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[2022년 공익법인 세무] 법령 열거된 단체 외 지출한 기부금…전액 손금 인정 안 돼
[2022년 공익법인 세무] 법령 열거된 단체 외 지출한 기부금…전액 손금 인정 안 돼
  • 국세청 제공
  • 승인 2023.04.21 09:00
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Ⅳ. 공익법인이 지켜야 할 일

10. 공익법인 해산 시 지켜야 할 일(상증법 §48②(8), 상증령 §38⑧(1))

<관련 예규 및 심판례 등>
● 해산하는 공익법인의 잔여재산을 포괄승계하는 경우 사후관리 대상에 해당하는지 여부
통합공익법인이 「민법」 제80조에 따라 주무관청의 허가받아 포괄적으로 승계(정관에 해산하는 공익법인의 설립목적 및 사업을 그대로 반영)하는 경우에는 해산하는 공익법인의 잔여재산을 해당 공익법인등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀속시킨 경우에 해당(법령해석재산-0050, ’16.2.25.)

● 흡수합병되는 경우 잔여재산 과세여부
주무부장관의 인가를 받아 학교법인이 다른 학교법인에 흡수합병됨으로써 종료하는 학교법인의 잔여재산 전부가 다른 학교법인에 귀속되어 동일한 공익목적사업에 사용되는 경우에는 증여세 과세문제가 발생하지 않는다(상속증여세과-426, ’13.7.26.).

● 공익법인의 설립허가 취소일을 증여세 과세요건 성립일로 볼지 여부
공익법인 기출연재산을 주무부장관 등이 승인한 사용기간내에 목적의 동일 또는, 유사한 공익법인에 귀속시키기로 하는 내용의 결정을 하지 못한 채 공익법인이 설립허가가 취소됐다면 그 설립허가취소일을 증여세의 과세요건 성립일로 보아 증여세 부과처분함은 정당하다(대구고등법원2013누1219, ’13.11.22.).

● 하나의 비영리법인으로 통합하는 경우 승계받은 재산의 증여세 과세 여부
특정 법령의 개정으로 비영리법인이 설립되고 해당 법령에 따라 다수의 다른 비영리법인의 조직·직원 및 재산을 신설되는 비영리법인에 승계시키는 등 다수의 비영리법인을 하나의 비영리법인으로 단순히 통합하는 것에 해당되는 경우에는 신설되는 비영리법인이 승계받은 재산에 대해서 증여세를 과세하지 않는 것이 타당하다(재산-345, ’10.5.28.).

● 잔여재산을 허가를 받아 다른 공익법인에 귀속시키는 경우
공익법인 등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 주무부장관의 허가를 받아 다른 공익법인 등에 귀속시키는 경우 증여세가 과세되지 않는다(재산세과-840, ’09.11.24.).

●농어촌지역 등에 소재한 학교를 폐교조치하면서 그 잔여재산을 ’03.12.31.이전에 출연자의 자녀 등에게 귀속시키는 경우, 증여세 과세문제
공익법인에 재산을 출연한 자가 공익법인이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 무상으로 이전받은 경우 증여세가 과세된다(서일46014-11270, ’02.9.27.).

 

Ⅴ. 법인세법상 공익법인

1. 상속세 및 증여세법상 공익법인과의 비교
법인세법상 공익법인이 불특정다수를 위한 사업(사회복지, 장학 등)을 고유목적사업으로 하고, 대부분 상속세 및 증여세법상 공익법인에도 해당하는 점에서 그 범위가 매우 유사하다.

2. 기부금의 개념
기부금이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(법인령 §35에 따른 거래를 통해 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함)을 말한다(법법 §24①).

법인이 각 사업연도 중에 지출한 기부금은 소득금액을 계산하는 데 있어서 일정금액 범위 내에서 손금으로 인정받을 수 있다.
다만, 법령에 열거된 단체에 지출하는 기부금(법법 §24②(1)에 따른 기부금, 법법§24③(1)에 따른 기부금)에 한하여 인정되므로 이외의 단체에 지출한 기부금은 전액손금으로 인정되지 않는다.

