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일반합병, 반드시 주주총회 특별결의 거쳐 합병계약서 승인 얻어야
일반합병, 반드시 주주총회 특별결의 거쳐 합병계약서 승인 얻어야
  • 국세청 제공
  • 승인 2024.02.16 13:47
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알기 쉬운 법인세법 가이드 / 합병 세제

Ⅰ. 총론

 1  합병의 개념 등
기업규모의 확장·경쟁력 강화 등을 목적으로 상법상의 절차에 따라 당사자인 회사의 전부 또는 일부가 해산하고 그 재산은 청산절차 없이 존속회사 또는 신설회사에 포괄적으로 이전하는 회사 간의 법률행위를 말함.

‘합병’이란 두 개 이상의 회사가 상법의 절차에 따라 청산절차를 거치지 않고 합쳐지면서 최소한 한 개 이상 회사의 법인격을 소멸시키되, 합병 이후에 존속하는 회사 또는 합병으로 인해 신설되는 회사가 소멸하는 회사의 권리·의무를 포괄적으로 승계하고 그의 사원을 수용하는 상법상의 법률사실을 말한다(법인세법 집행기준 44-0-1).
합병은 권리·의무의 포괄승계와 사원의 수용을 요건으로 하고 있는 점에서 회사의 영업 전부를 다른 회사에 양도하는 영업양도와 다르다.

<판례> 대법원 2008두8314, 2008.8.21.
회사의 합병이란 법에서 정해진 절차에 따라서 하는 회사 간의 행위로서 당사자인 회사의 일부 또는 전부가 해산하고, 별도의 개별적인 이전행위 없이 합병등기에 의하여 그 재산이 포괄적으로 존속회사 또는 신설회사에게 이전하는 것으로서, 두 개 이상의 회사가 법에서 정해진 절차에 의하여 단일회사가 되는 것이라고 할 수 있으며, 회사의 계속성을 위해 해산회사는 청산절차를 필요로 하지 않고 당연히 소멸되는 것인 반면, 영업양도는 계약에 의하여 그 법률상의 효력이 발생하는 것으로서 개별적인 이전행위에 의하여 재산의 이전효과가 발생하는 특정 승계이고 재산의 일부를 대상에서 제외할 수도 있으며 영업양도 후에도 양도한 법인 또는 개인기업이 당연히 소멸하지는 않는 등의 차이가 있으므로, 합병과 영업양도는 근본적으로 구별되는 개념이다.


2. 합병의 유형
합병은 합병당사법인의 소멸 여부에 따라 흡수합병과 신설합병으로 구분되며, 「상법」 상 합병절차의 간소화 정도에 따라 일반합병, 간이합병, 소규모합병으로 합병대가로 소멸하는 회사의 주주에게 지급하는 주식에 따라 일반합병과 삼각합병으로 구분된다.
첫째, 합병은 합병당사법인(회사)의 소멸 여부에 따라 흡수합병과 신설합병으로 구분된다.
‘흡수합병’이란 어느 하나의 법인이 다른 법인에 흡수되면서 흡수되는 법인이 소멸하고 소멸법인의 모든 권리와 의무가 존속법인으로 포괄 이전되며, 소멸법인은 별도의 청산절차를 거치지 않고 소멸하는 형태의 합병을 말한다.
이 경우 존속법인을 합병법인이라 하고 소멸법인은 피합병법인이라 하며, 소멸법인의 주주는 존속법인의 주식 또는 합병교부재산을 받게 된다.
‘신설합병’이란 2개 이상의 합병당사법인이 신설법인을 설립해 합병당사법인의 모든 권리와 의무를 포괄 이전하고, 합병당사법인은 별도의 청산절차를 거치지 않고 소멸하는 형태의 합병을 말한다. 이 경우 소멸되는 합병당사법인의 주주는 신설법인의 주식 또는 합병교부재산을 받게 된다.

 

 

 

 

 

 

 

 

둘째, 합병은 「상법」 상 합병절차의 간소화 정도에 따라 일반합병, 간이합병, 소규모합병으로 구분된다.
일반합병은 반드시 주주총회의 특별결의를 거쳐 합병계약서에 대한 승인을 얻어야 하며, 반대주주의 주식매수청구권이 인정된다.

간이합병(「상법」 제527조의2)은 합병할 회사의 일방이 합병 후 존속하는 경우에 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 전체 주주의 동의가 있거나 그 회사의 발행주식총수의 100분의 90 이상을 존속하는 회사가 소유하고 있는 때에는 소멸하는 회사는 주주총회의 승인을 거치지 않고 이사회의 승인만으로 합병이 가능하다.

