감사원은 성동세무서가 창고시설 안전설비투자 세액공제를 부적정하게 운용했다고 지적했다.
감사원이 공개한 조세감면제도 운용실태 전문에 따르면
창고업을 영위하고 있지 않은 사업자를 창고업을 영위하고 있는 것으로 봐 세액공제를 적용받았는데도 성동세무서가 이를 그대로 방치해 2014사업연도 법인세를 부족하게 징수했다.
성동세무서는 ▶▶주식회사(대표이사 I, 서울특별시 강남구, 이하 “▶▶”라 한다)가 2014. 3. 21.부터 2016. 10. 27.까지 경기도 ▼시에 있는 ㄴ물류단지 내 창고시설(창고 면적: 39,776㎡)을 건설하면서 이와 관련해 안전설비투자세액공제 (2014사업연도: 101,025,315원, 2015사업연도: 456,327,495원, 2016사업연도: 735,773,846원,계: 1,293,126,656원)를 적용받은 것에 대해 사후관리 업무를 하고 있다.
조세특례제한법 제25조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제22조 제1항 제4호, 같은 법 시행규칙 제13조에 따르면 보관 및 창고업 등 물류산업을 영위하는 내국인이 유통사업을 위해 건축법 시행령 제18호 가목의 창고시설 등 유통산업합리화시설을설치한 경우 투자금액의 100분의 3(중견기업 100분의 5, 중소기업 100분의 7)에 해당하는 금액을 법인세에서 공제하도록 돼있다.
또 조특법 제2조 및 한국표준산업분류에 따르면 보관 및 창고업은 수수료 또는 계약에 의해 물품 보관설비를 운영하는 산업활동으로 규정 돼있고, 상법 제155조, 제160조 등의 규정에 따르면 창고업자는 타인을 위해 창고에 물건을 보관하는 것을 영업으로 하는 자로서 보관물품의 멸실 또는 훼손에 대해 손해를 배상할 책임을 져야한다.
따라서 창고업자는 창고시설 및 보관물품을 자기 책임으로 관리해야 하기 때문에 단순히 창고시설을 임대하는 것에 불과한 자는 창고업을 영위하는 자에 해당되지 않아 위 세액공제 대상이 아니다.
▶▶은 2016. 10. 31. 주식회사 ◀◀, 주식회사 □□, 주식회사 ◆◆ 등 3개 특수관계법인과 창고시설(물류설비 포함)에 대한 임대차 계약을 체결했고, 이에 앞서 2016. 10. 27. 위 창고시설 및 보관물품에 대해 특수관계법인들과 공동계약자, 공동소유자 및 공동피보험자로서 화재보험계약을 체결했다.
그리고 ▶▶와 위 특수관계법인은 2017. 1. 1. 주식회사 ♠♠(대표이사 J, 경기도 이천시)과 각각 물류대행계약을 체결하였는데 이 계약에 따르면 주식회사 ♠♠은 ㄴ물류센터 안에서 ▶▶과 위 특수관계법인에 입고, 상품관리, 반품, 출고, 출하 등물류서비스를 제공하고 과실로 물품을 분실 또는 훼손한 경우 변상하도록 했다.
이상과 같이 ▶▶은 창고시설을 위 특수관계법인에 임대해 이에 대한 관리의무 및 책임을 부담하지 않으며, 특수관계법인의 보관물품에 대해 창고업자로서 주의의무나 관리의무를 부담하지 않고 있으므로 창고업을 영위하고 있지 않다.
그런데도 성동세무서는 ▶▶이 창고업을 영위하고 있는 것으로 보아 위 세액공제를 적용받았는데도 이를 확인하지 못하고 2014사업연도 법인세 126,574,610원(가산세 포함), 2015사업연도 법인세 567,260,700원(가산세 포함), 2016사업연도 법인세834,073,230원(가산세 포함), 계 1,527,908,540원(가산세 포함)이 부족 징수했다.
이에 대해 감사원은 성동세무서장을 상대로 법인세법 제66조의 규정에 따라 ▶▶주식회사에 대해 부족 징수한 법인세 1,527,908,540원을 징수 결정하라는 시정 권고조치를 내렸다.
결국 성동세무서는 감사원 감사결과를 받아들이면서 ▶▶주식회사로부터 부족 징수된 법인세 1,527,908,540원을 징수결정하고 앞으로 창고시설에 대한 안전설비투자세액공제사후관리를 철저히 하겠다는 의견을 제시했다.