□ 기부금 구분
- 법법 §24②⑴에 따른 기부금(구 ‘법정기부금’)
- 법법 §24③⑴에 따른 기부금(구 ‘지정기부금’)
- 그 밖의 기부금:위 이외에 지출한 기부금(우리사주조합 제외)

3. 법인세법상 공익법인의 범위
법인세법상 공익법인은 법법 §24②(1)에 따른 공익법인, 법인령 §39①(1)에 따른 공익법인, 법인령 §39①(2) 다목에 따른 공익법인으로 구분할 수 있으며, 법인세법에서는 각각의 요건과 범위 등을 구체적으로 규정하고 있다.

가. 법법 §24②(1)에 따른 공익법인(법법 §24②(1), 법인령 §38)
법법 §24②(1)에 열거된 기부금을 받아 해당 목적으로 지출하는 공익법인을 말한다.

(예시)
• 시설비, 교육비, 장학금 또는 연구비를 수령하는 아래 각 단체
- 사립학교법에 따른 사립학교
- 비영리 교육재단(국립·공립·사립학교 등에 시설비, 교육비, 장학금, 연구비 지급목적 설립) 
• 「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 
• 「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원 
• 기획재정부장관이 지정하는 해외 한국학교, 전문모금기관
*구 법법 §24②(7)(구 법인칙 별표6의7)의 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 법률에 따라 직접 설립된 기관은 ’18.1.1.이후부터 기획재정부장관으로부터 지정·고시받아야 하는 단체로 변경됨(단, ’18.1.1. 이전에 종전의 규정에 따라 지정된 기관에 지출하는 기부금에 대해서는 종전 규정의 지정기간까지는 법정기부금으로 봄).

 

나. 법인령 §39①(1)에 따른 공익법인(법인령 §39)
법인령 §39①(1) 각 목에 열거된 공익법인을 말한다.

가. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인
나. 「영유아보육법」에 따른 어린이집
다. 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「근로자직업능력개발법」에 따른 기능대학 또는 「평생교육법」에 따른 전문대학·원격대학 형태의 평생교육시설
라. 「의료법」에 따른 의료법인
마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 및 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(소속단체 포함)
바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인, 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(공기업 제외) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 지정요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(관할세무서장을 포함)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인

*구 법인령 §36①(1)(다) 및 (라)의 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구·장학·문화예술·환경보호 등 단체’와 (아)의 ‘기타 지정기부금단체(구 법인칙 별표 6의2)’는 ’18.1.1.이후부터 기획재정부장관으로부터 지정·고시받아야 하는 단체로 변경됨(단, ’18.2.13.이전에 종전 규정에 따라 지정된 단체에 지출하는 기부금에 대해서는 ’20.12.31.까지 지정기부금으로 봄)

다. 법인령 §39①⑵ 다목에 따른 공익법인
법인령 §39①(2) 다목에서는 ‘사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 기획재정부장관이 지정하여 고시하는 기부금’을 규정하고 있는바, 이에 해당하는 기부금으로 사업을 운영하는 자는 세법상 공익법인에 해당한다.

 

4. 기획재정부장관이 지정하는 공익법인 등(법인령 §38⑥·§39①(1)(바))
법령에서 정하는 일정요건을 갖춘 단체에 대해 기획재정부장관이 주무관청 또는 국세청(관할세무서 포함)의 추천을 받아 지정하는 공익법인을 말하며 다음과 같이 구분된다.

 

 

 

 

 

 

 

가. 기획재정부장관이 지정하는 해외 한국학교, 전문모금기관(법인령 §38③·④)
다음에 해당하는 단체 중 법인세법 시행령의 요건을 모두 갖추고 주무관청이 추천해 기획재정부장관이 지정·고시한 단체 등을 말한다.

□ 한국학교(법법 §24②(1), (라)9), 법인령 §38③)
- 「재외국민의 교육지원 등에 관한 법률」에 따른 한국학교(대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 학교에 한함)
□ 전문모금기관(법법 §24②(1) ((바), 법인령 §38④)
- 사회복지사업, 그 밖의 사회복지활동의 지원에 필요한 재원을 모집·배분하는 것을 주된 목적으로 하는 비영리법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인

1) 지정절차
법인령 §38③·④에 따른 요건을 갖춘 학교 또는 법인에 대해 주무관청은 매 분기 종료일부터 1개월 전까지 기획재정부장관에게 추천을 하고, 기획재정부장관은 매 분기 말일까지 지정한다.

