 출자하여 취득한 주식 등이 기술지주회사인 경우 발행주식 총수의 100분의 50 이상(산학협력단 등이 공동으로 기술지주회사를 설립하는 경우는 각 산학협력단 등이 보유한 주식의 합계가 50 이상을 말함), 신기술창업전문회사는 100분의 30 이상일 것
ⅲ) 기술지주회사 또는 신기술창업전문회사는 자회사 외의 주식 등을 보유하지 않을 것
☞ ’08.1.1. 이후 주식 등 취득 분부터 적용
<공익법인의 주식 출연 및 취득 제한규정 연혁>
•’90.12.31. 이전:주식에 대한 규제 없음
•’91.1.1.~ ’93.12.31.:내국법인 발행주식총액 또는 출자총액의 20% → ’90.12.31. 이전에 20%를 초과하여 출연 또는 취득한 분에 대하여는 적용안함.
•’94.1.1. 이후:내국법인 발행주식 총액 또는 출자총액의 5% → ’93.12.31. 이전에 5%를 초과하여 출연하거나 취득한 분에 대하여는 적용안함
•’08.1.1. 이후:내국법인 발행주식 총액 또는 출자총액의 5%
(다만, 성실공익법인에 한해 주식출연·취득제한을 10%로 완화)
•’11.1.1. 이후:성실공익법인이 10%초과하여 출연받은 경우 과세제외 요건 신설(초과 보유일부터 3년 이내 출연자 또는 특수관계인 이외의 자에게 매각하는 경우)
•’17.7.1. 이후:상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인 등에 대해 주식 등 보유비율 10% 적용
•’18.1.1. 이후:의결권을 행사하지 않고 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 자선·장학·사회복지 목적의 성실공익법인 등에 대해 주식 등 보유비율 20% 적용
<관련 예규 및 심판례 등>
● 출연 또는 취득 제한되는 ‘내국법인의 주식 등’의 정의
「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제2호에서 규정하는 ‘내국법인의 주식등’이란 같은 법 제16조 제2항의 규정에 따라 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 의미한다(재산-347, ’10.5.28.).
■ 주식 5% 초과 취득 판단시기
● 전환사채를 주식으로 전환하는 경우
공익법인이 보유하던 전환사채를 주식으로 전환하는 경우 주식 취득비율(5%,10%) 초과 여부는 주식전환일을 기준으로 판정한다(서면법규과-419, ’13.4.12.).
● 감자결의 시 주주명부 폐쇄일 기준으로 주식 초과 보유 여부 판정
공익법인 등이 보유하고 있는 주식을 발행한 내국법인이 주주총회에서 감자결의한 주식수는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제1항의 발행주식총수에 포함되지 아니하는 것이며, 공익법인 등의 주식보유비율 초과여부 판정은 감자를 위한 주주총회결의일이 속하는 연도의 주주명부 폐쇄일로 한다(재산-934, ’10.12.13.).
■ 주식 5% 등 초과 취득에 대한 증여세 과세
● 현물출자로 인하여 주식을 취득한 것으로 보유지분율이 증가하지 않은 경우
2개의 일반 공익법인과 1개의 성실공익법인이 보유한 내국법인인〔갑〕법인 주식의 지분율 합계가 5%인 상황에서 현물출자로 인하여 동시에 〔갑〕법인 주식을 추가로 취득하는 경우, 2개의 일반공익법인이 해당 주식을 취득한 날 현재 〔갑〕법인 보유지분율이 증가하지 않은 경우에는 증여세가 과세되지 않는다(상속증여세과-380, ’14.10.2.).
● 일반공익법인과 성실공익법인이 동시에 주식을 취득하는 경우
2개의 일반공익법인과 1개의 성실공익법인이 보유한 동일한 내국법인 주식의 지분율 합계가 5%인 상황에서 동시에 주식을 추가로 취득하여 지분율이 증가하는 경우 일반 공익법인이 추가로 취득하는 주식에 대하여는 증여세가 과세되고, 성실공익법인이 추가로 취득하는 주식은 추가로 취득하는 주식의 지분율 5% 까지는 증여세가 과세되지 않는다(서면법규과-557, ’14.5.30.).
