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[세법해석 사례] 자원순환보증금은 사업자 귀속 볼 수 없어…총수입금액 해당 안 돼
[세법해석 사례] 자원순환보증금은 사업자 귀속 볼 수 없어…총수입금액 해당 안 돼
  • 국세청 제공
  • 승인 2024.02.02 09:00
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<부가가치세>

20. 수출액이 소액인 지점이 재화를 수입하는 경우 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예 적용 여부
■ 답변요지:서면-2021-법규부가-4332, 2022.08.11.
직전 사업연도에 수출액이 차지하는 비율이 30% 이상인 중소기업에 해당하는 법인의 A지점에서 재화를 수출하고, B지점이 재화를 수입하는 경우 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예를 적용받을 수 있다.

● 사실관계
•질의법인은 ’00.7월부터 엔지니어링 플라스틱 소재를 제조하는 사업자로 2개의 지점을 운영하면서
- A지점이 폐기물 관련 허가사업장인 B지점으로부터 폐기물허가증을 위탁받아 원재료를 수입하고 그 원재료를 제조·가공하여 A지점 명의로 제품수출을 하면서 수입부가세를 납부유예 받았는데
- ’21년 폐기물허가증 위탁이 불가함에 따라 B지점 명의로 폐기물 관련 원재료 수입 및 통관이 발생하고 있으나 수출액은 소액임.

•A지점에서는 폐기물을 제외한 원재료 등 수입 및 제품수출이 발생하고 있다.

•질의법인은 ①직전 사업연도에 중소기업에 해당하는 법인으로 ②직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액 중 수출액이 차지하는 비율이 30% 이상* 이면서 수출액이 50억원 이상임.
*질의법인의 전체 수출액 비중은 72.8%이고, 그 중 A지점이 99.8% 차지

● 질의내용
•직전 사업연도에 수출액이 차지하는 비율이 30% 이상인 중소기업에 해당하는 법인의 A지점에서 재화를 수출하고, B지점이 재화를 수입하는 경우 재화의 수입에 대한 부가가치세 납부유예를 적용받을 수 있는지

● 회신문
•귀 서면신청의 경우 기획재정부 부가가치세제과-351, 2022.8.3.)을 참조

<기획재정부 부가가치세제과-351, 2022.8.3.>
귀 질의의 경우 1안이 타당하다. 직전 사업연도 매출액 대비 수출액이 차지하는 비율이 30% 이상이며, 중소기업에 해당하는 법인의 A지점에서 재화를 수출하고, B지점이 재화를 수입하면서 「부가가치세법 시행령」 제91조의2 제1항 제3호의 요건을 모두 충족하는 경우 같은 법 제50조의2에 따라 해당 재화를 수입할 때 부가가치세의 납부를 유예할 수 있다.

● 검토내용
•(수입부가세 납부유예 적용대상) 납부유예가 가능한 기업은 직전 사업연도에 중소 또는 중견 기업에 해당하는 법인으로서
- 중소기업인 경우 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액 합계액 중 수출액 비중이 30% 이상이거나 수출액이 50억원 이상이어야 하고
- 중견기업인 경우 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액 합계액 중 수출액 비중이 30% 이상일 것이며
- 「부가가치세법 시행령」 제91조의2 제3항에 따른 확인 요청일 현재 다음 각 목의 요건(기타요건)을 모두 충족하는 경우임(부가령 §91의2①(3)).
가. 최근 3년간 계속사업 경영
나. 최근 2년간 관세 및 국세 체납 사실 미존재
다. 최근 3년간 「관세법」 및 「조세범처벌법」 위반으로 처벌 받은 사실 없을 것
라. 최근 2년간 법 §50의2③에 따라 납부유예 취소된 사실 없을 것

•재화의 수입에 대한 부가가치세 납부 유예를 규정하고 있는 「부가가치세법」 제50조의2는 “중소·중견사업자”의 요건을 사업자(법인)를 기준으로 정하고 있는 것으로 문리해석됨.
① 「조세특례제한법」 상 중소·중견기업에 해당하는 제조업 영위 법인 여부 → 사업자를 기준으로 판단
② 국세·체납 사실이 없을 것 및 「조세범처벌법」 또는 「관세법」 위반으로 처벌받은 사실이 없을 것 → 사업자를 기준으로 판단
③ 납부유예 요건에 대한 확인요청·제출의 주체 및 세무서장·세관장의 납부유예 확인서 발급 및 통지도 중소·중견사업자에게 해야 한다고 규정 