2) 지정기간
기획재정부장관이 지정한 해외 한국학교, 전문모금기관에 지출하는 기부금은 지정한 날이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(‘지정기간’이라 함) ‘법법 §24②(1)에 따른 기부금(구 ‘법정기부금’)’으로 본다.

나. 기획재정부장관이 지정하는 공익법인(법인령 §39①(1)(바))
다음에 해당하는 비영리법인 등이 법인세법 시행령의 요건(지정요건)을 모두 갖추고 국세청(관할세무서)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정한 단체 등을 말한다.

• 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인, 비영리외국법인 
• 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합 
• 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제3항 제1호에 따른 공기업은 제외) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관

한편, 아래의 단체는 그동안 법령 등에 의해 기부금단체로 인정돼 왔으나, 2021년부터는 지정추천 절차를 통해 기획재정부장관으로부터 지정을 받아야 기부금대상 공익법인으로서 지위를 유지할 수 있다.

1. 2018.2.13. 전에 인·허가 받은 학술연구·장학·기술진흥·문화예술·환경보호단체
2. 2018.2.13. 전에 구 법인칙 별표6의2로 지정됐던 기부금단체
3. 2018.1.1. 전에 구 법인칙 별표6의7로 지정됐던 단체 중 지정기한이 만료되는 단체
*2021년에 신청 시 1번은 신규신청, 2·3번은 재지정신청에 해당
*1번·2번 추천신청(~’22.2.3까지) 후 기재부 지정·고시(’22.3.31.)된 경우 2021년부터 공익법인으로 소급인정

<기획재정부장관이 지정하는 공익법인 지정요건>
1) 다음의 구분에 따른 요건
가) 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인:정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위해 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우에는 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 것일 것)
다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조 제8항 제2호 단서(공익법인의 설립·정관 변경 허가 조건으로 주무부장관·기재부장관이 협의하여 공익사업 수혜자의 범위를 정한 경우)에 해당하는 경우에는 해당 요건을 충족한 것으로 본다*
* ’21.1.1.이후 지정분 분부터 적용

나) 사회적협동조합:정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것일 것

다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관:설립목적이 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것

2) 해산을 하면 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것

3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고*, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함돼 있으며, 법인의 공익위반 사항을 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등 공익위반사항을 관리·감독할 수 있는 기관 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리·감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것*
*(단서 요건) ’21.1.1.이후 지정하는 분부터 적용

4) 지정·고시일이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것

5) 법인령 §39⑫에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 같은 법 ⑨에 따라 추천을 받지 않은 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것(다만, 법인령 §39⑤(1)의 의무를 위반한 사유만으로 지정이 취소되거나 추천을 받지 못한 경우에는 그렇지 않다)

1) 지정절차
① (추천신청) 비영리법인 등은 지정추천 구비서류와 지정요건을 모두 갖추어 국세청(관할세무서 포함)*으로 지정받고자 하는 분기 마지막 달의 전전 달 10일까지 신청서류를 접수해야 한다.
* ’21.1.1.이후 지정하는 경우부터 추천기관이 주무관청에서 국세청으로 변경
② (지정추천) 국세청(관할세무서 포함)*은 서류구비 및 지정요건 충족 여부를 검토해 해당 분기 마지막 달의 직전 달 10일까지 기획재정부로 지정 추천하며, 기획재정부에서 최종심사해 매 분기말 지정·고시한다.