● 공익법인 등이 주식을 취득하는 경우 증여세 과세가액 불산입 해당 여부
공익법인이 ’93.12.31. 이전부터 동일 내국법인의 주식을 5% 초과하여 보유하고 있는 상태에서 그 법인의 유상증자에서 새로운 주식을 취득하는 경우 증여세를 부과한다(상속증여세과-591, ’13.10.31.).
● 우선주의 보통주 전환시 전환일 현재의 시가상당액을 기준으로 증여세 과세
공익법인이 보유한 내국법인 발행 우선주를 보통주로 전환함으로써 그 전환한 날이 속하는 사업연도의 주주명부폐쇄일(주식회사 외의 회사의 경우에는 사업연도의 종료일)을 기준으로 당해 공익법인 보유주식이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5%를 초과하게 된 경우에는 그 초과분에 대해 전환일 현재 시가상당액을 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세한다(서면4팀-3004, ’07.10.18.).
● 5% 초과 시 지분율 변동유무에 불구하고 증여세 과세
’93.12.31. 현재 동일종목의 주식을 5%를 초과하여 소유하고 있는 공익법인이 ’94.1.1. 이후 유상증자에 의하여 새로이 주식을 취득하는 경우에는 주식지분율이 5% 미만으로 떨어지지 않는 한 지분율 변동유무에 불구하고 5% 초과지분의 증자금액에 대해 증여세가 과세된다(재삼 46014-872, ’96.4.3.).
● 주식배당으로 주식보유기준을 초과한 경우 증여세 과세여부
성실공익법인이 주식배당으로 주식을 취득하여 내국법인의 주식을 10% 초과 보유 하는 경우 주식배당은 취득에 해당하지 않으므로 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제2호에 따른 증여세 과세 불가(기획재정부 재산세제과-588, ’19.5.15.)
라. 5% 초과 보유주식에 대한 매각의무(상증법 §49)
’90.12.31.과 ’93.12.31. 구 상증법(§8의2 ①) 개정 시 공익법인이 내국법인의 주식등을 발행주식총수의 각각 20%와 5%를 초과하여 출연받거나 취득하는 경우에는 상속세 등을 과세하도록 관련 규정이 개정(개정일 이전부터 보유하고 있는 주식에 대하여는 적용 제외)되었다.
또한, 공익법인이 지주회사화하는 폐해를 방지하기 위해 공익법인으로 하여금 동일종목의 주식을 과다하게 보유하지 않고 보유주식을 우량종목 주식 등으로 대체하게 하도록 했다.
즉, ’96.12.31. 현재 공익법인이 특정법인의 주식을 20% 초과하여 보유하고 있는 경우에는 5년(’01.12.31.까지)내에, 5% 초과 20% 이하 보유하고 있는 경우에는 3년(’99.12.31.까지)내에 그 초과분을 다른 주식으로 대체하여 보유하거나 처분하도록 하는 「5% 초과 보유주식 매각의무 기준」을 ’96.12.31. 상속세 및 증여세법 개정 시 신설했다.
1) 5% 초과 보유주식 판정(상증령 §42⑤, 상증법 §48①, ②)
2) 주식 처분유예기간
① 5%~20% 이하 보유:3년 이내 → ’99.12.31. 까지 처분
② 20% 초과 보유:5년 이내 → ’01.12.31. 까지 처분
3) 주식매각 의무 적용 제외 공익법인 등
다음의 공익법인은 주식 매각 의무대상에서 제외한다.
① 상증법 §48⑪ 각 호의 요건을 충족하는 공익법인
② 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 및 이에 준하는 공익법인
㉠ 국가·지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인
㉡ ㉠의 공익법인이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
㉢ 공공기관의 운영에 관한 법률상 공공기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
㉣ ㉢의 공익법인이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
4) 주식매각 의무 미이행에 대한 가산세 부과(상증법 §78④)
공익법인 등이 주식처분 유예기간 경과 후에도 그 보유기준(5%)을 초과하여 보유하는 경우에는 초과하는 주식에 대해 매 사업연도말 현재 시가의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 과세한다. 다만, 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.