•수입 부가가치세 납부유예제도는 수출 중소기업의 자금부담을 완화하려는 제도 취지를 감안할 때, 적용 범위를 폭 넓게 인정할 필요
- 종전에는 기업들이 물품을 수입할 때마다 부가가치세를 납부하고, 세무서에서 다시 환급을 받음으로써 해당 기간 중에는 자금부담이 발생하는 바
- ’15.12월 직전 사업연도에 수출 중소·중견법인에 해당하는 경우 자금 부담 완화를 위해 수입 시 세관에 납부하는 부가가치세를 세무서에 신고 시까지 유예하도록 신설함.
- 개별 사업장을 기준으로 수출액 요건을 적용한다면, 수출기업으로 보기 어려운 기업도 납부유예를 적용받는 결과가 발생하므로 합리적 해석으로 볼 수 없다.
*(예) 甲 법인 A 사업장:수출액 3억원, 매출액 10억원
B 사업장:수출액 0원, 매출액 50억원
→ A 사업장 기준으로는 수출액 비중 30%를 충족하나, 법인 전체 기준으로는 수출액 비중 5%에 불과하므로, 수출 중소기업으로 보기 어렵다.

● 관련법령
•부가가치세법 제50조의2 【재화의 수입에 대한 부가가치세 납부의 유예】
•부가가치세법 시행령 제91조의2 【재화의 수입에 대한 부가가치세 납부 유예】


<종합소득세>

1. 재해위험지구 정비사업 실시로 인한 어업 피해에 대해 관련 법률에 따라 지급받은 영업보상금이 사업소득 과세대상인지 여부
■ 답변요지:사전-2022-법규소득-0265, 2022.3.22.
내수면양식어업을 영위하는 사업자가 재해위험지구 정비사업 추진에 따른 양만장 등 어업 피해에 대해 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 지급받은 영업보상금은 사업소득 총수입금액에 산입한다.

● 사실관계
•질의인은 ○○○○(이하 ‘쟁점사업장’)이라는 사업자등록을 하고 어업/내수면양식업을 영위하는 사업자임.

•○○군은 ’18.00.00. 「자연재해대책법」 제14조의2 및 같은 법 시행령 제12조의2 규정에 따라 “○○ 재해위험지구 정비사업 실시계획”을 공고하고 ’18년부터 ’20년까지 해당 정비사업을 시행하였는바
- 이러한 정비사업 시행에 따라 굴삭기 작업 등으로 인한 진동과 수질악화로 인해 폐사율이 높아지는 등 쟁점사업장을 포함한 주변 양만장 등의 영업에 막대한 손실이 발생

•○○군은 ’20.00.00. 질의인을 포함해 위 정비사업 시행에 따라 손실이 발생한 사업자들에게 보상에 관한 협의 요청 공문을 발송했고, 협의 결과 질의인은 영업보상금을 수령

● 질의내용
•내수면양식어업을 영위하는 사업자가 “재해위험지구 정비사업”에 따라 발생한 어업피해에 대해 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 지급받은 영업보상금이 사업소득 과세대상인지 여부

● 회신문
•내수면양식어업을 영위하는 사업자가 재해위험지구 정비사업 추진에 따른 양만장 등 어업피해에 대해 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 지급받은 영업보상금은 「소득세법」 제24조 제1항 및 같은 법 시행령 제51조 제3항제5호의 규정에 따라 사업소득 총수입금액에 산입한다.

● 검토내용
•(쟁점보상금의 성격) 쟁점보상금은 지자체가 정비사업을 시행하는 과정에서 굴삭기 작업 등으로 인한 진동 및 수질악화현상이 나타났고, 이로 인하여 주변 양식업장의 폐사율이 높아지는 등 손실이 발생하자
- 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 근거하여 지자체 등으로부터 감정평가를 통해 “양만장 등 어업피해영향”에 대한 “영업보상”명목으로 지급받은 것임.

