Ⅴ. 법인세법상 공익법인
5. 법인세법상 공익법인의 의무사항
가. 공익법인 유형별 의무사항
2) 법인령 §39①(1)에 따른 공익법인
③ 매년 기부금 모금액 및 활용실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인 등과 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개할 것. 이 경우 국세청의 인터넷 홈페이지에는 ‘연간 기부금 모금액 및 활용실적 명세서(법인칙 별지 제63호의7 서식)’에 따라 공개할 것
- 다만, 「상속세 및 증여세법」 제50조의3 제1항 제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의5 제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한 것으로 본다.*
* ’21. 2. 17. 이후 공개 또는 공시하는 분부터 적용
④ 해당 공익법인 등의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것
⑤ 각 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접고유목적사업에 지출할 것
- 또한, 사업연도 종료일을 기준으로 최근 2년 동안 고유목적사업의 지출 내역이 있을 것*
* ’21. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
⑥ 「상속세 및 증여세법」 제50조의2에 따른 전용계좌를 개설하여 사용할 것
⑦ 「상속세 및 증여세법」 제50조의3 제1항 제1호·제4호의 결산서류 등을 사업연도 종료일로부터 4개월 이내에 해당 공익법인과 국세청의 인터넷 홈페이지를 통해 공시할 것
⑧ 「상속세 및 증여세법」 제50조의4에 따른 공익법인 등에 적용되는 회계기준에 따라 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받을 것
- 다만, 직전 사업연도의 총자산가액이 100억원 미만이면서 직전 사업연도의 수입금액과 출연재산가액의 합계액이 50억원 미만이고 출연재산가액이 20억원 미만인 경우, 상증령 §12⑵(학교 등)의 사업을 영위하는 공익법인은 제외
☞ ⑥, ⑦, ⑧ 의무사항은 ’19.1.1.이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
나. 기부금영수증 발급명세의 작성·보관·제출 의무(법법 §112의2)
상기 지정기간 동안의 의무 외에도 기부금영수증을 발급하는 공익법인은 ‘기부자별 발급명세’(법인칙 제75의2 서식)를 작성해 발급한 날부터 5년간 보관해야 하며, 국세청장 등이 요청하는 경우 이를 제출해야 한다.
또한, 해당 사업연도의 기부금 영수증 총 발급건수와 금액 등이 적힌 ‘기부금영수증 발급합계표’(법인칙 제75의3 서식)를 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할세무서장에게 제출해야 한다.
다만, 전자기부금영수증을 발급한 경우에는 그러하지 아니한다.
*’21.7.1.이후 전자기부금영수증을 발급하는 분부터 적용
6. 법인세법상 공익법인의 사후관리
주무관청은 ‘공익법인 등’으로부터 의무이행 여부 등 내용을 보고받아 점검해 국세청에 그 결과를 통보해야 하고, 국세청은 법정된 사유에 해당하는 경우 기획재정부장관에게 지정취소를 요청해야 한다.
기획재정부장관이 지정한 공익법인 등이 의무를 이행하지 않는 등의 사실이 발견되면 기획재정부장관은 공익법인 등의 지정을 취소할 수 있다.
또한, 법인령 §39①⑴ 가목·라목의 공익법인이 ’19.1.1.이후 개시하는 사업연도 분부터 의무이행 사항을 위반한 사실이 2회 이상 확인된 경우 불성실기부금수령단체 명단공개 대상에 포함된다.
가. 공익법인 등의 의무이행 보고(법인령 §39 ⑥·§38 ⑨)
① (보고대상) 법인령 §38③, ④에 따른 해외 한국학교, 전문모금기관과 법인령 §39①⑴ 각 목에 따른 공익법인(종교단체 제외)
② (보고기한) 공익법인 등은 매 사업연도 종료일부터 4개월 이내 국세청 (주무관청)*에 의무이행 여부 등 내용을 보고하여야 합니다(법인칙 §19①).
