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일반기업, 연구·인력개발세액공제-준비금 중 택일
국외사용기술료 초과지급 손급불산입·배당처분 검토

국세청은 올 12월말 결산법인의 법인세 신고와 관련, 신고전 사전간섭을 완전배제한 가운데 불성실 신고 기업에 대한 강도 높은 사후검증을 이미 예고한바 있다. 국세청은 실제로 철저한 사후검증을 위한 구체적 검증방안을 마련한 것으로 알려졌다.

국세청의 이같은 방침은 지난해 기준으로 법인세수의 94.7%가 자진신고납부로 충당되고 있는 현실을 감안한 것이다. 법인세 신고가 끝난 뒤 곧바로 사후검증에 착수해 성실신고 파급효과를 높이기 위한 계산이 깔려 있음은 물론이다.

여기에다 세수증대 효과가 큰 대기업과 호황업종을 중심으로 철저한 사후검증을 실시해 이들 법인의 성실신고도 견인하고 있다. 매서워진 국세청의 법인세 신고 사후검증 내용을 들여다 본다.

국세청은 법인세 신고내용 사후분석에서 연구·인력개발비세액공제에 해당, 적용되는 비용인지 여부에 대해 집중 검토할 예정이다.

우선 기계장치 등 설비 매입금액 및 전담부서로 인정받지 않은 기업부설연구소 등에 소요된 비용은 ‘연구 및 인력개발지의 세액공제’ 대상이 아니다.

국세청에 따르면 일부 기업이 연구개발 전담부서 신고일 이전에 지출한 비용의 경우 연구 및 인력 개발비 세액공제를 적용할 수 없는데 이를 이월공제분 공제세액으로 보고 법인세 산출세액에서 차감 공제했다.

국세청이 지정한 전담부서는 ‘기술개발촉진법 시행규칙 제7조’ 규정에 의해 인정받은 기업부설연구소와 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발 전담부서다.

또한 사후검증에 있어 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 사업연도 개시일부터 당해 사업연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우 48개월로 환산하지 않은 금액에 대해 직전 4년간 연평균 발생액으로 과소계상하는 사례도 중점 검증 대상이다.

중소기업의 경우 연구 및 인력개발비 세액공제에 있어 당해 발생 연구인력개발비의 15%와 직전 4년간 연평균발생액보다 증가 발생한 금액 중 큰 금액을 선택해 세액공제 받을 수 있다.

단, 연구 및 인력개발 세액공제 대상 인건비에는 ‘주주’인 연구요원 등의 경우 주주인 임원으로 조세특례제한법 시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다.

국세청은 연구개발전담부서에서 연구개발 과정 중 시제품을 제작하는 데 사용하는 ‘초도금형 비용 및 인력개발비’ 역시 적절하게 세액공제 받았는지 여부도 중점 검토할 방침이다.

연구개발 전담부서에서 직접 사용하기 위한 사무용품비, 소모품비, 복리후생비, 컴퓨터 하드위어 및 시험용 시설 등의 구입비용은 연구 및 인력개발세액공제를 받을 수 없다.

고정자산 취득 외 연구관련 국고보조금은 일정부분 산학협력 등 개별기업 외 위탁·공동 기술개발비로 사용하도록 규정되어 있다.

즉, 위탁연구개발비로 지급된 금액 중 수령한 국고보조금이 집행된 부분은 직접 부담한 금액이 아니므로 연구·인력개발비 세액공제를 받을 수 없다.

연구인력개발비 등 소요된 금액에 상당하는 준비금의 경우 3년간 분할환입하는 한편 미사용준비금(또는 폐업 해산)은 전액을 일시 환입해야 하는만큼 이 부분에 대해서도 국세청은 집중적으로 검증할 방침이다.

중소기업이 아닌 일반기업에 해당할 경우 연구·인력개발비세액공제와 준비금 사용액 중 하나만 선택해 적용해야 한다.