 

 

 

 

 

 

 

 

2) 구비서류
① 공익법인 등 추천 신청서(법인칙 별지 63-5 서식)
② 법인설립허가서 및 법인등기부등본*(말소사항 포함 1개월 이내 발급)
*(법률에 따라 직접 설립된 기관) ‘등록에 관한 사항을 증명할 수 있는 서류’로 대체 가능
③ 정관 (지정요건 1)~3) 내용 반드시 포함)
④ 최근 3년간 결산서 및 해당 사업연도 예산서(설립 후 1년 미만 법인은 결산서 대신 직전 월까지의 월별 수입·지출 내역서로 제출 가능)
⑤ 향후 3년(재지정신청의 경우 5년)동안 기부금을 통한 사업계획서
⑥ 공익법인 등 의무이행준수 서약서(법인칙 별지 63-6 서식)
⑦ 기부금 모금 및 지출을 통한 공익활동보고서
※신규 신청 시:①~⑥ / 재지정 신청 시:①~⑤, ⑦

3) 신청방법
① (홈택스) 홈택스를 통한 전자 접수
*홈택스(www.hometax.go.kr) > 신청/제출 > 신청업무 > 공익법인 지정추천 신청
② (방문/우편) 관할세무서에 신청서 및 첨부서류 접수
*관할세무서 찾기:국세청 누리집(www.nts.go.kr) > 국세청 소개 > 전국 세무관서

4) 지정기간
기획재정부장관이 지정한 공익법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정기간이 끝난 후 2년 이내 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간으로 함)* ‘법법 §24③(1)에 따른 기부금(구 ‘지정기부금’)’으로 본다.
* ’21.1.1.이후 지정하는 분부터 적용

 

5. 법인세법상 공익법인의 의무사항
가. 공익법인 유형별 의무사항
1) 기획재정부장관이 지정하는 해외 한국학교, 전문모금기관 기획재정부장관이 지정하는 해외 한국학교, 전문모금기관은 지정기간 동안 다음의 의무를 이행해야 한다(법인령 §38⑧).
① 연간 기부금 모금액 및 그 활용 실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 「기부금 모금액 및 활용실적 명세서」에 따라 해당 학교 등 및 국세청의 인터넷 홈페이지*에 각각 공개할 것
* 「연간 기부금모금액 및 활용실적 명세서」(법인칙 별지 제63의7 서식)로 국세청 홈택스(www.hometax.go.kr) > 세금종류별 서비스 > 공익법인공시 > 기부금 모금액 및 활용실적 공개 
- 다만, 「상속세 및 증여세법」 제50조의3 제1항 제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의5 제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한 것으로 본다*
* ’21.2.17.이후 공개 또는 공시하는 분부터 적용

② 해당 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것

2) 법인령 §39①(1)에 따른 공익법인
법인령 §39①(1) 각 목에 열거된 공익법인(종교단체는 제외)*은 지정기간 동안(아래 ④의 경우에는 지정일이 속하는 연도의 직전 연도를 포함) 다음의 의무를 이행해야 한다(법인령 §39⑤).
*법인령 §39①(1)(가)~(라)의 사회복지·학교·의료법인 등은 ’19.1.1.이후 개시하는 사업연도부터 적용

① 법인령 §39①(1) 바목에 따라 기획재정부장관이 지정하는 공익법인의 경우 법인령 §39①(1) 바목 1)~3)의 지정 요건을 충족할 것

② 다음 구분에 따른 의무를 이행할 것
㉠ 「민법」 상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우:수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위해 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것, 비영리 외국법인은 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 할 것
- 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조 제8항 제2호 단서(공익법인의 설립·정관 변경 허가 조건으로 주무부장관·기재부장관이 협의하여 공익사업 수혜자의 범위를 정한 경우)에 해당하는 경우에는 해당 의무를 이행한 것으로 본다*
* ’21.1.1.이후 지정분 또는 보고하는 분부터 적용
㉡ 사회적협동조합의 경우:「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행할 것
㉢ 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우:사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행할 것

□ 협동조합 기본법 제93조 【사업】
① 사회적협동조합은 다음 각 호의 사업 중 하나 이상을 주 사업으로 하여야 한다.
1. 지역(시・도의 관할 구역을 말하되, 실제 생활권이 둘 이상인 시・도에 걸쳐 있는 경우에는 그 생활권 전체를 말한다. 이하 이 호에서 같다) 사회의 재생, 지역 경제의 활성화, 지역 주민들의 권익・복리 증진 및 그 밖에 지역 사회가 당면한 문제 해결에 기여하는 사업
2. 대통령령으로 정하는 취약계층에 복지・의료・환경 등의 분야에서 사회서비스를 제공하는 사업
3. 대통령령으로 정하는 취약계층에 일자리를 제공하는 사업


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