*지정기부금단체(법인령 §39①⑴㈎~㈑, ㈓)은 의무이행 여부를 국세청장에게 보고
*법정기부금단체(법법 §24③, 법인령 §38)은 의무이행 여부를 주무관청에게 보고
③ (보고서식) 법인칙 별지 제63호의10 서식(법인령 §39 ①⑴에 따른 공익법인), 제63호의11 서식(전문모금기관), 제63호의12 서식(한국학교)
④ (보고요구) 주무관청*은 의무이행 여부 등을 보고하지 않은 공익법인 등에 대해 보고기한으로부터 2개월 이내에 의무이행 여부 등을 보고하도록 지체없이 요구해야 한다(법인칙 §19②).
* ’21.1.1.이후 개시하는 사업연도 분부터 국세청장이 법인령 §39①⑴ 각 목에 따른 공익법인의 의무이행 여부를 점검하며, ‘기부금 모금액 및 활용실적’을 공개하지 아니하거나 그 공개내용에 오류가 있는 경우에는 기부금 지출내역에 대한 세부내용을 제출할 것을 해당 법인에 요구할 수 있고, 공익법인은 관련 자료를 요구받은 날부터 1개월 이내에 제출해야 한다.
나. 주무관청의 점검결과 통보(법인칙 §19③)
주무관청은 공익법인 등의 의무이행 여부 등을 보고받은 경우에는 그 점검결과를, 보고받지 못한 경우에는 그 미보고 사실을 주무관청의 점검서식에 기재하여 보고기한으로부터 3개월 이내에 국세청장에게 통보해야 한다.
다. 기부금단체 지정취소 등(법인령 §38⑪, ⑬, ⑭·§39⑧, ⑨, ⑬)
국세청장은 기획재정부장관이 지정한 공익법인 등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 지정의 취소를 기획재정부장관에게 요청해야 한다.
① 「상속세 및 증여세법」 제48조제2항, 제3항, 제8항부터 제11항까지, 제78조 제5항 제3호, 제10항 및 제11항에 따라 기획재정부령으로 정하는 금액(사업연도별로 1천만원) 이상의 상속세(가산세 포함*) 또는 증여세(가산세 포함*)를 추징당한 경우
*가산세 포함은 ’19.1.1.이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
② 목적 외의 사업을 하거나 설립허가의 조건을 위반하는 등 공익목적을 위반한 사실, 지정요건 및 의무사항(전용계좌 개설·사용, 결산서류 등 공시, 외부회계감사 의무 제외*)을 위반한 사실 또는 주무관청의 보고 요구에도 불구하고 보고하지 아니한 사실이 있는 경우
*’21.1.1. 이후 지정취소를 요청하는 분부터 적용
③ 「국세기본법」 제85조의5에 따라 불성실 기부금수령단체로 명단이 공개된 경우
④ 대표자, 임원, 대리인, 직원 또는 그 밖의 종업원이 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」을 위반하여 같은 법 제16조에 따라 법인 또는 개인에게 징역 또는 벌금형이 확정된 경우
⑤ 해산한 경우
또한, 국세청장은 공익법인 등의 지정기간이 끝난 후에 지정기간 중 상기 지정취소 요건에 해당하는 사실이 있었음을 알게 된 경우에는 그 법인에 대해 지정기간 종료 후 3년간 공익법인 등에 대한 추천을 하지 않아야 하며, 이미 재지정된 경우에는 그 지정을 취소할 것을 기획재정부장관에게 요청해야 하며, 그 요청을 받은 기획재정부장관은 지정을 취소하거나 재지정하지 아니할 수 있다.
☞ 공익법인 등이 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 재지정을 받지 못하게 된 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지나지 않으면 공익법인 등으로 재지정 받을 수 없다.
라. 불성실 기부금수령단체 명단 공개(국기법 §85의5, 국기령 §66⑩)
1) 개요
국세청장은 불성실 기부금수령단체의 인적사항, 국세추징 명세, 거짓기부금영수증 발급건수 등을 공개할 수 있다.