소규모합병(「상법」 제527조의3)은 합병 후 존속하는 회사가 합병으로 인하여 발행하는 신주 및 이전하는 자기주식의 총수가 그 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에는 그 존속하는 회사는 주주총회의 승인을 거치지 않고 이사회의 승인만으로 합병이 가능하다.

다만, 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산을 정한 경우에 그 금액 및 그 밖의 재산의 가액이 존속하는 회사의 최종 대차대조표상으로 현존하는 순자산액의 100분의 5를 초과하지 아니하는 경우에 소규모합병으로 인정되며, 합병 후 존속하는 회사의 발행주식총수의 100분의 20 이상에 해당하는 주식을 소유한 주주가 합병공고 또는 통지일로부터 2주 내에 서면으로 합병 반대의사를 통지할 경우에는 소규모합병으로 인정되지 않는다.

셋째, 합병은 합병대가로 소멸하는 회사의 주주에게 지급하는 주식이 합병 당사법인의 주식(신주 또는 자기주식)인 경우에는 일반합병, 합병당사법인의 모회사의 주식인 경우에는 삼각합병으로 구분된다.


3. 합병의 절차
합병의 주요 절차로는 ① 합병계약서 작성 및 승인 결의 → ② 합병반대주주의 주식매수청구 → ③ 채권자 보호 절차 → ④ 보고총회 또는 창립총회 → ⑤ 합병등기 등이 있다.

가. 합병계약서와 그 승인 결의(「상법」 제522조 및 제522조의2)
합병당사법인 간에 합병계약서를 작성해 합병 조건, 존속법인 또는 신설법인의 정관의 내용 등을 정하고, 각 합병당사법인의 합병승인 결의를 얻어야 한다.

이 경우 합병승인 결의는 출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로 합병승인 결의가 이뤄져야 하며, 주주총회 회일의 2주 전부터 합병을 한 날 이후 6개월이 경과하는 날까지 합병계약서, 각 회사의 최종 대차대조표와 손익계산서 등의 서류를 본점에 비치해야 한다.

나. 합병반대주주의 주식매수청구권(「상법」 제522조의3)
합병 결의사항에 관하여 이사회의 결의가 있는 때에는 그 결의에 반대하는 주주(의결권이 없거나 제한되는 주주를 포함한다)가 주주총회 전에 서면으로 그 결의에 반대하는 의사를 통지한 경우에는 그 총회의 결의일부터 20일 이내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대해 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다.

한편, 간이합병의 경우에는 합병으로 인하여 소멸하는 회사는 합병계약서를 작성한 날부터 2주내에 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 공고하거나 주주에게 통지(주주의 동의가 있는 때에는 공고 및 통지 생략)해야 하며, 해당 공고 또는 통지를 한 날부터 2주 내에 회사에 대해 서면으로 합병에 반대하는 의사를 통지한 주주는 그 기간이 경과한 날부터 20일 이내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대해 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다.

다. 채권자 보호 절차(「상법」 제527조의5)
주주총회 등의 합병승인 결의가 있은 날부터 2주 내에 채권자에 대해 합병에 이의가 있으면 1월 이상의 기간 내에 이를 제출할 것을 공고하고, 알고 있는 채권자에 대하여는 따로따로 이를 최고해야 한다.

라. 흡수합병의 보고총회 또는 신설합병의 창립총회(「상법」 제526조 및 제527조)
흡수합병의 경우에는 채권자 보호 절차의 종료 등 「상법」 제526조 제1항에 따른 기간이 종료된 후 지체없이 주주총회를 소집하고 합병에 관한 사항을 보고해야 하며, 신설합병의 경우에는 「상법」 제527조 제1항에 따른 기간이 종료된 후 창립총회를 소집해야 한다.

마. 합병등기(「상법」 제528조)
흡수합병의 경우 보고총회 종결일 또는 보고에 갈음하는 공고일, 신설합병의 경우 창립총회 종결일 또는 보고에 갈음하는 공고일부터 본점 소재지에서는 2주 내, 지점소재지에서는 3주 내에 합병 후 존속하는 회사의 변경등기, 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 해산등기, 합병으로 인하여 설립되는 회사의 설립등기를 해야 한다.
합병에 따라 합병 후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계하며, 합병의 효력은 합병 후 존속하는 회사 또는 합병으로 인하여 설립되는 회사가 그 본점소재지에서 합병등기를 함으로써 그 효력이 발생한다.