※나중에 취득한 주식부터 가산세 부과
<관련 예규 및 심판례 등>
● 2 이상의 공익법인이 동일한 법인 주식 보유 시
주식보유기준을 초과해 2 이상의 공익법인이 동일한 내국법인의 주식을 보유하여 그 기한을 경과한 경우 ‘가산세’ 적용대상 주식수 산정 시, ‘성실공익법인’ 보유분은 제외(재재산46014-81, ’01.3.21.)
● 증여세가 과세된 주식의 적용 배제
공익법인 등이 ’97.1.1. 이후 내국법인의 주식 5%를 초과 취득해 취득시점에 증여세가 부과되는 경우, 공익법인 등의 주식 등의 보유기준 규정은 적용안된다(재산상속46014-849, ’00.7.11.).
마. 계열기업의 주식보유 한도(상증법 §48⑨)
공익법인의 지주회사화 방지를 위한 규정(동일한 내국법인 주식 5% 또는 10%, 20% 초과 보유 금지) 외에 공익법인 등*의 총재산가액 중 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 30%(회계감사, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 등 공시를 이행하는 경우 50%)를 초과할 경우에는 그 초과하는 가액에 대해 가산세를 적용한다(’99.12.28. 개정 시 신설).
*국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인 등과 상증법 §48⑪의 각 호의 요건을 충족하는 공익법인 등은 제외
1) 특수관계에 있는 내국법인의 범위(상증령 §38⑬)
다음 ①~③ 어느 하나에 해당하는 자가 ①에 해당하는 기업의 주식 등을 출연하거나 보유한 경우의 해당 기업(해당 기업과 함께 ①에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함)을 말한다.
*독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 §3 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사(상증규칙 §2)
① 기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(해당 기업의 임원 및 퇴직임원을 포함한다)과 다음의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 또는 해당 기업의 임원에 대한 임면권의 행사·사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 대해 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자
가) 기업집단 소속의 다른 기업
나) 기업집단을 사실상 지배하는 자
다) 나)의 자와 친족 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 혈족과 그 배우자
② 상기 ①의 본문 또는 가)에 따른 기업의 임원 또는 퇴직임원이 이사장인 비영리법인
③ ① 및 ②에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인
2) 초과보유분에 대한 주식 등 처분유예기간(법률 부칙 제6048호 §7③)
① 그 초과분 중 1/2이상은 ’00.12.31.까지
② 나머지는 ’01.12.31.까지 처분하는 경우에는 가산세를 적용하지 않는다.
3) 초과보유에 대한 가산세 부과(상증법 §78⑦)
공익법인이 주식처분 유예기간 경과 후에도 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 총자산가액의 30%(회계감사, 전용계좌의 개설·사용, 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등에 해당하는 경우에는 50%) 이상 보유하고 있는 경우에는 초과하는 주식에 대해 매 사업연도 말 현재 시가의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
☞ 50% 완화규정은 ’09.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
4) 초과하는 내국법인의 주식 등의 가액(상증령 §38⑭)
5) 가산세 부과 예외
다음의 공익법인 등에는 계열기업 주식보유 한도를 위반하는 경우에도 가산세 규정을 적용하지 않는다.
① 상증법 §48⑪ 각 호의 요건을 충족하는 공익법인
② 국가·지방자치단체가 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 공익법인
㉠ 국가·지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인
㉡ ㉠의 공익법인이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
㉢ 공공기관의 운영에 관한 법률상 공공기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
㉣ ㉢의 공익법인이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
<관련 예규 및 심판례 등>
■ 계열기업주식 보유 적용대상
● 계열기업 주식보유제한규정은 내국법인 주식에만 적용
특수관계에 있는 외국법인의 주식가액이 공익법인의 총 재산가액의 100분의 30을 초과하는 경우에는 초과한 주식가액의 5%의 가산세를 부과하지 않는다. 즉 내국법인 주식에만 계열기업 주식보유제한규정이 적용된다(서면4팀-441, ’05.3.24.).
