정부가 내년 말 끝나는 국가전략기술 세액공제 제도에 대한 연장 여부를 검토한다.

세액환급제도 도입 등 제도 개선 방안에 대해서도 살펴볼 예정이다.

25일 정부 당국에 따르면 기획재정부는 이러한 내용의 연구 용역을 내년 중 실시한다.

국가전략기술은 국가 안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 경제 전반에 중대한 영향을 끼치는 기술을 말한다. 현재 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 이동수단 등이 지정됐다.

이들 기술의 사업화를 위한 시설 투자에 대해서는 현재 15%(중소기업은 25%)의 세액공제를 받을 수 있다. 연구개발(R&D) 비용에 대해서는 30∼50%의 세액공제를 받는다. 적용 기한은 내년 12월 31일까지다.

기재부는 내년 말 일몰 예정인 이 제도를 연장할지 여부를 두고 연구 용역을 시행할 예정이다. 연간 조세특례금액이 300억원 이상인 특례에 대해서는 의무적으로 심층 평가를 해야 하는 데 따른 것이다.

최상목 부총리 겸 기재부 장관 후보자가 국회에 제출한 인사청문 서면답변서에 따르면 국가전략기술 R&D 비용으로 세액공제한 규모는 올해 1조1천968억원이 될 것으로 예상된다. 시설투자 등 통합투자 세액공제로는 7천500억원이 될 것으로 보인다. 국가전략기술로 올해 1조9천468억원의 세금이 공제되는 것이다.

이중 대기업의 공제금액이 1조9천410억원으로 대부분을 차지할 것으로 예상된다.

정부는 국가전략기술 세액공제 제도의 개선 방안도 검토한다. 투자세액공제 환급과 제3자 양도제를 도입하는 방안도 그중 하나다.

현재 국가전략기술 통합투자 세액공제는 시설 투자에 대해 법인세를 공제해주는 방식이다. 이에 투자했지만, 영업이익을 내지 못한 기업은 당장 공제 혜택을 받을 수 없다. 대신 공제받지 못한 세액을 다음 해로 넘겨 향후 이익이 나면 공제받을 수 있다.

최근 기술 경쟁이 치열한 만큼 영업 이익이나 손실과 관계없이 기업이 공제받지 못한 세액에 상당하는 금액을 현금으로 돌려주거나 제3자에게 양도하자는 것이 방안의 골자다.

국민의힘 김상훈 의원이 대표로 미국 인플레이션 감축법(IRA)을 참고해 개정안을 발의했으며, 해당 방안에 대한 검토 의견이 지난달 말 국회 기획재정위원회 조세소위원회에서 부대의견으로 채택된 바 있다.

국내기업이 해외법인과 지분투자 형식으로 벌인 공동사업을 통해 국가전략기술을 이전받을 때 세액공제 적용의 실효성을 확보하는 방안도 정부가 검토해야 할 부대의견으로 올랐다.

'국가전략기술 육성에 관한 특별법'과 조세특례제한법상의 국가전략기술 범위가 다른 문제, 국가전략기술 분야를 추가하려는 경우 사전에 국회 기재위에 보고하는 문제 등도 부대의견에 올랐다.

기재부는 연구 용역을 통해 이들 방안에 대해 검토할 계획이다.

최 후보자는 인사청문회 서면답변에서 "내년 중 (국가전략기술) 제도의 효과성을 종합적으로 검토해 일몰 연장 여부 또는 개선 필요성 등을 판단할 필요가 있다고 생각한다"며 "부총리로 취임하게 된다면, 내년 중 관련 연구용역을 실시하고 연구 결과를 바탕으로 제도 개선 방향을 검토하겠다"고 말했다.

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