2) 공개 대상
- 명단 공개일이 속하는 연도의 직전 연도 12월 31일을 기준으로 최근 2년(불복청구기간은 제외) 이내에 상증법에 따른 의무불이행으로 추징당한 세액의 합계액이 1천만원 이상인 경우
- 명단 공개일이 속하는 연도의 직전 연도 12월 31일을 기준으로 최근 3년(불복청구기간은 제외)간의 「소득세법」 제160조의3에 또는 「법인세법」 제112조의2에 따른 기부자별 발급명세를 작성하여 보관하고 있지 아니한 경우
- 명단 공개일이 속하는 연도의 직전 연도 12월 31일을 기준으로 최근 3년(불복청구기간은 제외) 이내에 기부금액 또는 기부자의 인적사항이 사실과 다르게 발급된 기부금영수증(이하 이 조에서 ‘거짓영수증’이라 한다)을 5회 이상 발급했거나 그 발급금액의 합계액이 5000만원 이상인 경우
- 사회복지법인 및 학교 등 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 가목·라목의 공익법인 등이 같은 영 같은 조 제5항의 의무를 이행하지 않은 사실이나 주무관청의 요구에도 의무 이행 여부를 보고하지 않은 사실이 2회 이상 확인된 경우
*4호는 ’19.1.1.이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
3) 공개 방법
명단 공개는 관보에 게재하거나 국세정보통신망 또는 관할세무서 게시판에 게시하는 방법으로 한다.
4) 공개 절차
불성실 기부금수령단체 명단 공개 업무절차는 다음과 같다.
① 국세정보공개심의위원회의 심의를 거쳐 결정된 공개 대상자에게 명단공개 대상자임을 통지
② 통지일부터 6개월(소명기간)이 지난 후
③ 해당 단체들의 기부금영수증 발급명세 작성·보관 의무 이행 등을 고려해 국세정보위원회에서 명단 공개 여부를 재심의
④ 공개대상자 최종 선정
<관련 예규 및 심판례 등>
■ 국가 등의 기부금영수증 작성·교부
● 서울시의 의뢰를 받아 기부금을 모집하는 법인의 기부금 영수증 작성 방법
법인이 서울시의 의뢰를 받아 기부금을 모집하는 (사)○○동문화발전위원회에 기부하고 모집자가 기부금품모집규제법 제5조 제2항에 규정한 절차에 따라 지체 없이 국가 또는 지방자치단체에 기증한 금품의 가액은 법인세법 제18조 제3항 제1호에 규정한 기부금에 해당하는 것이며, 기부금영수증(별지 제63호의3 서식)에 기부처는 서울시로 기부금 모집처는 (사)○○동문화발전위원회로 기재하여 법인에게 교부한다(서면인터넷방문상담2팀-1516 , ’05.9.23.).
● 국가 또는 지방자치단체에 기부시 기부금품 영수증을 수령하는 경우 발급자 명의는 기관장의 명의로 된 영수증을 교부받아야 한다.
법인이 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액(기부금품 모집 규제법을 적용받는 경우에는 동 법 제5조 제2항의 규정에 의하여 접수하는 것에 한함)은 법인세법 제24조 제2항 제1호의 규정에 의하여 일정 한도내에서 법인의 각 사업연도 소득금액계산 시 손금에 산입하는 것이나, 이 때 기부금품 영수증을 수령하는 경우 발급자 명의는 기관장의 명의로 된 영수증을 교부받아야 한다(서면인터넷방문상담2팀-277, ’05.2.11.).
■ 기부금 해당 여부
● 지방자치단체에게 토지 무상 임대시 기부금 및 업무무관 자산 해당 여부
내국법인이 토지를 지방자치단체에 무상으로 임대하는 경우에는 해당 토지의 적정임대료상당액을 「법인세법」 제24조 제2항 제1호의 규정에 의한 기부금으로 보는 것이며, 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우로서 「법인세법 시행규칙」 제26조 제4항에 해당하는 경우에는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다(법인세과-481, ’14.11.19.).
● 기부금 단체에 용역제공 후 대가의 일부를 기부하면서 차액만을 수취하는 경우 기부금 해당 여부
내국법인이 법정기부금 단체(이하 ‘해당단체’)에 자문용역을 제공하고 해당 용역의 대가를 익금으로 계상하면서 그 익금계상한 금액 중 일부를 해당단체에 기부하고 차액만을 수취하는 경우 그 기부금액은 법정기부금에 해당되는 것이며 이 경우 해당단체로부터 기부금영수증을 받아서 보관해야 한다(서면법규과-1362, ’12.11.20.).