● 계열기업 주식보유제한규정은 의결권 있는 주식에 대해 적용
공익법인 등이 총재산가액의 30%를 초과하여 계열법인의 주식 등을 보유하는 경우 그 초과하여 보유하는 주식 등의 시가의 100분의 5를 가산세로 부과하는 바, 당해 주식 등에는 의결권이 있는 주식을 의미(주식(출자지분)명세서 작성요령 참조)
(서일46014-11705, ’03.11.25.)
예) 의결권 없는 우선주도 포함한다는 서일46014-11301(’03.9.17.)은 잘못된 예규
■ 계열기업주식 초과 보유 가산세
● 계열법인 주식 초과보유 가산세 적용 방법
공익법인 등이 「상속세 및 증여세법」(2007.12.31. 개정된 것) 제50조 제3항에 따른 외부감사, 같은 법 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설과 사용, 같은 법 제50조의3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 경우에는 같은 법 시행령 제38조 제12항의 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 총 재산가액의 100분의 50을 초과하는 분에 대해 같은 법 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과하는 것이며, 이 경우 외부감사와 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등에 해당하는지 여부는 당해 과세기간 또는 사업연도에 대한 외부감사와 결산서류 등의 공시를 이행하는지 여부로 판단한다(재산-549, ’11.11.22.).
● 계열기업 주식보유에 따른 가산세 부과 해석사례
공익법인 등(제49조 제1항 단서의 규정에 해당하는 공익법인 등을 제외함)이 같은법 시행령 제38조 제12항에서 규정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 보유하는 경우로서 매사업연도말 현재 당해 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 100분의 30을 초과하는 경우에는 같은법 제78조 제7항의 규정에 의하여 30％를 초과하여 보유하는 주식가액의 5％에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다(서면4팀-3490, ’07.12.6.).
□ 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등(상증령 §42②)
① 국가·지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인
② ①의 공익법인이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
③ 「공공기관의 운영에 관한 법률」상 공공기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
④ ③의 공익법인이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
□ ‘그 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인’ 이란 다음에 해당하지 않는 내국법인(상증령 §13⑩)
① 출연자 또는 그의 특수관계인(해당 공익법인 제외)이 주주 또는 출자자이거나 임원의 현원(5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다) 중 5분의 1을 초과하는 내국법인으로서 출연자 및 그의 특수관계인(당해 공익법인 포함)이 보유하고 있는 주식 등의 합계가 가장 많은 내국법인
② 출연자 또는 그의 특수관계인(해당 공익법인 제외)이 주주 등이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인에 대해 출연자, 그의 특수관계인 및 공익법인(해당 공익법인 등이 발행주식총수 등의 100분의 5(상증법 §48⑪ 요건 충족 공익법인은 100분의 10)를 초과하여 보유한 내국법인) 등 출자법인이 보유하고 있는 주식 등의 합계가 가장 많은 경우에는 해당 공익법인 등 출자법인
□출연자와 특수관계 없는 내국법인의 주식 등에 예외를 인정한 이유
공익법인의 출연자(특수관계인 포함)가 공익법인이 출연받는 주식의 발행회사 주주가 아닌 경우에는 출연자가 공익법인을 통해 계열 회사를 간접지배할 우려가 없으므로 주식보유 한도에 예외 인정
예1) 공익법인이 100% 출자하여 설립한 내국법인의 경우에는 출연자 및 특수관계인이 당해법인의 주주일 수 없으므로 허용
예2) 甲그룹의 사주가 출연·설립한 공익법인이 공익사업의 재원조달을 위해 乙그룹 소속법인 주식을 5% 초과 보유하는 경우는 간접지배 우려가 없으므로 허용
예3) 그러나 甲그룹의 사주가 출연·설립한 공익법인이 甲그룹 소속법인 주식을 5% 초과 보유하는 경우에는 간접지배의 우려가 있으므로 불허
