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지방세법 제105조 제6항에 규정된 과점주주 간주취득세는 폐지돼야 한다는 경제계 지적이 나오고 있다.

현행 지방세법에서는 법인의 주식 또는 지분을 취득해 과점주주가 된 경우 취득세 과세대상이 되는 물건을 취득한 것으로 간주해 취득세를 과세하고 있다.

이 법이 적용되는 과점주주는 법인의 주주 또는 유한책임사원 1인과 특수관계자의 지분의 합계액이 발행주식총수 또는 출자총액의 50%를 초과하는 자를 말한다. 유가증권시장(한국증권선물거래소가 개설하는 코스닥시장 외의 시장)에 상장한 법인은 제외(지방세법 제22조, 지방세운영과 231, 2008. 7. 15)하고 있다.

다만, 법인 설립 시에 발생하는 주식 또는 지분을 취득해 과점주주가 된 경우에는 취득세를 과세하지 않는다.
이같은 과점주주 간주 취득세 제도는 기업구조조정의 걸림돌로 작용한다는 지적이 잇따르고 있다.

특히 자회사가 부도 등의 위기에 있는 상황에서 대주주의 추가 출자가 기업 회생을 위한 방법으로 이용될 수 있는데 이 때 과점주주 취득세가 부담으로 작용한다는 것.

또 과점주주 취득세는 기업인수를 통한 기업구조조정에도 걸림돌로 작용하고 있다는 주장이 제기되고 있다.
또한 과점주주에게 취득세를 부과하는 해외 사례는 찾아보기 어려운 현실이고 이는 기업의 국제경쟁력을 약화시키는 요인으로 작용한다는 지적도 나오고 있다.

특히 법인이 과세물건을 취득하면서 취득세를 납부했는데도 불구하고 과점주주에게 또 다시 취득세 납세의무를 지우는 것은 일종의 이중과세라는 지적도 제기된다.

여기에다 코스닥상장법인 및 주권비상장법인의 경우에도 법인과 개인 주주간 엄격히 구분되고 있다.
코스닥상장법인의 경우 유가증권시장 상장법인과 거의 유사한 요건에 맞춰 기업공개를 수행하고 각종 공시의무를 이행하는데도 불구하고 유가증권시장 상장법인과 달리 과점주주 취득세 규정을 적용하는 것은 불합리하다는 지적도 나오고 있다.

따라서 경제계에서는 취득세 납세의무자 중 과점주주를 제외하고 관련 지방세법 제105조 제6항 및 제7항은 삭제해야 한다고 주장하고 있다.

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