4. 합병의 본질
법률적 개념으로 합병의 본질은 인격이 결합하는 것으로 보는 ‘인격승계설’과 피합병법인의 자산·부채를 합병법인에게 양도하는 것으로 보는 “현물출자설”로 구별됨.

가. 인격승계설
‘인격승계설’은 피합병법인의 인격이 합병법인에게 그대로 승계되는 것을 전제로 하므로 피합병법인의 인격에 속하는 권리·의무 관계인 피합병법인의 자산·부채 및 자본이 그대로 합병법인에 승계되는 것을 원칙으로 한다.
따라서 자산·부채의 평가 문제가 발생하지 아니하며 합병법인이 피합병법인의 자산·부채를 피합병법인의 장부가액으로 계상하고, 피합병법인의 자기자본은 그대로 합병법인의 자기자본으로 계상된다.
현행 세법은 법 제44조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)에 대해 인격승계설에 더 근접하여 규정하고 있다.

나. 현물출자설
“현물출자설”은 해산하는 회사를 현물출자하여 존속회사의 자본을 증가(흡수합병)하거나 새로운 회사를 설립(신설합병)하는 것으로서, 현물출자설에 의할 경우 합병은 피합병법인의 자산과 부채를 존속·신설법인에 현물출자하는 것으로 본다.
다시 말해 피합병법인이 자산과 부채를 합병법인에게 양도하고 그 대가로 합병법인의 주식을 교부받는 것이며 합병법인은 자산과 부채를 구입하는 대가로 주식을 발행하여 교부하는 것이다. 따라서 합병법인은 해당 자산과 부채를 시가로 평가하여 장부에 계상하고 합병대가와의 차이는 합병차익 또는 영업권으로 처리한다.
현행 세법은 비적격합병에 대하여 현물출자설에 더 근접해 규정하고 있다.


 2  합병에 대한 법인세 과세체계

1. 연혁
2010년 6월 30일 이전 합병은 인격의 승계로 보아 청산소득 및 합병평가차익에 대해 과세했으나, 2010년 7월 1일 이후 합병은 자산의 양도로 보아 양도손익에 대한 과세체계로 개편했다.
2009년 글로벌 경기 침체 하에서 경제체질 개선 및 금융부실 확산 방지 등을 위한 구조조정 필요성이 증대됐다.
이에 따라, 합병·분할 등 상시적 조직재편 지원 세제를 정비해 조직재편을 통한 기업 경쟁력 제고를 뒷받침하기 위해 합병·분할 등 구조조정 과세체계를 대폭 개선했으며, 2010년 7월 1일 이후 합병·분할하는 분부터 새로운 과세체계를 적용하도록 했다.

<2009년 8월 기획재정부 세제개편안 보도자료>
■ 원활한 기업구조조정 지원:기업 인수합병(M&A) 세제 선진화
□ 최근 다양화된 인수합병(M&A)에 대해 세금이 걸림돌이 되지 않도록 인수합병 세제를 선진국 수준으로 개편
•주식의 포괄적 교환·이전, 자산의 포괄적 양도 등 새로운 형태의 인수합병에 대해서도 합병세제* 적용
*법인이 합병 등을 하는 경우 기업 동질성이 유지되는 조건으로 청산 법인세, 배당소득세 등을 과세이연하는 제도
•현행 합병·분할 과세체계를 부분 과세이연(사업용 유형고정자산에 한정)에서 완전 과세이연(모든 자산)으로 전환
•기업 간 전략적 제휴를 활성화하고 기업의 자본확충 방식을 다양화하기 위해 기술·부동산 등 현물출자시 과세이연 범위 확대
*설립 시 한정 → 증자도 허용, 사업용 유형고정자산에 한정 → 모든 자산으로 확대
종전에는 법인이 합병한 경우 합병을 통해 피합병법인이 보유하던 자산의 가치증가분(미실현이익)이 실현됐다고 보고 피합병법인은 청산소득으로 하여 일반소득과 구분해 과세하되, 특례요건 충족 시 합병대가 중 합병교부주식의 시가가 액면가액을 초과한 경우 액면가액으로 평가하여 과세를 최소화했다.

 

 

 

 

 

피합병법인의 주주는 의제배당소득으로 과세하되, 특례요건 충족 시 합병대가 중 합병교부주식의 시가가 액면가액을 초과하는 경우에는 액면가액으로 평가하여 과세를 최소화했다.