● 내국법인이 아동복지 전문기관에 컨설팅이나 공연용역을 무상제공하는 경우 기부금에 해당하는지 여부
내국법인이 국내외 아동을 돕는 아동복지 전문기관인 지정기부금단체에 자사가 수행하는 컨설팅용역이나 자사가 공연하는 공연용역을 무상으로 제공하는 경우, 그 무상으로 제공하는 용역은 기부금에 해당하지 않는다(법규과-1350, ’11.10.13.).
● 내국법인이 지정기부금단체에 부동산을 무상 임대할 경우 세무처리
내국법인이 사업과 직접 관계없이 지정기부금단체에 부동산을 무상 임대하고 당해 단체에서 고유목적사업에 사용하는 경우 임대료 시가상당액을 지정기부금으로 보는 것이며, 지정기부금단체는 시가상당액을 기준으로 기부금영수증을 발급한다(법인세과-1082, ’10.11.22.).
● 기본통칙 24-35…1【부동산을 무상 또는 저가 임대시 기부금 의제】 법인이 영 제87조의 규정에 의한 특수관계자 외의 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계없이 부동산을 무상으로 임대하거나 정당한 사유없이 정상가액보다 낮은 가액으로 임대하는 경우에는 영 제35조 각 호의 규정이 적용된다.
■ 기부금영수증의 작성
● 기부금영수증 발급시 발급일자
기부금영수증을 발급하는 법인이 「법인세법 시행규칙」 별지 제63호의3 서식에 의한 기부금영수증을 발급하는 경우 실제 기부금을 수령한 일자로 하여 발급한다(서면-2017-법인-3230, ’18.1.19.).
■ 지정기부금 단체의 분사무소 명의로 기부금영수증 발급 가능 여부
지정기부금 단체의 분사무소 명의로 기부금영수증을 발급할 수 없으며, 분사무소 명의로 발급된 기부금 영수증에 대해서는 기부금영수증 발급 불성실가산세가 적용된다(서면-2020-법령해석법인-3709, ’21.07.16.).
■ 지정기부금단체 해당 여부
● 주무관청으로부터 설립허가를 받은 법인의 회원인 종교단체가 연합회의 소속단체에 해당하는지 여부
종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관으로부터 설립허가를 받아 설립한 비영리법인인 사단법인 한국기독교총연합회(이하 ‘연합회’)는 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 마목에 따라 지정기부금단체에 해당되는 것이나, 연합회의 소속단체가 아닌 회원교단과 회원단체는 동 규정에 따른 지정기부금 단체에 해당되지 않는다.
다만, 해당 회원교단과 회원단체가 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 주무관청으로부터 설립허가를 받아 설립한 비영리법인에 해당되는 경우, 해당 회원교단·회원단체와 그에 소속된 개별교회는 지정기부금 단체에 해당된다(법규과-180, ’12.2.22.).
7. 주무관청과 국세청간 협조
주무관청에서 인·허가한 비영리법인 등은 「상속세 및 증여세법」 상의 공익법인에 해당할 수 있으므로 그 설립허가 사실 등을 공익법인의 납세지 관할세무서장에게 통보해야 하며, 세무서장이 공익법인 등에 대해 증여세 등을 부과한 때에는 주무관청에 통보해야 한다.
가. 설립허가 등 통보(상증법 §48⑦, 상증령 §41③)
주무관청은 다음과 같이 납세지 관할세무서장에게 통보해야 한다.
① (통보사항) ㉠ 세법상 공익법인 등의 설립허가, 설립허가의 취소 사실
*기획재정부장관이 공익법인·공익단체로 지정한 비영리법인
☞ 설립허가 시점에는 세법상 공익법인에 해당하지 않더라도 기획재정부 장관이 공익법인·공익단체로 지정하는 경우에는 공익법인에 해당
*(통보서식) 공익법인설립허가 등 통보서(상증규칙 별지 제28호 서식)
㉡ 시정명령을 하거나 감독한 결과 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 단서, 제2항 및 제3항에 해당하는 사실을 발견한 경우 그 사실
② (통보기한) 설립허가 등을 한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지
나. 증여세 등 부과내용 통보(상증법 §48⑥, 상증령 §41②)
세무서장은 다음과 같이 공익법인 등의 주무관청에 통보해야 한다.
