국세청의 조사공무원은 세무조사과정에서 밝혀낸 결과를 수집한 증빙자료와 함께 상급자에게 보고해야 합니다. 그 보고서로는 세무조사에 따른 탈루사실 및 적출세액 등을 기재하는 조사종결보고서와 쟁점사항 또는 사실판단이나 법령해석과 관련하여 자세히 기술할 필요가 있는 경우에 작성하는 보충조서가 있습니다. 관리자는 이 보고서와 증거자료를 토대로 조사의 적정 여부를 판단한 후 조사종결 및 과세 여부를 결정합니다. 특히 이들 자료는 향후 납세자가 이의신청, 소송제기 등 불복청구를 했을 때 승패를 좌우할 중요한 증거자료가 됩니다.
그러나 최근 감사원이 세무조사 운영실태를 감사한 결과, 국세청이 세무조사 기록자료의 생성 및 보관을 소홀히 하고 있는 것으로 나타났습니다. 국세청 본청은 시스템 통합과정 중 ‘세무조사’와 ‘조사종결업무’ 관련 기록의 보존 연한을 축소하는 실수를 저질렀고, 지방국세청은 조사내용을 충실히 기록･생성하지 않거나, 조사내용을 자세히 기록한 보충조서를 보존하지 않았습니다. 심지어 편집이나 가공이 되지 않은 원본 증거자료를 그대로 확보한 것은 약 30%에 불과하고, 편집․가공하여 보관하고 있는 경우가 절반(51.9%)에 달했습니다.
감사원은 이 같은 국세청의 세무조사 결과기록 및 증거자료 관리 미비는 향후 불복․소송이 있을 경우 과세유지에 어려움이 있을 것으로 예상된다고 지적했습니다. 이런 감사결과에 대해 국세청은 과중한 업무량과 보관장소의 부족 및 인사이동 때문이라고 해명하면서 관련 규정의 보완, 예산 및 인력의 확보, 조사업무에 대한 지도·감독 강화 및 지속적인 직원 교육 등을 통해 개선해 나가겠다고 했습니다. 실제로 국세청은 그동안 조사심의팀 내에 불복전담반을 운영하는 등 조사품질의 제고를 위해 갖은 노력을 기울여 왔습니다. 하지만 소송 등 조세불복의 승소율은 크게 개선되지 않고 있는 실정입니다. 그 이유를 이번 감사원 감사결과가 일부지만 설명해주고 있는 것 같습니다. 아무리 과세논리를 정교하게 전개해도 이를 뒷받침할 기초 증거자료가 부족하면 그 모든 게 공염불이 될 수밖에 없기 때문입니다.
조세소송 등의 승소율 지적보다 감사원의 다음 질책이 더 따갑게 느껴집니다.
“각 지방청의 조사기록 생성 및 보관의 미흡과 편집･가공된 증거자료의 보관 등 증거자료의 원본성 부족으로 조사내용이 객관적이고 공정한 근거에 의해 이루어졌는지 여부를 알 수 없게 되는 등 과세행정의 정당성과 신뢰성이 저하될 우려가 있다.”