•(총수입금액 산입여부) 사업과 관련된 수입금액으로서 해당 사업자에게 귀속됐거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있는 소득령 §51③(5) 및 영업보상금과 관련한 판례 및 기존 해석례의 태도 등에 비추어 볼 때
- 쟁점보상금과 같이 그 영위하던 사업과 관련해 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위해 지급되는 금원은 사업소득 총수입금액에 산입하는 것으로 봄이 타당함.

● 관련법령
•소득세법 시행령 제51조 【총수입금액의 계산】


2. 희망퇴직으로 퇴직금을 지급받는 경우, 계약직에서 정규직으로 전환하면서 지급받았던 퇴직금과 퇴직소득세액의 정산이 가능한지
■ 답변요지:사전-2021-법규소득-1818, 2022.3.22.
퇴직자가 퇴직소득을 지급받을 때 소득령 §43①(4)에 해당하는 사유로 체결하는 계약에서 이미 지급받은 퇴직소득에 대한 원천징수영수증을 ’16.2.17. 이후 원천징수의무자에게 제출하는 경우, 원천징수의무자는 소득법 §148①에 따라 퇴직자에게 이미 지급된 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대해 정산한 소득세를 원천징수해야 한다.

● 사실관계
•○○○○은 한국에서 ○○○○부를 철수하기로 결정함에 따라, ’21.00.00. 기준 만 3년 이상 근무한 정규직원 및 계약직원(무기계약직에 한함)을 대상으로 ’21.00.00까지 희망퇴직신청을 받았으며, ’21.00.00.부터 세 차례에 걸쳐 순차적으로 희망퇴직을 시행할 예정
- 질의법인은 희망퇴직자로 결정한 대상자에 대해 퇴직하는 시점에 법정퇴직금 이외에 특별퇴직금을 지급할 예정이며 특별퇴직금은 최대 0억원 한도로 정년까지 남은 개월 수 만큼(최장 0년) 기준연봉의 000%를 지급할 예정
- 희망퇴직을 신청할 수 있는 정규직원에는 계약직에서 정규직으로 전환된 직원이 포함되며 계약직 기간과 정규직 기간 간에는 업무중단이 없었으며 연속적으로 근무해 왔다. 단, 질의법인은 계약직에서 정규직 전환자에 대해 전환시점에 계약직 기간에 대한 퇴직금을 정산해 지급해 왔다.

● 질의내용
계약직에서 정규직으로 전환되며 퇴직금을 수령한 자가 정규직 상태에서 희망퇴직을 함에 따라 지급받는 특별퇴직금에 대해 원천징수대상 퇴직소득세액을 산정함에 있어서, 정규직 전환시 지급받은 퇴직소득과 세액정산이 가능한지 여부 및 근속연수의 산정방법

● 회신문
•퇴직자가 퇴직소득을 지급받을 때 「소득세법 시행령」 제43조 제1항 제4호에 해당하는 사유로 체결하는 계약에서 이미 지급받은 퇴직소득에 대한 원천징수영수증을 ’16.2.17. 이후 원천징수의무자에게 제출하는 경우, 원천징수의무자는 「소득세법」 제148조 제1항에 따라 퇴직자에게 이미 지급된 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대해 정산한 소득세를 원천징수해야 하는 것이며, 이러한 경우 근속연수는 같은 법 시행령 제203조 제2항에 따라 이미 지급된 퇴직소득에 대한 근속연수와 지급할 퇴직소득의 근속연수를 합산한 월수에서 중복되는 기간의 월수를 뺀 월수에 따라 계산한다.

● 검토내용
•일시에 발생하는 퇴직소득세액의 결집효과를 전체의 근무기간으로 분산시켜 퇴직소득세액의 부담을 경감시키려는 퇴직소득세액 정산제도의 목적과 소득령 §203①의 개정을 통해 퇴직소득세액 정산 사유에 포함되는 범위를 ‘소득령 §43①에 따라 퇴직으로 보지 아니할 수 있는 경우’에서 ‘소득령 §43① 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 체결하는 계약’으로 개정한 연혁을 고려할 때, 본 건의 이미 지급받은 퇴직소득 역시 퇴직소득세액 정산 대상에 포함한  것으로 봄이 타당

● 관련법령
•소득세법 제148조 【퇴직소득에 대한 세액정산 등】


3. 소유권이전 등기 전 차입한 장기주택저당차입금이 소득법 §52⑤에 규정된 장기주택저당차입금에 해당하는지 여부
■ 답변요지:사전-2022-법규소득-0434, 2022.4.29.
주택양수자가 금융회사 등으로부터 주택양도자의 주택을 담보로 차입금의 상환기간이 15년 이상인 차입금을 차입한 후 즉시 소유권을 주택양수자에게로 이전하는 경우 해당 차입금은 「소득세법」 제52조제5항 각 호 외의 부분 본문에 따른 “대통령령으로 정하는 장기주택저당차입금”으로 본다.


