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일반과세자에서 간이과세자로 전환된 경우 부가가치세를 징수하지 않거나 재산 보유자에 대한 체납처분을 이행하지 않는 등 현행 부가가치세 운영상 문제점이 있는 것으로 나타났다.

감사원은 21일 이같은 내용의 부가세 운영실태 감사결과를 발표했다.

감사원에 따르면 과세유형이 전환된 자에 대한 부가가치세를 징수하지 않거나 사업자가 재산이 있음에도 부가세를 납부하지 않아도 체납처분 등 세원관리를 소홀히 한 것으로 드러났다.

또한 국세결손자에 대해 환급금을 지급하거나 납세의무면제자에 대한 환급이 이뤄지지 않는 등 부가세 환급 과정도 문제가 많았다.

이외에도 납세자들에게 불편을 초래하거나 행정력이 낭비되는 사례도 있었다.

대표적인 사례로 ‘조세특례제한법’ 제126조의4에 규정된 매입자발행세금계산서 발행 신청기간이 15일로 지나치게 짧아 매입자들이 신청기간을 넘기는 사례가 많았다.

또한 주류사업자가 ‘주세사무처리규정’에 따라 주류하치장 설치 승인을 받고 별도로 ‘부가가치세법 시행령’에 따라 주류하치장 설치 신고도 하도록 되어 있어 납세자 불편을 초래하는 것도 개선이 필요한 부분이었다.

건축물 착공신고 자료를 국토해양부로부터 전산으로 일괄 제출받지 아니하고 각 지방자치단체로부터 개별 제출받아 전산입력함에 따른 행정력 낭비도 문제로 지적됐다.


무엇보다 문제가 된 것은 ‘간이과세배제기준’이 불명확하고 모호한 기준에 의해 운영되는 등 형평성을 잃었다는 점이다.

그 결과 간이과세에서 배제돼야 할 사업자 등이 누락되거나 일반과세사업장을 보유한 자나 도매업자, 부동산임대업자 등에 대해서도 간이과세를 적용하는 사례도 있었다.

또 사업자등록시 국세통합시스템에 사업장면적을 입력하지 않거나 잘못 입력하는 등으로 간이과세 배제 등 사업자 관리에 곤란을 겪는 사례도 있었으며, 공유수면매립용역을 공급한 자가 부가가치세를 납부하지 않고 있는데도 이에 대한 세원관리가 소홀한 사례도 지적됐다.

특히 ▲일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 자가 매입세액을 공제받은 감가상각자산 등에 대해 부가가치세을 미납부하거나 ▲사업자가 사업용으로 사용하던 건물을 양도하고도 부가가치세를 납부하지 않아도 이를 납부하게끔 세원관리를 제대로 하지 않은 사실도 있었다.

부가세 환급에 있어서도 문제점이 많았다.
사업자가 예정고지에 따라 납부한 세액 등을 확정신고시 공제하지 않는 등으로 과다 납부한 부가가치세를 환급해주지 않고 방치하거나, 납부의무 면제자가 잘못 납부한 부가가치세를 환급해주지 않고 방치한 경우도 있었다.

또 환급 대상이 아닌 자에게 환급하거나 이중으로 환급하는 등 국고 손실을 초래한 경우도 있었으며, 결손세액 등의 소멸시효 기산일 전산 입력을 잘못해 체납액 11억여 원을 징수하지 못한 것은 물론 체납자나 결손자에게 국세환급금을 잘못 지급한 사례도 있었다.


세무조사와 관련해 가공세금계산서 교부 및 수취자에 대해 조세범으로 고발하거나 통고처분해야 하는데도 이를 누락하거나 가공세금계산서 교부 및 수취자에 대해 고의로 규정을 부당하게 적용하는 경우도 드러났다.

또 조세포탈과 가공세금계산서 교부 및 수취가 경합하는 경우 벌금상당액을 각각 양정해 합산해야 하는데도 가공세금계산서 관련 벌금상당액 부과를 누락하거나 수정신고에 따른 감면규정 미적용으로 벌금상당액 과다 부과한 사례도 발생된 것으로 밝혀졌다.

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