① (통보사항) 공익법인 등에 대한 상속세나 증여세 부과 내용
*(통보서식) 공익법인 과세내용 통보서(상증규칙 별지 제27호 서식)
② (통보기한) 부과한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지
다. 법인령 §39①⑴ 바목에 따른 공익법인 등에 대한 통보(법인령§39 ⑬)
① (국세청→주무관청) 국세청(관할세무서 포함)은 법인령 §39①⑴ 바목에 따른 공익법인 등이 지정되거나 지정이 취소된 경우에는 주무관청에 그 사실을 통보해야 한다.
*(적용시기) ’21.1.1.이후 공익법인 등으로 지정하거나 취소하는 분부터 적용
② (주무관청→국세청) 주무관청은 법인령 §39①⑴ 바목에 따른 공익법인 등이 목적 외 사업을 하거나 설립허가의 조건을 위반하는 등 법인령 §39⑧의 지정취소 요건에 해당하는 사실이 있는 경우에는 그 사실을 국세청(관할세무서 포함)에 통지해야 한다.
*(적용시기) ’21.1.1.이후 공익법인 등이 법인령 §39⑧ 각 호의 어느 하나에 해당하는 사실을 적발하는 경우부터 적용
Ⅵ. 전자기부금영수증
1. 전자기부금영수증 제도(2021도입·시행)
전자기부금영수증 제도는 기부금단체가 ’21.1.1.이후 기부를 받는 분부터 홈택스를 통해 기부금영수증을 전자로 발급할 수 있는 제도이다.
종전에는 기부자가 기부금영수증을 발급받기 위해 기부금단체에 연락하거나 기부금단체가 기부금영수증을 우편 또는 이메일로 기부자에게 발송하는 불편함이 있었으나, ’21년부터는 전자기부금영수증 제도 시행으로 기부금단체는 기부금영수증을 전자발급해 기부금영수증 발송비용을 절감할 수 있고, 기부자는 연말정산 간소화시스템에 자동 반영되므로, 기부금단체·기부자 모두 납세협력비용이 절감되는 효과가 있다.
또한 기부금단체는 전자기부금영수증 발급시 기부자별 발급명세서 작성·보관·제출 및 기부금영수증발급합계표 제출 의무가 면제된다(법법§112의2).
가. 전자기부금영수증 시스템을 이용한 영수증 발급
1) 기부금단체의 전자기부금영수증 발급
전자기부금영수증을 발급하기 위해서는 기부금단체가 발급권한을 신청해야 한다. 발급권한은 홈택스에서 신청하며, 세무서에서 세법에 따른 기부금단체 여부를 확인한 후 승인처리한다. 홈택스에서 승인처리된 즉시 기부금단체는 전자기부금영수증을 발행할 수 있다.
세법에 따라 기부금영수증을 발급할 수 없는 단체가 전자기부금영수증 발급권한 신청 시 반려 처리되며 해당 단체는 기부금영수증을 발급할 수 없는 단체에 해당하므로 전자기부금영수증 뿐만 아니라 기부금영수증 발급 자체가 불가하다.
전자기부금영수증은 기부금단체의 발급 편의를 고려해 일괄발급과 개별발급으로 나누어 발급할 수 있다.
※개별발급:기부 건별로 기부자, 기부일자 등 기부 내역을 직접 입력하여 발급하는 방법이며, 기부자가 동의하는 경우 주민등록번호 대신 기부자가 등록한 휴대전화번호를 이용해 기부금영수증을 발급할 수 있다.
※일괄발급:기부금단체가 기부금관리 프로그램 자료(엑셀파일)를 변환하거나, 홈택스에서 제공하는 엑셀서식을 사용해 기부금 내역을 작성·업로드하는 발급형태로 다수의 기부건을 한 번에 발급할 수 있다.
※기부자요청 발급:기부금단체가 전자기부금영수증 발급을 누락한 경우에는 기부자가 홈택스에서 전자기부금영수증 발급을 요청하고 기부금단체가 기부 내역을 확인한 후 기부자의 요청에 따라 전자기부금영수증을 발급할 수 있다.