● 사실관계
•질의인은 ‘20.00.00. 주택양수도계약을 체결하고 계약금을 지급한 후, 소유권 이전등기가 이루어지지 아니한 상태에서
- ’21.00.00.(계약서상 중도금 지급 예정일) 중도금 지급목적으로 금융회사 등으로부터 주택양도자의 주택을 담보로 차입금의 상환기간이 15년 이상인 차입금을 차입한 후
- ’21.00.00. 해당 주택의 소유권을 질의인에게로 이전함.

•한편, 질의인은 근로소득이 있는 거주자이며, 1세대 1주택을 보유한 세대주로, 위 주택취득(취득당시 기준시가 5억원 이하) 후 해당 주택에서 거주 중임.

● 질의내용
매매계약을 체결하고 계약금을 지불한 상태에서 중도금 지급을 위해 양도자의 주택을 담보로 양수자가 장기주택저당차입을 한 후 소유권이전을 한 경우, 동 차입금이 소득법 §52⑤에 규정된 장기주택저당차입금에 해당하는지 여부

● 회신문
•주택양수자가 금융회사 등 또는 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금으로부터 주택양도자의 주택을 담보로 차입금의 상환기간이 15년 이상인 차입금을 차입한 후 즉시 소유권을 주택양수자에게로 이전하는 경우 해당 차입금은 「소득세법」 제52조 제5항 각 호 외의 부분 본문에 따른 “대통령령으로 정하는 장기주택저당차입금”으로 본다.

● 검토내용
•장기주택저당차입금에 대한 이자상환액 공제 규정의 입법 취지 및 기존 해석례 등을 종합적으로 고려할 때
- 본 건과 같이 주택양수자가 주택양도자의 주택을 담보로 차입금의 상환기간이 15년 이상인 차입금을 중도금 지급일인 ’21.00.00. 차입한 후 ’21.00.00. 소유권을 주택양수자에게로 이전한 경우 역시
- 쟁점규정에 따라 해당 차입금을 소득법 §52⑤ 각 호 외의 부분 본문에 따른 “대통령령으로 정하는 장기주택저당차입금”에 해당하는 것으로 봄이 타당

● 관련법령
•소득세법 제52조 【특별세액공제】


4. 자원순환보증금이 보증금대상사업자의 사업소득 총수입금액에 포함되는지 여부
■ 답변요지:서면-2022-법규소득-2596, 2022.8.29.
•「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」에 따른 보증금대상사업자(이하 “보증금대상 사업자”)가 같은 법 제15조의2 제1항에 따라 자원순환보증금을 제품 가격에 포함시켜 함께 지급받는 경우, 해당 자원순환보증금은 보증금대상사업자의 사업소득 총수입금액에 산입하지 않는다.'


● 사실관계
•신청법인은 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」(이하 “자원재활용법”) 제15조의6에 따라 설립된 비영리법인으로서
- 「민법」 제32조 및 「환경부 및 기상청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제4조에 따라 환경부장관으로부터 허가받은 단체임.

•신청법인은 자원재활용법에 따라 ’22.12.2.부터 시행되는 1회용 컵 보증금 제도(이하 “쟁점제도”)를 환경부를 대행해 수행할 예정으로 자원순환보증금 반환 및 취급수수료, 처리지원금 지급 및 관리, 그 밖에 용기 등의 회수, 재사용 또는 재활용 촉진 등 환경부령으로 정하는 사업을 함.

● 질의내용
재화의 공급가액과 함께 지급받은 1회용 컵 자원순환보증금이 보증금대상사업자의 사업소득 총수입금액에 포함되는지 여부

● 회신문
•「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」에 따른 보증금대상사업자(이하 “보증금대상사업자”)가 같은 법 제15조의2 제1항에 따라 자원순환보증금을 제품가격에 포함시켜 함께 지급받는 경우, 해당 자원순환보증금은 보증금대상사업자의 사업소득 총수입금액에 산입하지 않는다.