소기업 요건을 충족하지 못한 기업이 중소기업특별세액을 적절하게 감면 받았는지 여부도 중점 점검 대상이다.
국세청에 따르면 수도권(서울, 인천, 경기) 소재 기업의 경우 지식기반산업을 영위하는 사업자를 제외하고는 소기업에 해당하는 경우에만 중소기업특별세액 감면을 적용받을 수 있다.

소기업은 ‘제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우 100명 미만’으로 규정돼 있다. 0<표1, 2 참조>

■ 법인세 신고 사후검증,

어떤 사례 ‘감사 지적’ 받나

국세청은 우선 국외특수관계자에게 기술사용료를 지급하면서 약정된 금액을 초과해 지급한 사용료에 대해 손급불산입하고 배당처분 했는지 여부를 중점적으로 검증할 계획이다.

또한 업무와 무관한 가지급금에 해당하는 해외특수관계자와의 거래 과정에서 특별한 사유없이 오랫동안 회수하지 못한 매출채권에 대한 대손충당금을 설정했는지 여부도 함께 검증한다.

특히 법원이 임원에 지급하는 상여금 중 정관 등에 의해 결정된 급여지급기준을 초과해 지급한 금액은 손금에 산입하지 않았는지, 지배주주인 임원에게 정당한 사유없이 동일한 직위에 있는 지배주주 외 임원에게 지급하는 금액에 대해 초과한 보수를 손금불산입 했는지 여부도 함께 검토할 방침이다.

감가상각비도 중요한 검토 방안이다.

중고자산 취득 후 법인세신고 기한 내 내용연수 변경 신고가 없는 경우 기준내용연수를 적용해야 한다.

이에 불구하고 내용연수 변경 신고없이 임의로 기준내용연수의 50%만 적용해 감가상각비를 과대 계상했는지 여부를 살펴본다는 것.

일부 기업의 경우 기계장치 등에 대해 업종별 내용연수를 적용하도록 규정하고 있고, 시행규칙으로 업종별 기준내용연수를 명시하고 있다.

이에 감가상각 시 이러한 내용연수를 적용해야 하나 용역제공기간을 기계장치 등의 내용연수로 적용하는 경우가 있다.

법인세가 감면, 면제되는 법인의제감가상각의 경우 정률법에 따라 감가상각비 조정명세서 합계표상 시인부족액이 발생될 수 있다.

이에 따라 다음연도 상각범위액 계산 시 기초가액에 의제상각액 차감 후 상각범위액에 계산했는지 여부가 중점적으로 검토된다.

한편 정액법에 따라 기초가액에 영향은 미치지 않지만 의제상각액은 감가상각한 것으로 간주된다.

이에 따라 세무상 상각가능금액이 회계상 상가가능액보다 작아져 결국 내용연구 마지막 사업연도에 손금불산입 효과가 나타나게 된다.

일부 기업이 국고보조금 등을 지급받아 이를 사업용 고정자산 등의 취득 등에 사용하는 경우 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 설정해 손금에 산입하고 있다.

이에 일부 기업들이 일정기간동안 과세를 이연하거나 일시상각충당금을 설정한 당해 사업용 자산의 감가상각비(취득가액 중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분만 해당)에 대해 세무조정을 누락하는 것으로 나타났다.

특히 소득금액조정합계표 국고보조금 수령액을 익금 산입하고 동시에 이 금액에 대한 일시상각충당금을 설정해 손금산입하면서, 사업용 고정자산 취득에 사용된 금액 중 일시상각충당금 해당분에 대한 감가상각비의 손금불산입 조정을 누락하기는 사례도 빈번히 적발되고 있다.

한편 사업용고정자산 취득에 사용된 금액 중 일시상각충당금 해당분에 대한 감가상각비의 손금불산입과 동시에 손금산입으로 상계처리할 경우 일시상각충당금 환입이 이뤄지지 않는다. /한혜영 기자

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