 

 

 

 

합병법인은 합병차익 중 합병평가차익에 대해 과세하되, 특례요건 충족 시 사업용 유형고정자산에 대한 합병평가차익에 한하여 과세 이연을 적용하며, 과세이연은 압축기장충당금(토지), 일시상각충당금(감가상각자산)을 설정하고 자산 처분 또는 감가상각시 충당금과 상계하도록 했다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

앞서 살펴본 바와 같이 종전의 과세체계는 피합병법인의 경우 합병을 청산으로 보아 청산소득을 별도로 산정해 각 사업연도의 소득과 구분하여 과세하고, 청산소득으로 과세되지 않은 부분에 대해 합병법인 단계에서 합병평가차익으로 과세하도록 했으며, 청산소득 및 합병평가차익을 각각 과세하는 과정에서 합병당사법인이 이중으로 과세되지 않도록 하기 위해 조정하는 등 과세 체계가 복잡하고 다단계로 이루어졌었다.

아울러, 특례요건 충족 시 합병시점에서 비과세되도록 합병교부주식을 경제적 실질과는 관계없는 ‘액면가액’으로 평가하는 우회적 방식을 활용했다.
이러한 문제점을 해소하기 위해 2010년 7월 1일 이후 합병하는 분부터는 미국, 일본 등의 과세체계와 같이 합병을 자산의 유상 양도로 보아 취득법에 따라 피합병법인이 합병법인에게 대가를 받고 자산을 양도한 것으로 보도록 과세체계를 개편하였으며, 2010년 7월 1일 전·후 합병 시 합병당사자별 과세체계를 비교하면 다음과 같다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2. 기본 과세체계

 

 

 

 

 

 

법인이 합병을 하는 경우 피합병법인은 합병에 따른 자산의 양도손익, 합병법인은 합병매수차손익에 대한 법인세가 과세되고, 피합병법인 주주에 대하여는 의제배당에 대한 법인세 또는 소득세가 과세된다.

가. 피합병법인의 양도손익 과세체계
피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 피합병법인은 자산과 부채를 합병법인에게 이전시키고 합병법인은 피합병법인에게 합병대가를 지급한다.

이 경우 피합병법인은 합병법인으로부터 받은 합병대가와 순자산 장부가액의 차액을 양도손익으로 과세한다.

 

 

 

 

나. 합병법인의 합병매수차손익 과세체계
합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 시가로 양도받은 것으로 보아 합병매수차손익을 익금 또는 손금에 산입한다.

이 경우 합병법인의 합병매수차손익은 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금 또는 손금에 산입한다.

 

 

 

 

다. 피합병법인의 주주에 대한 과세체계
피합병법인의 주주는 피합병법인의 구주식을 반납하고 합병법인으로부터 합병법인의 주식(또는 그 모법인의 주식)와 교부금 등 합병대가를 받게 된다.
이 경우 피합병법인의 주주가 받은 합병대가와 구주식의 취득가액의 차액을 의제배당으로 과세한다.

 

 

 

 

라. 적격합병에 따른 특례
적격합병 요건 충족 시 피합병법인의 양도손익, 피합병법인 주주의 의제배당 및 합병법인의 합병매수차손익을 없는 것으로 보아 과세를 이연한다. 따라서 적격합병 시에는 합병시점에 과세하지 않고, 합병시점 이후로 과세를 이연할 수 있다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


Ⅱ. 적격합병의 요건

 1  적격합병의 요건
1. 개요

적격합병의 경우 피합병법인의 양도손익, 피합병법인 주주의 의제배당 및 합병법인의 합병매수차손익을 없는 것으로 보아 과세를 이연함.

법인이 합병하는 경우 원칙적으로 피합병법인은 양도손익, 피합병법인의 주주는 의제배당에 대해 과세되고, 합병법인은 합병에 따른 합병매수차손익에 대해 과세된다. 이러한 조세의 부담은 합병을 통한 기업 효율화를 추진하는 기업의 입장에서는 구조조정의 걸림돌로 작용되는 측면이 있으며, 기업의 구조조정을 지원하기 위해 「법인세법」에서는 일정한 요건(법 제44조 제2항 각 호에서 규정하고 있는 요건을 말하며, 이하 “적격합병의 요건”이라 한다)을 충족하는 합병에 대해서는 과세특례를 적용하고 있다.

적격합병의 요건을 갖춘 경우에는 피합병법인의 양도손익 계산 시 양도가액을 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있으며, 합병법인의 경우 합병매수차손익 계산 시 양도가액 및 순자산 시가를 각각 순자산 장부가액으로 보아 합병매수차손익이 없는 것으로 할 수 있다.

아울러 피합병법인의 주주에 대한 의제배당 계산 시 합병대가를 종전의 장부가액으로 보아 의제배당이 발생하지 않도록 하고 있다.


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