● 검토내용
•자원순환보증금이 사업소득 총수입금액에 포함되는지 여부는 해당 사업자에게 귀속됐거나 귀속될 금액인지에 따라 판단해야 한다.

•보증금대상사업자가 라벨이 부착된 1회용 컵을 사용한 제품의 판매 시 소비자로부터 제품 판매가격에 더하여 수령한 자원순환보증금은 신청법인에 대한 선납금의 정산과정에 불과하며 본 건 거래구조에 의할 때, 미반환보증금이 발생하더라도 보증금대상사업자에게 귀속될 가능성은 존재하지 않으며, 해당 금액은 신청법인에게 귀속되어 법정된 용도로만 사용하게 됨.

•따라서 자원순환보증금은 보증금대상사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액이라고 볼 수 없는 것으로서 사업소득 총수입금액에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당

● 관련법령
•소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】


5. 특정금전신탁을 통해 지급받는 배당소득이 Gross-up 적용대상 소득에 해당하는지 여부
■ 답변요지:서면-2021-법규소득-4592, 2022.12.07.
개인이 특정금전신탁을 위한 계약을 체결한 경우로서 그 소득의 구분이 「소득세법」 제4조 제2항 각 호 외의 부분에 따르는 경우에 있어서, 동 신탁재산에 귀속되는 소득으로서 같은 법 제17조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 정하는 배당소득에 대해서는 신탁재산 귀속 소득의 납세의무자인 거주자의 Gross-up 적용대상 소득에 해당

● 사실관계
•A법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”)에 따라 신탁업 운영인가를 받은 법인으로서, 개인인 고객과 사이에 자본시장법 시행령 §103(1)에 따른 특정금전신탁(위탁자가 신탁재산인 금전의 운용방법을 지정하는 금전신탁, 이하 “특정 금전신탁”) 계약을 체결하고 있는 바
- 위탁자별 운용방법(운용대상의 종류·비중·위험도 등), 신탁기간, 신탁보수 및 이익 계산방법 등을 개별 계약에 따라 정하고 있어 위탁자별 개별성이 확보되고 있고
- 신탁재산의 운용에 따라 발생한 수익에 대해서는 그 발생 원천별로 이자·배당소득으로 구분해 매 분기말(원천징수 대상 소득이 있는 경우), 신탁해지일 또는 이자지급일(원본가산일 포함) 등 세법에서 정한 시기에 원천징수의무를 이행하고 있다.

● 질의내용
•개인인 위탁자와 특정금전신탁계약을 맺고 운영되는 금전신탁에 편입한 국내주식에서 배당소득이 발생한 경우 
- 동 소득이 소득법 §17③ 각호 외의 단서를 충족하는 전제 하에 Gross-up 적용대상소득에 해당하는지 여부

● 회신문
•「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제103조 제1호에 따른 특정금전신탁을 위한 계약을 체결한 경우로서 그 소득의 구분이 「소득세법」 제4조 제2항 각 호 외의 부분에 따르는 경우에 있어서, 동 신탁재산에 귀속되는 소득으로서 같은 법 제17조 제3항 각 호 외의 부분단서에서 정하는 배당소득에 대해서는 신탁재산 귀속소득의 납세의무자인 거주자의 해당 과세기간 총수입금액에 그 배당소득의 100분의 11(’09년 1월 1일부터 ’10년 12월 31일까지의 배당소득분은 100분의 12)에 해당하는 금액을 더한 금액으로 한다.

● 검토내용
•신탁재산에 귀속되는 소득의 경우에 직접투자하는 경우와 소득구분 등 과세상 취급에 차이가 없고, 이중과세 효과 제거의 필요성은 여전히 존재하며, Gross-up 적용대상에서 배제할 법적 근거도 없다는 점 등을 종합적으로 고려한다면 본 건과 같이 개인이 특정금전신탁계약을 체결해 얻은 배당소득이 소득법 §17③ 단서 각 호 외의 부분이 정하는 요건을 충족한다면 Gross-up 적용대상이라고 봄이 타당

● 관련법령
•소득세법 제4조 【소득의 구분】, 소득세법 제17조 【배당소득】


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